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巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析
被引量:
5
1
作者
莫家远
高九昱
+9 位作者
奉玲丽
李月月
田威龙
刘笑笑
程锋
梁靓
雷树桥
文蔚
梁晶
兰干球
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第12期3965-3975,共11页
为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析(GWAS)定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型...
为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析(GWAS)定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因(CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7)作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。
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关键词
巴马香猪
产活仔数
全基因组关联分析(GWAS)
候选基因
芯片
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题名
巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析
被引量:
5
1
作者
莫家远
高九昱
奉玲丽
李月月
田威龙
刘笑笑
程锋
梁靓
雷树桥
文蔚
梁晶
兰干球
机构
广西大学动物科学技术学院
广西里建桂宁种
猪
有限公司
巴马原种香猪农牧实业有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第12期3965-3975,共11页
基金
国家现代农业产业技术体系(nycytxgxcxtd-15-01)
广西创新驱动发展专项(桂科AA17204029)
广西科技重大专项(桂科AA17292002)。
文摘
为寻找与巴马香猪产活仔数相关的分子标记,试验利用全基因组关联分析(GWAS)定位并筛选了影响产活仔数性状的候选基因,采集297头具有多胎产仔记录的巴马香猪耳组织样品,提取DNA并利用猪50K SNP芯片进行基因分型,分型结果经质控与基因型填充后,使用Tassel软件对巴马香猪产活仔数性状进行全基因组关联分析。结果显示,巴马香猪平均窝产活仔数在1~9胎内随着胎次增加逐渐升高;经质控过滤后共获得32816个SNPs位点,利用全基因组关联分析共筛选到8个与巴马香猪产活仔数相关的SNPs位点,分别在基因组或染色体水平达到显著;对关联显著SNP位点上下游500 kb内的编码基因进行富集分析,并依据猪繁殖性状相关QTL区域及基因功能,最终筛选到4个基因(CAPZB、MSH3、CITED2和HSD17B7)作为影响巴马香猪产活仔数的候选基因。
关键词
巴马香猪
产活仔数
全基因组关联分析(GWAS)
候选基因
芯片
Keywords
Bama Xiang pigs
alive litter size
genome-wide association study(GWAS)
candidate gene
chip
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
巴马香猪产活仔数性状全基因组关联分析
莫家远
高九昱
奉玲丽
李月月
田威龙
刘笑笑
程锋
梁靓
雷树桥
文蔚
梁晶
兰干球
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020
5
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