多水平模型在纵向研究资料中的应用

目的:探讨多水平模型分析纵向研究数据的适用性。方法:应用多水平模型分析山东省和河南省不同级别的45家医院8个年度的业务收入水平。结果:两省间医院业务收入水平及其增长速度和增长加速度的差别无统计学意义,而省内不同级别医院间的差别具有统计学意义。结论:多水平模型可以有效地分析具有层次结构的、含有缺失值的纵向数据资料。

人群HLA基因多态性与HIV-Ⅰ感染或(和)艾滋病相关性队列研究的Meta分析

[目的]综合评价人群HLA基因多态性与 HIV Ⅰ感染或(和)艾滋病的相关性。[方法]以人群 HLA基因多态性与HIV Ⅰ感染或(和)艾滋病相关性队列研究的RR值为统计量。全面检索相关文献,应用Meta分析软件包REV MAN4 2,在基因分型水平上,对各研究的结果进行一致性检验和数据合并,并评估发表偏倚。[结果]等位基因 B35、B62、DR5和DR11是HIV Ⅰ感染或(和)艾滋病的危险基因(P<0 05),其合并RR值分别为1 47、5 83、1 61、和1 62;而等位基因A10、B18、B27、B57 和 DR1 是 HIV Ⅰ感染或(和)艾滋病的保护基因(P < 0 05),其合并 RR 值分别为0 46、0 59、0 23、0 68和0 43。[结论]人群中某些HLA等位基因与HIV感染和AIDS发生发展进程有关。

人类群体遗传结构的图论主坐标分析方法

目的:提出基因频率矩阵的图论主坐标分析方法,探讨该法在人类群体遗传结构研究中的应用。方法:从分析基因频率矩阵的结构特征入手,将主坐标分析与图论中的最小生成树有机结合,构建人类群体遗传结构的图论主坐标模型,并以中国26个汉族人群HLA-A位点遗传结构分析为例,验证图论主坐标分析的科学性和适用性。结果:图论主坐标分析的基本步骤可概括为:①对中心化基因频率矩阵进行主坐标分析;②按图论原理求过m维空间n个点的最小生成树;③利用求“颈”法分割最小生成树;④将最小生成树整合到二维主坐标散点图中构建图论主坐标分类图。根据此步骤,对中国26个汉族人群HLA-A位点遗传结构进行了图论主坐标分析,分析结果符合中华民族源与流的客观规律。结论:图论主坐标分类图既可显示各群体的遗传结构特性,又可利用最小生成树的连接关系揭示各群体间的内在联系;图论主坐标分析是分析人类群体遗传结构的一种理想方法。

中国多表位疫苗设计的HLA-Ⅰ积累表型频率空间预测系统(英文)

目的 建立HLA Ⅰ积累表型频率(CPF)的空间预测系统,旨在指导中国疫苗学家设计受HLA限制的多表位疫苗(包括DNA疫苗) ,并评价或预测根据不同HLA Ⅰ组合形式设计的多表位疫苗(或DNA疫苗)在中国不同地区的免疫效果。方法 通过构建中国境内人群HLA Ⅰ基因空间数据库,利用“克立格”技术建立CPF空间预测系统。结果 根据疫苗设计目的,设计者可利用该系统预测和估计特定地理位置上人群的CPF ,包括根据单个HLA座位(HLA A或HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗和根据两个HLA基因座位(HLA A和HLA B)上的等位基因而设计的多表位疫苗在特定地理位置上人群的CPF值,从而估计或预测拟研制的或已研制的多表位疫苗在中国不同地理位置上人群中的免疫效果。结论 该预测系统可用于:①鉴别任何中国群体的期望CPF百分比,为设计疫苗组分提供依据;②在特定地理位置的人群中,预测限制性表位已知的多表位疫苗的理论免疫应答率;③在特定地理位置的人群中,识别因缺乏HLA Ⅰ限制性等位基因而不能对表位疫苗产生免疫应答的个体。

人类群体遗传结构的协方差阵主成分分析方法

目的:探讨基因频率矩阵的中心化(或均值化)协方差阵主成分分析方法在人类群体遗传结构研究中的适用性和合理性。方法:从基因频率矩阵的结构特征入手,分析中心化、均值化协方差阵主成分分析与标准化相关阵主成分分析在特征根、特征向量以及降维效果等方面的差异,并通过实例比较不同方法在解释群体遗传结构特征上合理性。结果:中心化(或均值化)协方差阵的主成分不仅反映了基因变异程度的“方差信息量权”,而且反映了基因间相互影响程度的“相关信息量权”;标准化相关阵的主成分反映的仅是“相关信息量权”,不包括“方差信息量权”。通过比较中国26个汉族人群HLA-A基因座中心化协方差阵和标准化相关阵2种主成分分析结果,证实中心化协方差阵主成分分析方法在特征根与特征向量、保留主成分的个数和对主成分的群体遗传学解释的合理性等方面均优于标准化相关阵主成分分析方法。结论:在对群体遗传结构进行主成分分析时,应使用中心化(或均值化)变换消除基因频率矩阵中量级的影响,然后在用其协方差阵提取主成分。

人类群体遗传结构的双标图模型及其应用

提出了分析人类群体遗传结构的PPG双标图模型的基本原理及其应用。PPG双标图根据人类群体遗传学的基本原理,利用矩阵奇异值分解技术,将多维基因频率矩阵近似为一个能够用双标图表示的二维矩阵,从而实现了人类群体遗传结构的图形化和可视化直观分析。它与聚类分析、主成分分析、对应分析等传统多元统计分析方法相比,具有明显的优越性。PPG双标图通过其几何性质,反映了其丰富的群体遗传学含义;更重要的是,在基因频率矩阵前2项奇异值的累计贡献率足够大的前提下,利用双标图,以辅助线为补充,可以实现人类群体遗传结构的可视化直观定量分析:①比较各群体之间的遗传距离,划分群体类型;②比较各基因的变异性大小;③分析各基因之间的相关性;④比较某基因对各亚群体遗传结构的相对贡献;⑤比较任意2个亚群体遗传结构的差异;⑥分析任意2个基因的差异及其对各亚群体变异性的贡献;⑦分析群体与基因的交互作用及其对群体亚分的贡献。因此,PPG双标图值得在人类群体遗传结构分析中推广应用,但PPG双标图也存在一定的局限性。

人类群体遗传结构的图论主成分分析方法

目的提出基因频率矩阵的图论主成分分析方法,探讨该法在人类群体遗传结构研究中的应用。方法从分析基因频率矩阵的结构特征入手,将主成分分析与图论中的最小生成树有机结合,构建人类群体遗传结构的图论主成分模型,并以中国26个汉族人群HLA-A基因座遗传结构分析为例,验证图论主成分分析的科学性和适用性。结果图论主成分分析的基本步骤可概括为:①对中心化基因频率的协方差矩阵进行主成分分析;②按图论原理求过m维空间n个点的最小生成树;③利用求“颈”法分割最小生成树;④将最小生成树整合到二维主成分散点图中构建图论主成分分类图。根据此步骤,对中国26个汉族人群HLA-A基因座遗传结构进行了图论主成分分析,分析结果符合中华民族源与流的客观规律。结论图论主成分分类图既可显示各群体的遗传结构特性,又可利用最小生成树的链接关系揭示各群体间的内在联系;图论主成分分析是分析人类群体遗传结构的一种较好方法。

人类群体遗传空间结构对应分析中的“蹄型效应”及其校正方法

目的探讨人类群体遗传结构对应分析中“蹄型效应”的产生机制、遗传学解释及其校正方法。方法从分析基因频率矩阵的结构特点入手,以实例分析展示对应分析散点图中的“蹄型效应”,解释其原因,用除趋势对应分析对其进行校正,观察校正效果。结果当基因频率矩阵中存在稀有基因时,其对应分析的散点图常呈现明显的“蹄型效应”。“蹄型效应”经常会歪曲潜在遗传结构的真实形态,其产生的主要原因是对应分析中的χ2距离不相似测度高估了稀有基因的作用,除趋势对应分析对“蹄型效应”有明显的校正作用。结论在人类群体遗传结构对应分析中,当出现“蹄型效应”时,需认真分析基因频率矩阵的结构,寻找“蹄型效应”产生原因并给出合理的遗传学解释,以免做出错误结论,并可用除趋势对应分析方法校正“蹄型效应”。

人类群体遗传空间结构对应分析中的“蹄型效应”及其遗传学解释

探讨了人类群体遗传结构对应分析中“蹄型效应”的产生机制及其遗传学解释。从分析基因频率矩阵的结构特点入手,以实例验证和比较了对应分析中散点图的结构特征。发现当基因频率矩阵的结构不同时,其对应分析中散点图的分布模式不同;当基因频率矩阵中存在稀有基因时,其对应分析的散点图则呈现明显的“蹄型效应”。“蹄型效应”经常会歪曲潜在遗传结构的真实形态,其产生主要是因为对应分析中的χ2距离不相似测度高估了稀有基因的作用。在人类群体遗传结构对应分析中,当出现“蹄型效应”效应时,需认真分析基因频率矩阵的结构,寻找“蹄型效应”产生原因并给出合理的遗传学解释,以免做出错误结论。

人类群体遗传结构的图论多维尺度分析方法

[目的]提出基因频率矩阵的图论多维尺度分析方法,探讨该法在人类群体遗传结构研究中的应用。[方法]从分析基因频率矩阵的结构特征入手,将增强多维尺度分析与图论中的最小生成树有机结合,构建人类群体遗传结构的图论多维尺度模型,并以中国26个汉族人群HLA-A基因座遗传结构分析为例,验证图论多维尺度分析的科学性和适用性。[结果]图论多维尺度分析的基本步骤可概括为:①对中心化基因频率矩阵进行增强多维尺度分析;②按图论原理求过m维空间n个点的最小生成树;③利用求“颈”法分割最小生成树;④将最小生成树整合到增强多维尺度散点图中构建图论多维尺度分类图。根据此步骤,对中国26个汉族人群HLA-A基因座遗传结构进行了图论多维尺度分析,分析结果符合中华民族源与流的客观规律。[结论]图论多维尺度分类图既可显示各群体的遗传结构特性,又可利用最小生成树的连接关系揭示各群体间的内在联系;图论多维尺度分析是分析人类群体遗传结构的一种理想方法。