长链非编码RNA-Hexokinase 2的生物信息学分析

目的运用生物信息学分析方法,分析长链非编码RNA-Hexokinase 2(HK2)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNA-HK2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-HK2有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集。在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集分析。结果在miRDB数据库预测到50个miRNAs与lncRNA-HK2相作用,Starbase3.0数据库预测到14个miRNAs与之相作用,取2个数据库的交集得到hsa-miR-374a-5p、hsa-miR-374b-5p 2个miRNAs;GO功能注释显示hsa-miR-374a-5p的靶基因主要调控蛋白磷酸化、肿瘤发生通路、转录调控、DNA损伤反应、脂肪细胞分化及胚胎发育等基因及信号通路;hsa-miR-374b-5p作用的靶基因主要调控基因表达,调控序列特异性DNA结合转录因子的活性、翻译调控、细胞对于胰岛素的反应、细胞粘附及细胞周期等生物学过程,信号通路富集结果主要分布在TNF信号通路、RAS信号通路、人乳头状瘤病毒感染、转录错误调控及多种肿瘤信号通路等方面。结论长链非编码RNA HK2在细胞内的重要的调控作用,具体与蛋白磷酸化、肿瘤发生通路、转录调控、DNA损伤反应、翻译以及细胞周期等多条信号通路密切相关,其主要通过上述作用通路调控生理和病理进程。

dUTPase在胃癌中的表达及其对癌细胞增殖、迁移的影响

脱氧尿苷三磷酸核苷酸水解酶(deoxyuridine 5’-triphosphate nucleotidohydrolase,dUTPase)是由DUT基因编码的DNA合成过程中的关键酶。研究显示其在维护基因组稳定性过程中充当基因组管家的作用,而其在胃癌中的表达及作用尚不清楚。该研究首先利用iTRAQ标记的定量蛋白组学从胃癌组织样本中鉴定出dUTPase高表达,经TIMER数据库分析得出dUTPase在胃癌中高表达,并经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)及免疫组化(immunohistochemistry,IHC)等方法检测显示,dUTPase在胃癌组织中显著高表达,且其表达与组织学分级及TNM分期等临床病理因素相关。预后分析结果显示:dUTPase高表达与胃癌患者的首次进展生存期(first progression survival,FP)、总生存期(overall survival,OS)、复发后生存期(post progression survival,PPS)及HER2阳性状态显著相关。基因富集分析(gene set enrichments analysis,GSEA)结果显示:DUT高表达胃癌患者中有185条信号通路显著被激活,涉及DNA合成、DNA修复及基因组稳定性等多个方面。一系列体外功能实验结果显示,体外抑制DUT基因表达可显著抑制胃癌细胞的增殖及体外迁移。总之,该研究证实了dUTPase在胃癌中显著高表达,其表达可能与多条参与DNA合成、修复及基因组稳定性的肿瘤信号通路相关,靶向dUTPase可显著抑制胃癌细胞的增殖及迁移。

长链非编码RNA CASC9的靶基因预测及信号通路富集分析

目的运用生物信息学分析方法分析长链非编码RNA(CASC9)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述CASC9在细胞内的功能。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与CASC9有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果miRDB数据库预测到50个miRNA与CASC9相作用,Starbase数据库预测到23个miRNA与之相作用,取交集共得当16个miRNA;GO功能注释显示16个miRNA的靶基因主要分布在细胞内金属离子功能,如镁离子等;生物学过程主要分布在蛋白质的磷酸化和信号通路方面;信号通路富集结果主要分布在泛素介导的蛋白质降解通路、Autophage相关信号通路、MAPK信号通路、RAS信号通路以及细胞内的肿瘤信号通路等。结论长链非编码RNA CASC9在细胞内的调控作用与镁离子结合、蛋白质磷酸化调控、蛋白质泛素化降解、自噬以及多种肿瘤发生信号通路密切相关,其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展。

lncRNA-HMGCS1的靶基因预测及信号通路富集分析

目的 运用生物信息学方法,分析长链非编码RNA-HMGCS1在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNA-HMGCS1在细胞内的功能作用。方法 在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中分别以lncRNA-HMGCS1作为目标基因,搜索与其结合的所有miRNAs,将2个数据库搜索的结果取交集,得到候选miRNAs。在Starbase3.0数据库中预测miRNAs的靶基因,并在DAVID数据库进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果 miRDB数据库预测到95个miRNA与lncRNA-HMGCS1相作用,Starbase3.0数据库预测到167个miRNA与之相作用,选取2个数据库的交集共14个miRNA;GO功能注释显示14个miRNA的靶基因主要分布在转录调控、转录因子结合及细胞双链DNA结合等方面,生物学过程主要分布在细胞内转运,内质网-高尔基复合体物质转运等功能方面,信号通路富集结果主要分布在细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解方面。结论 长链非编码RNA-HMGCS1调控的细胞内靶基因及信号通路主要包括内质网-高尔基复合体物质转运、细胞衰老、细胞节律、细胞长时程增强以及泛素介导的蛋白降解等方面,进而调控细胞的生理和病理过程。

长链非编码RNA-Keratin 8的调控通路分析

目的运用生物信息学分析方法,分析长链非编码RNA-细胞角蛋白8(KRT8)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNA-KRT8在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-KRT8有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果在miRDB数据库预测到15个miRNAs与lncRNA-KRT8相作用,Starbase3.0数据库预测到60个miRNAs与之相作用,取2个数据库的交集共获得2个miRNAs;GO功能注释显示lncRNA-KRT8通过hsa-miR-150-5p作用的靶基因主要调控蛋白结合、RNA结合、金属离子结合信号通路、转录调控作用及蛋白质的磷酸化过程;通过hsa-miR-512-3p作用的靶基因主要调控蛋白结合、DNA结合、金属离子的结合信号通路、蛋白质的泛素化降解过程;通过hsa-miR-150-5p主要调控ErbB信号通路、肿瘤中糖蛋白信号通路、miRNAs、胃癌信号通路等;通过hsa-miR-512-3p作用的信号通路主要是乙型肝炎、人T细胞白血病病毒、前列腺癌、胰岛素抵抗和MAPK信号通路等。结论长链非编码RNA-KRT8在细胞内的调控作用具体与蛋白质的结合和金属离子结合及糖蛋白、脂代谢信号通路密切相关,其可通过上述作用通路调控疾病的病理进展。

长链非编码RNA-MAL2的靶基因预测及信号通路富集分析

目的运用生物信息学分析方法,分析长链非编码RNA-MAL2(lncRNA-MAL2)在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNA-MAL2在细胞内的功能作用。方法在miRDB数据库和Starbase3.0数据库中预测与lncRNA-MAL2有miRNA-lncRNA互作关系的miRNA,将结果取交集;在Starbase3.0数据库中预测miRNAs靶基因,并进行GO功能注释和Pathway通路富集。结果在miRDB数据库预测到95个miRNAs与lncRNA-MAL2相作用,Starbase3.0数据库预测到167个miRNAs与之相作用,取2个数据库的交集共获得5个miRNAs;GO功能注释显示其靶基因主要分布在镁离子结合、酶结合、蛋白激酶、蛋白泛素化等方面;生物学过程主要分布在细胞迁移、抑制细胞增殖、凋亡、蛋白转运和细胞周期等功能方面;信号通路富集主要分布在ErbB信号通路、生长激素合成、TNF信号通路、TGF-beta信号通路及雌激素信号通路等方面。结论lncRNA-MAL2在细胞内的重要调控作用具体与酶结合、蛋白激酶、蛋白泛素化、细胞迁移、抑制细胞增殖、凋亡、蛋白转运和细胞周期等多条信号通路密切相关。