山羊EST资源的SSR分析

为充分利用现有数据库中的EST资源开发山羊的分子标记，以期为研究山羊的遗传多样性和利用分子标记辅助选育山羊品种奠定基础，对NCBI dbEST数据库中13497个EST进行聚类分析，获得1999个Contig和5182个singlets，利用软件MISA对此7181个uni—EST进行SSR分析，共发现483个EST—SSR，出现频率为6．73％，平均每10kb就出现一个SSR，这些SSR的长度介于12～174bp之间，平均长度为20．46bp，其中二核苷酸和三核苷酸SSR是主要的重复类型，占所有EST—SSR的81．99％。山羊EST—SSR一共有59种重复基元，其中出现最多的是AC／GT，占所有EST—SSR的21．5％。表明山羊EST—SSR出现频率高、种类丰富，而且58％的含有SSR的EST编码已知功能的蛋白，具有较高的应用价值。