乳腺癌患者糖酵解相关的高风险基因预后分析

目的:利用生物信息学筛选乳腺癌糖酵解相关的高风险基因,为乳腺癌寻找预后标志物或潜在治疗靶点。方法:通过TCGA数据库,下载乳腺肿瘤患者的转录组数据和临床数据,利用GSEA和R4.0.3对该数据集进行基因富集及差异分析。将得到的差异性基因与临床数据合并,构建糖酵解预后模型并进行模型验证。最后用GEPIA数据库对预测的显著差异的糖酵解基因做单基因生存分析,并用GEO数据库中三阴性乳腺癌数据集进行验证。结果:从TCGA数据库收集到乳腺肿瘤患者的转录组数据包括正常组织文件111个,肿瘤组织文件1053个。富集分析筛选后得到正常组和肿瘤组差异基因256个,其中显著差异的糖酵解基因5个,其表达量与患者预后呈负相关,与GEPIA单基因预后分析一致。GEO数据库三阴性乳腺癌数据集进行验证,证实基因PGK1、SDC1、PGK1为乳腺癌的高风险基因。结论:通过生物信息学分析发现糖酵解基因PGK1、SDC1、PGK1可能作为乳腺癌的预后指标,为乳腺肿瘤特别是三阴性乳腺癌的诊断及治疗提供了新的方向。