高通量基因测序技术在自然流产遗传学分析中的应用

目的初步探讨高通量测序技术在自然流产绒毛遗传学分析准确性和异常核型检出率中的作用。方法采用高通量测序和生物信息分析技术,选取常规染色体核型分析结果为46,XY的自然流产绒毛样本进行检测,比较两种检测结果的一致性及差异。结果 (1)常规染色体核型分析技术:14例样本染色体核型分析结果均为46,XY。(2)高通量测序技术:14例样本染色体核型均为46,XY,有拷贝数变异(CNV)改变的占43%(6/14),能检测到250kb^16.5M染色体片段的改变。(3)通过两种检测方法的比较,发现高通量测序技术检测时间短,对染色体结构异常有更高的检出率。结论高通量测序技术更敏感、高效,具有更高的染色体异常检出率。可作为常规染色体核型分析的补充检测手段。

老年急性髓系白血病分子学特征及临床意义

目的:研究老年急性髓系白血病(AML)患者分子学特征及临床意义。方法:借助双脱氧链终止测序方法研究52例老年AML患者的分子学特征,结合临床资料分析51个血液病相关基因的突变情况及临床意义,并对39例接受DCAG方案化疗的患者进行疗效分析。结果:老年AML患者有较高的突变频率[98.1%(51/52)],不同的突变基因之间存在一些共存或互斥现象。突变个数随着年龄增长而增加,表观遗传学突变DNMT3A、TET2(P<0.01)及FLT3-ITD(P<0.05)发生率亦随着年龄增长而增高。c-KIT突变在低危核型组AML最常见(P<0.01),而NPM1和DNMT3A等突变则常见于中危组(P<0.05),尤其在核型正常的AML中多见。接受DCAG方案化疗的老年AML患者有较高的完全缓解率[71.8%(28/39)]。结论:老年AML患者具有特定的分子学特征,甲基化相关基因突变发生率较高,这对临床诊疗有一定的指导意义。

骨髓增生异常综合征患者基因突变情况分析

目的分析骨髓增生异常综合征（MDS）患者的基因突变情况。方法选择2016年1月至2017年7月中国中医科学院西苑医院初诊的47例MDS患者，采用NGS127．genepanel检测基因突变，分析基因突变与临床特征的关系。结果47例MDS患者中，31例（66．0％）检测到基因突变，涉及有临床意义的突变基因23个，检出率〉5％的基因共7个，由高到低依次为U2AFl（23．4％）、SF381（12．8％）、ASXLl（10．6％）、TET2（8．5％）、BCOR（8．5％）、TP53（8．5％）、DNMT3A（6．4％）。31例基因突变患者中，16例（51．6％）存在2个以上基因协同突变，其中12例患者的协同基因突变存在于不同基因功能组内，高于单一基因功能组内的基因协同突变（4例）。IDH2．KRAS、IDH2．SRSF2、1DH2-STAG2、KRAS-SRSF2、KRAS．STAG2、RUNX1-PHF6、EZH2．ASXLl、EZH2．ZRSR2、NPMl．NRAS基因之间有共存关系（均P〈0．05）。JAK2、KRAS、NRAS、SH283四个信号通路相关的变异等位基因频率（VAF）较低，处于亚克隆地位。1例JAK2突变见于MDS—U患者；1例SH283基因突变见于核型预后极高危患者；2例SETBPl以及2例EZH2突变均见于修订的国际预后评分系统（IPSS．R）预后高危患者。结论MDS患者常见突变基因为U2AFl、SF381、ASXLl、TET2。不同基因功能组内的基因倾向于协同突变。基因突变可用于判断MDS患者预后，作为其治疗的靶点。

高通量测序技术与传统染色体核型分析技术在稽留流产遗传学分析中的比较

目的比较传统染色体核型分析技术和高通量测序技术在稽留流产遗传学分析中的应用,探讨高通量测序在临床遗传学分析中的价值。方法采用绒毛细胞培养及染色体核型分析检测稽留流产绒毛组织1530例;采用高通量测序和生物信息分析技术检测稽留流产绒毛组织例。比较两种方法的一致性及差异。结果 (1)传统染色体核型分析技术:1530例稽留流产绒毛培养成功率为93.5%(1431/1530);在1431例核型分析结果中,染色体正常占44.4%(636/1431);染色体数目异常占53.9%(771/1431)(其中含嵌合体29例);染色体结构异常占1.7%(24/1431)。(2)高通量测序技术:25例稽留流产绒毛样本全部检测成功,成功率100%;染色体正常占28%(7/25);染色体数目异常占56%(14/25)。染色体结构异常(染色体片段的缺失和重复)占16%(4/25)。(3)通过两种检测方法的比较,发现高通量测序技术具有更高的染色体结构异常检出率。结论高通量测序技术用于诊断稽留流产绒毛组织是可行的,与传统染色体核型分析技术相比成功率高,且对染色体结构异常的诊断有较高的敏感性,可以作为传统染色体核型分析技术的补充方法。

高通量测序技术用于流产物遗传学分析的价值

目的探讨高通量测序,即下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在流产物遗传学分析和诊断中的应用价值。方法收集2017年1月至6月郑州大学第一附属医院的流产组织样本154例,分别采用NGS结合短串联重复序列(short tandem repeat,STR)和单核苷酸多态性芯片(single nucleotide polymorphism array,SNP-array)技术进行分析。比较2种平台的检测效果。采用χ^2检验或Fisher精确概率法对数据进行统计学分析。结果 (1)154例流产物样本中,检出染色体异常结果109例(70.7%)。109例染色体异常结果中,染色体数目异常52例(47.7%),染色体结构异常49例(45.0%),嵌合体6例(5.5%),单亲二倍体(uniparental disomy,UPD)2例(1.8%)。52例染色体数目异常样本共包括45例染色体非整倍体和7例染色体多倍体。染色体异常比例前3位依次为45,X(27.0%,14/52),22-三体(9.6%,5/52)和16-三体(7.7%,4/52)。49例染色体结构异常样本共携带67个拷贝数变异(copy number variation,CNV),其中致病性CNV13个(19.4%),临床意义不明的CNV24个(35.8%),良性CNV30个(44.8%)。在检出的致病性CNV中,2个包含微缺失/微重复综合征。(2)SNP-array技术对152例样本检测成功,2例(1.3%)因基因组DNA量<200 ng而检测失败。NGS技术对154例样本全部检测成功,且在SNP-array检测失败的2例中检出染色体异常。SNP-array和NGS技术检出的染色体异常比例差异无统计学意义[70.4%(107/152)与67.5%(104/154),χ^2=0.293,P=0.588]。(3)NGS和SNP-array技术各检出6例(均为3.9%)相同嵌合体和45例(分别为29.2%和29.6%)相同染色体非整倍体,差异均无统计学意义。SNP-array技术检出3例染色体多倍体(均为69,XXX)和UPD 2例,而NGS均未检出。但结合STR技术,NGS也成功检出了这3例染色体多倍体。(4)SNP-array检出的47例结构异常样本共携带CNV53个,NGS技术检出的49例结构异常样本共携带CNV67个。(5)当基因组长度分别为100~<500、500~<1 000和≥1 000 kb时,与SNP-array技术相比,NGS技术多检出的CNV分别为10、3和1个。结论NGS技术可以检出SNP-array技术检出的染色体非整倍体和嵌合体,对基因组DNA含量要求更低,还能够发现SNP-array技术不能检出的CNV。结合STR技术,NGS技术也可以有效检出染色体多倍体。NGS技术可以作为流产物遗传学诊断中的有效检测方法。