柯萨奇病毒B组5型山东分离株基因特征分析

目的探明山东11株柯萨奇病毒B组5型(CVB5)的全基因组特征,探讨CVB5病毒遗传进化规律。方法采集2020年山东省手足口病患者的粪便样本,通过临床样本荧光定量检测、病毒分离、高通量和一代测序验证,共获得11株CVB5分离株,同时结合GenBank公共数据库中收录的CVB5病毒株全长基因组和结构蛋白VP1基因序列,构建最大似然系统进化树,研究CVB5基因特征和遗传进化规律。结果11株CVB5分离株全长基因组呈高度核苷酸和氨基酸相似性(>99.9%),与多数2008-2020年我国流行毒株均位于全基因组进化树的Group 4分支,且与2013年江苏省分离株417核苷酸相似性最高,为96.8%;11株CVB5分离株与Group 4参考株相比,P3区3A、3B、3C和3D基因核苷酸同源性均低于P1和P2区其他基因,且多为同义突变;11株CVB5分离株VP1基因位于我国主要流行亚型即C4基因亚型中,与2018年山东省分离株SWG14、SWG44、JN18120亲缘关系较近,核苷酸同源性为96.1%~98.2%。结论CVB5毒株在我国多地持续流行,11株山东分离株同国内多数CVB5株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,说明11株分离株均为近期国内流行株,它们所在Group 4为国内优势流行分支,C4基因亚型为国内VP1基因流行亚型。