ddPCR技术和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的比较分析

目的探讨微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer,PTC)患者BRAF V600E基因突变检测中的应用。方法应用ddPCR技术和Sanger测序法同时检测病例组90例PTC患者及对照组19例甲状腺良性病变患者术后福尔马林固定后石蜡包埋标本的BRAF V600E基因突变,检测结果加以分析对比。结果ddPCR法检测病例组BRAF V600E基因突变,检出率73.33%(66/90),Sanger测序法检出率53.33%(48/90)。与Sanger测序法相比,采用ddPCR法检测敏感性和特异性分别为100.00%和57.14%,阳性预测值和阴性预测值分别为72.73%和100.00%,两种方法一致率为80%。采用ddPCR法检测基因突变丰度为0.35%~47.50%。其中68.18%的样本(45/66)基因突变丰度≥10%,9.09%的样本(6/66)基因突变丰度在5%~10%,22.73%的样本(15/66)基因突变丰度≤5%。突变丰度≥10%的全部45例样本采用Sanger测序法均可检测出,突变丰度在5%~10%的6例样本中有3例可检测出,其余样本未检测出突变。Sanger测序法和ddPCR法均未在对照组中检出BRAF V600E基因突变。结论ddPCR法检测PTC患者BRAF V600E基因突变,灵敏度好,检出率更高,特别适合检测肿瘤DNA含量和突变丰度较低的样品。可替代Sanger测序法,在临床检测中应用推广。