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泰安市2017-2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征
被引量:
4
1
作者
韦庆娟
刘建生
+3 位作者
李娟
姚雪
周宏
史卫峰
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2019年第4期347-353,共7页
目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道...
目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道病毒(enterovirus,EV)通用引物,经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析,并进行同源性及氨基酸突变位点分析。结果4条CV-A4全基因组序列,标本来自17~19月龄幼儿。系统进化分析表明,除了MG550920/AA/Henan/2016以外,包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株(97.2%)均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型,98.5%的国内毒株均位于基因型D分支,4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是,分离株A1/Taian同澳大利亚株(C179、C062)的全长序列及VP1基因进化关系均较近,且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比,4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。结论4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,为近期国内流行株,与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异,值得进一步研究。
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关键词
柯萨奇病毒A4型
手足口病
VP1基因
系统进化分析
原文传递
题名
泰安市2017-2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征
被引量:
4
1
作者
韦庆娟
刘建生
李娟
姚雪
周宏
史卫峰
机构
泰安市妇幼保健院产前筛查中心
山东省
高等学校
新发
传染病
病因
流行病
学
重点
实验室
山东
第一
医科
大学
(
山东省
医学
科学院
)
出处
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2019年第4期347-353,共7页
基金
泰安市2017年科学技术发展计划(2017NS0106)
泰山学者工程专项(ts201511056)。
文摘
目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道病毒(enterovirus,EV)通用引物,经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析,并进行同源性及氨基酸突变位点分析。结果4条CV-A4全基因组序列,标本来自17~19月龄幼儿。系统进化分析表明,除了MG550920/AA/Henan/2016以外,包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株(97.2%)均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型,98.5%的国内毒株均位于基因型D分支,4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是,分离株A1/Taian同澳大利亚株(C179、C062)的全长序列及VP1基因进化关系均较近,且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比,4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。结论4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,为近期国内流行株,与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异,值得进一步研究。
关键词
柯萨奇病毒A4型
手足口病
VP1基因
系统进化分析
Keywords
Coxsackievirus A4
Hand,foot and mouth disease
VP1 gene
Phylogenetic analysis
分类号
S85 [农业科学—兽医学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
泰安市2017-2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征
韦庆娟
刘建生
李娟
姚雪
周宏
史卫峰
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2019
4
原文传递
已选择
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参考文献
引证文献
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