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基于基因分型技术的燕麦SNP标记研究
被引量:
4
1
作者
董艳辉
刘龙龙
+6 位作者
温鑫
于宇凤
杨方
刘根科
崔林
曹秋芬
秦永军
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2019年第1期97-106,共10页
为加快燕麦分子辅助育种进程,以1981-1983年进行抗旱性鉴定的42份燕麦种质(18份低抗、13份中抗、11份高抗)和12个未鉴定的燕麦育成品种为试验材料,采用PstⅠ/MspⅠ双酶切的dd-GBS基因分型技术构建燕麦简化基因组参考序列,通过Stacks、...
为加快燕麦分子辅助育种进程,以1981-1983年进行抗旱性鉴定的42份燕麦种质(18份低抗、13份中抗、11份高抗)和12个未鉴定的燕麦育成品种为试验材料,采用PstⅠ/MspⅠ双酶切的dd-GBS基因分型技术构建燕麦简化基因组参考序列,通过Stacks、主成分分析、Fisher Test和Blast分析研究燕麦SNP分子标记。测序结果表明,燕麦个体的高质量reads数在4 111 218~19 019 296,利用Stacks软件成功组装753 325条燕麦简化基因组参考序列,共注释74 657个群体SNP位点。主成分分析表明,燕麦SNP基因型大致聚为2簇,其中一簇主要由14份低抗种质组成,另一簇则包含全部11份高抗种质。进一步的Fisher Test差异显著性统计分析表明,相对于燕麦低抗种质材料,共有2 937个SNP标记在燕麦高抗种质材料中差异显著((错误发现率False Discovery Rate,FDR)<0. 05),其中,55个SNP标记差异极显著(FDR <0. 001)。将上述55个SNP标记所在源序列与小麦基因组序列在Phytozome数据库中进行比对(Blast)发现,14个SNP位点可能参与燕麦抗旱生物学信号通路基因的表达,其中包括参与植物激素信号转导来调控燕麦的抗逆性。通过GBS技术成功组装的燕麦简化基因组参考序列,丰富了当前燕麦的基因组数据库。通过统计学分析得到的55个SNP标记与小麦基因组数据库进行比对,结果发现,14个SNP标记将对燕麦分子辅助育种和加速育种进程具有重要的指导意义,更可为今后的燕麦种质资源大规模快速筛选奠定技术基础。
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关键词
燕麦
基因分型技术
抗旱
基因型
SNP
下载PDF
职称材料
题名
基于基因分型技术的燕麦SNP标记研究
被引量:
4
1
作者
董艳辉
刘龙龙
温鑫
于宇凤
杨方
刘根科
崔林
曹秋芬
秦永军
机构
山西省
农业
科学院
生物技术
研究
中心
山西省农业科学院农作物品种资源研究所农业部黄土高原种质资源实验室
山西省
农业
科学院
农业
科技信息
研究所
山西省
农业
科学院
右玉
农业
试验站
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2019年第1期97-106,共10页
基金
山西省重点研发(社会发展)项目(201703D321024)
山西省农科院重点项目(YZD1508)
+1 种基金
山西省农科院种业专项(2016zyzx51)
国家燕麦荞麦产业技术体系(CARS-07-A2)
文摘
为加快燕麦分子辅助育种进程,以1981-1983年进行抗旱性鉴定的42份燕麦种质(18份低抗、13份中抗、11份高抗)和12个未鉴定的燕麦育成品种为试验材料,采用PstⅠ/MspⅠ双酶切的dd-GBS基因分型技术构建燕麦简化基因组参考序列,通过Stacks、主成分分析、Fisher Test和Blast分析研究燕麦SNP分子标记。测序结果表明,燕麦个体的高质量reads数在4 111 218~19 019 296,利用Stacks软件成功组装753 325条燕麦简化基因组参考序列,共注释74 657个群体SNP位点。主成分分析表明,燕麦SNP基因型大致聚为2簇,其中一簇主要由14份低抗种质组成,另一簇则包含全部11份高抗种质。进一步的Fisher Test差异显著性统计分析表明,相对于燕麦低抗种质材料,共有2 937个SNP标记在燕麦高抗种质材料中差异显著((错误发现率False Discovery Rate,FDR)<0. 05),其中,55个SNP标记差异极显著(FDR <0. 001)。将上述55个SNP标记所在源序列与小麦基因组序列在Phytozome数据库中进行比对(Blast)发现,14个SNP位点可能参与燕麦抗旱生物学信号通路基因的表达,其中包括参与植物激素信号转导来调控燕麦的抗逆性。通过GBS技术成功组装的燕麦简化基因组参考序列,丰富了当前燕麦的基因组数据库。通过统计学分析得到的55个SNP标记与小麦基因组数据库进行比对,结果发现,14个SNP标记将对燕麦分子辅助育种和加速育种进程具有重要的指导意义,更可为今后的燕麦种质资源大规模快速筛选奠定技术基础。
关键词
燕麦
基因分型技术
抗旱
基因型
SNP
Keywords
Oats
GBS
Drought tolerance
Genotype
SNP
分类号
S512.6 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于基因分型技术的燕麦SNP标记研究
董艳辉
刘龙龙
温鑫
于宇凤
杨方
刘根科
崔林
曹秋芬
秦永军
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2019
4
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职称材料
已选择
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