基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3~V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteriota)为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属(Acinetobacter)、棒杆菌属(Corynebacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)分别是分娩猪舍、妊娠猪舍以及保育猪舍中相对丰度最高的菌属。猪舍环境空气中存在创伤球菌属(Helcococcus)、链球菌属(Streptococcus)、军团菌属(Legionella)、沙雷菌属(Serratia)等多个对动物具有潜在致病力的菌属。[结论]猪舍环境微生物群落多样性丰富,分娩猪舍以及保育猪舍在细菌种类、系统进化多样性以及丰富程度上高于妊娠猪舍。研究发现的猪舍环境中潜在动物致病菌属为猪舍环境消毒的药物选择提供了依据。