甘油脱水酶和二醇脱水酶β亚基生物信息学分析

依赖辅酶B12的甘油脱水酶和二醇脱水酶是同工酶。它们不仅氨基酸序列和蛋白质折叠方式非常相似,而且有着相同的催化机制。该文在同一菌株中将编码甘油脱水酶β亚基基因和编码二醇脱水酶β亚基基因片段分别克隆至T载体,从而获得两段核苷酸片段序列,将pddB序列提交Genbank数据库,获登陆号为DQ483052。同时结合PDB数据库中甘油脱水酶和二醇脱水酶的晶体结构,该文用生物信息学方法对所测序列进行了初步分析,并对两种同工酶的β亚基对脱水酶与辅酶的亲和力进行了比较。

甘油脱水酶再激活酶的克隆表达及活性鉴定

运用PCR技术从克雷伯氏菌的基因组中分别扩增得到了编码甘油脱水酶再激活酶α、β两个亚基的基因gdrA、gdrB。将gdrA、gdrB克隆至pMD-18T载体上,构建克隆载体pMD-gdrAB。经测序正确后,将gdrAB亚克隆至表达载体pET-28a(+)上构建表达质粒pET-28gdrAB。利用双抗生素筛选法,将pET-28gdrAB与连有甘油脱水酶基因的表达载体pET-32gldABC在大肠杆菌菌株BL21(DE3)中共表达,鉴定了甘油脱水酶再激活酶的活性。

克氏肺炎杆菌NiFe-氢酶基因的克隆与序列分析

采用CLUSTAL-W软件对Swiss-Prot蛋白数据库中已报道的NiFe-氢酶大亚基氨基酸序列进行比对分析,找到保守区并根据此设计兼并引物。利用其中一对引物进行PCR得到一条大小约为1000bp的DNA序列,并根据此序列设计引物进行反向PCR得到整个NiFe-氢酶的序列。再利用生物信息学软件对此氢酶的序列进行二、三级结构预测及大小亚基的对接(docking)。结果表明克氏肺炎杆菌的NiFe-氢酶属于一类膜结合放氢酶(Ech氢酶)。

共底物混菌发酵产1,3-丙二醇研究

以葡萄糖和甘油作为共底物培养基,将利用葡萄糖产甘油的酵母Candida krusei和利用甘油产1,3-丙二醇的细菌Klebsiella pneumoniae进行混菌培养,考查了双菌混合培养转化葡萄糖生成1,3-丙二醇的能力。首先考察了不同初始甘油和葡萄糖浓度对发酵结果的影响,在葡萄糖浓度为100 g/L和甘油浓度为80 g/L时得到较好的结果。然后在混合培养基中,对Candida krusei和Klebsiella pneumoniae分别独立培养时的生长情况,与双菌混合培养时的菌体生长情况作了比较,并同时对底物的利用和产物的生成情况作了比较。结果表明,葡萄糖的加入会抑制Klebsiella pneumoniae的生长,但是随着Candida krusei对葡萄糖的不断利用,葡萄糖对Klebsiella pneumoniae的生长的抑制会减弱。双菌混合培养可以将部分葡萄糖转化为1,3-丙二醇,但是其转化效率不高。

计算机模拟短小芽孢杆菌木聚糖酶与底物木聚糖的对接

克隆测序短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)木聚糖酶基因,在同源建模所得三维结构的基础上寻找底物结合可能的活性口袋,用计算机模拟其与底物木聚糖的对接,预测酶与催化反应过程的关键氨基酸残基。所得的信息对木聚糖酶的定向改造有重要意义。

枯草芽孢杆菌甲壳素脱乙酰酶的酶学性质

研究了甲壳素脱乙酰酶的热稳定性及酶的反应体系作用条件:酶(干重)添加量为40 mg.L-1,甲壳素底物(干重)质量浓度为75 mg.L-1,反应时间为90 m in,金属离子Mg2+对酶活有激活作用,在最适宜反应条件下的酶活为2250 U.L-1。甲壳素脱乙酰酶的酶解方式为外切酶型,酶降解终产物对酶活力有抑制作用,酶对甲壳素有一定的降解作用。