MSTN基因启动子区多态性与黄杂鸡体重和体尺指标的相关性研究

试验旨在研究MSTN基因启动子区多态性与黄杂鸡体重和体尺指标间的相关性,探寻可用于黄杂鸡选育的分子遗传标记。从乐山市井研养鸡场随机选取92只黄杂鸡,其中母鸡58只,公鸡34只,分别对其体重和各体尺指标进行测定,同时采用PCR-RFLP方法检测MSTN基因启动子区的单核苷酸多态性(SNP)。结果表明,在ATG上游1782位(A→G)发现1个SNP位点,即SNP(c.-1782A>G)。分析MSTN基因多态性与体重和体尺指标的关系,表现为三种基因型:CC、CT和TT,CC基因型的个体在各项指标中显著高于CT和TT基因型个体。基因型与体重和体尺指标的相关性分析结果表明,CC基因型的黄杂鸡体斜长极显著高于CT和TT基因型黄杂鸡的(P<0.01),CC基因型的个体体重显著高于CT和TT基因型黄杂鸡(P<0.05),其余黄杂鸡指标性状在不同基因型组间差异不显著(P>0.05)。说明MSTN基因启动子区SNP(c.-1782A>G)与黄杂鸡的体重和体斜长密切相关,该SNP可以作为黄杂鸡选育的分子遗传标记之一。

利用生物信息分析筛选脂代谢相关候选基因

通过公共数据平台提供的多种转录组测序数据筛选与脂代谢相关的候选基因。National Center for Biotechnology Information网站的GEO数据库中筛选与小鼠3T3-L1脂肪细胞相关的三个测序数据,取每组数据前250个差异表达基因作为本次实验数据集,根据实验目的,对两两组差异表达基因进行合并,寻找共有基因得到脂代谢调控相关的候选基因,并通过qPCR实验进行验证。通过NCBI网站提供的数据库,找到了三个与小鼠3T3-L1脂肪细胞分化相关的公共数据,分别为GES6794、GES12929、GES49176。生物信息学合并分析发现,大量基因参与PPARγ通路调控脂肪细胞分化,其中Complement factor D基因参与3T3-L1、胚胎干细胞分化,同时在内脏脂肪组织中也有所表达。Carbonyl reductase 2基因在3T3-L1、成纤维细胞以及胚胎干细胞分化过程中均有表达。Gpd1、Cidec、Acsl1、Adipoq、G0s2、Ppp1r1a、St3gal5、Hsd11b1、Surf4等基因在3T3-L1脂肪细胞整个分化过程中差异表达。qPCR结果显示,上述基因在脂肪细胞分化过程中呈现显著变化,可能作为调控脂肪代谢的候选基因。本研究为探索脂代谢提供新的候选基因,同时也为了解人类肥胖、脂肪积累以及增加动物肌肉内脂肪含量提升肉质性状提供新的研究方向。

siRNA抑制SLC6A9和SLC38A4基因表达对小鼠B16细胞黑色素合成关键基因表达的影响

溶质转运蛋白家族相关基因在黑色素合成过程中发挥着重要作用。为了进一步证明新发现的SLC6A9和SLC38A4两个候选基因在黑色素合成/沉积过程中的作用,以小鼠黑色素瘤B16细胞作为受试细胞,通过siRNA抑制SLC6A9和SLC38A4基因表达,分析相关黑色素合成关键基因表达,进一步确定SLC6A9和SLC38A4是否参与黑色素合成与调控。结果表明:抑制SLC6A9表达能显著下调PMEL、KIT和TYRP1基因表达(P<0.01),抑制SLC38A4基因表达能显著下调MC1R基因的mRNA表达水平(P<0.01),说明SLC6A9和SLC38A4基因表达可能参与B16细胞黑色素合成,其中SLC38A4基因可能通过MC1R信号通路调控真黑色素和褐黑色素合成比例。