昆明市2018—2021年手足口病病例中柯萨奇病毒A组4型流行情况及VP1编码序列基因特征分析

目的 分析昆明市2018—2021年手足口病病原构成,研究柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CVA4)的流行特点及VP1编码序列系统进化与氨基酸变异情况。方法 采用实时荧光逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcript-polymerase chain reaction, real time RT-PCR)对2018—2021年昆明市疾病预防控制中心监测到的昆明市手足口病病例标本3 553份进行肠道病毒核酸检测,描述CVA4的流行情况,并进行VP1编码序列全长测序、氨基酸位点变异及系统进化分析。结果 共检出肠道病毒阳性标本2 531份,阳性率71.24%,其中CVA16、EV-A71及其他肠道病毒(非EV-A71、非CVA16)占阳性样本的构成比分别为38.05%(963/2 531)、4.11%(104/2 531)和57.84%(1 464/2 531)。CVA4阳性52份,其高发区域为昆明市区及东南部,涉及5个县区,阳性数占CVA4病例总数的73.08%(38/52),高发时间为8—12月,占CVA4病例总数的71.15%(37/52),高危人群为1~3岁儿童,占86.54%(45/52),男性多于女性,多引起轻症。CVA4共测序成功51份,核苷酸相似性为90.90%~100.00%,氨基酸相似性为97.30%~100.00%,均为C基因型C2亚型,分为3个传播链(cluster),clusterⅠ以2019年昆明市毒株为主,clusterⅡ以2020和2021年昆明市毒株为主,clusterⅠ、Ⅱ包含了98.04%(50/51)昆明市毒株。与原型株High Point(AF081295)VP1区氨基酸序列相比,有R18K、T23V、A34T、S102A、A200T、I262V、R274K和Y285H共8个高频氨基酸变异位点。结论 2018—2021年昆明市手足口病病原谱中其他肠道病毒(非EV-A71、非CVA16)占主导地位,CVA4作为其中的一个重要类型,属于C2亚型。应针对昆明市主城区及东南部区县、8—12月和1~3岁儿童等因素合理配置防控资源,做好CVA4防控工作。