单基因组扩增法分析HIV-1 CRF103_01B3′半长基因组准种变异特征

目的运用单基因组扩增法(single genome amplification,SGA)分析北京报告的HIV-1 CRF103_01B感染者体内3′半长基因组准种变异特征。方法选择2017—2020年北京新诊断或初始抗病毒治疗病例耐药监测中发现的6例CRF103_01B感染者,提取血浆RNA。采用系列倍比稀释法稀释3′端cDNA,巢式PCR扩增CRF103_01B准种病毒3′半长基因组序列。MEGA 11构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树,计算准种病毒基因距离,Highlighter工具可视化准种病毒遗传变异。利用Simplot 3.5软件对准种序列进行BootScan分析,以分析病毒准种间重组。经Geno2pheno在线工具预测病毒嗜性。结果6例CRF103_01B感染者中有5例经男男性行为感染,共获得144条3′半长基因组SGA序列(19~36条/例)。NJ进化树显示6例感染者3′半长基因组准种变异复杂程度不一。急性期HIV-1感染病例BL4748-00准种病毒变异较小,组内基因距离为0.002±0.000,表现出遗传同质性。BL4981-00、BL3150-00和BL3558-00病例准种病毒分别形成至少3个次级进化簇呈现不同的进化方向,其组内基因距离0.031±0.004≥BL3150-00>BL3558-00>BL4981-00≥0.016±0.002。夫妻BL3022-00(女)和BL3023-00准种病毒序列聚集成大单系进化簇(bootstrap值为100%),后者组内基因距离(0.025±0.003)高于前者(0.019±0.002)。BL3558-00病例存在准种病毒间重组现象。6例感染者的准种病毒均为CCR5嗜性。结论CRF103_01B感染者体内准种变异复杂程度与疾病进展有关,急性期病例表现遗传同质性,慢性期感染病例呈现多个进化方向。未发现共感染或超感染现象,但是部分病例存在准种间重组事件。