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一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较
被引量:
2
1
作者
郑金鑫
董琨
+5 位作者
陈重
潘伟光
李多云
刘晓军
邓启文
余治健
《中国热带医学》
CAS
2014年第10期1169-1171,1181,共4页
目的研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异。方法从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(E.fecalis Deng1)。通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测...
目的研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异。方法从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(E.fecalis Deng1)。通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing)。基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析。基因组gap closures通过Sanger测序法确定。通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline(PGAAP)进行基因组注释。参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析。结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5%。基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子。E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子。E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因。结论完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识。
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关键词
粪肠球菌
利奈唑胺
高通量测序
全基因组序列
致病岛
原文传递
利奈唑胺体外诱导粪肠球菌中介耐药及机制研究
被引量:
1
2
作者
郑金鑫
马桂红
+5 位作者
潘伟光
李多云
陈重
刘晓军
邓启文
余治健
《中国热带医学》
CAS
2013年第7期797-799,共3页
目的研究利奈唑胺对粪肠球菌中介耐药的体外诱导作用并探讨其耐药机制。方法采用多步诱导法对4株临床分离粪肠球菌以及质控菌株进行体外诱导耐药试验,采用琼脂平皿二倍稀释法测定诱导前后的MIC值,采用PCR测序法检测粪肠球菌4个23S rRNA ...
目的研究利奈唑胺对粪肠球菌中介耐药的体外诱导作用并探讨其耐药机制。方法采用多步诱导法对4株临床分离粪肠球菌以及质控菌株进行体外诱导耐药试验,采用琼脂平皿二倍稀释法测定诱导前后的MIC值,采用PCR测序法检测粪肠球菌4个23S rRNA V区基因的变异。结果4株临床分离粪肠球菌和质控菌株均诱导出中介株和稳定耐药株,在中介株和耐药株中均检测到了G2576U、G2505A和C2424U变异,2株中介株和耐药株还同时存在G2576U和C2424U变异。结论利奈唑胺可体外诱导粪肠球菌产生中介株和稳定性耐药株,粪肠球菌中介株即可出现23S rRNA V区基因变异。
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关键词
粪肠球菌
利奈唑胺
体外诱导
耐药
中介
变异
原文传递
HBV逆转录酶区自然变异与不同阶段慢性肝病进展的关系
3
作者
郑金鑫
李多云
+4 位作者
陈重
邓名贵
刘晓军
邓启文
余治健
《中国热带医学》
CAS
2013年第6期738-742,共5页
目的研究HBV逆转录酶区(reverse transcriptase,RT)自然变异情况,分析与不同阶段慢性肝病的关系。方法收集年龄和性别比例相匹配的三组患者(未接受抗病毒治疗):慢性乙型肝炎227例,肝硬化167例和肝癌121例,采用PCR后直接测序法检测HBV逆...
目的研究HBV逆转录酶区(reverse transcriptase,RT)自然变异情况,分析与不同阶段慢性肝病的关系。方法收集年龄和性别比例相匹配的三组患者(未接受抗病毒治疗):慢性乙型肝炎227例,肝硬化167例和肝癌121例,采用PCR后直接测序法检测HBV逆转录酶区变异,同时确定基因型。结果患者以HBV基因B型为主,分析全部418例B型患者(慢乙肝,173例;肝硬化,135例;肝癌,110例),发现了核苷(酸)类似物(Nucleos(t)ide analogue,NA)相关耐药变异(rtL80I/V,rtI169T,rtV173L,rtL180M,rtA181T,rtS202C,rtM204I/V,rtN236T);HBV逆转录酶区rtS106C变异在慢乙肝和肝硬化组患者中的阳性率(13.3%和14.8%)高于肝癌组(5.5%)患者(χ2=4.494,P=0.034和χ2=5.598,P=0.018);rtD134E/G/N/S变异在慢乙肝和肝硬化组患者中的阳性率(21.4%和20.7%)高于肝癌组(10.0%)患者(χ2=6.191,P=0.013和χ2=5.224,P=0.022);HBV逆转录酶区A-B间域的变异频率在慢乙肝和肝硬化组患者中(5.4%和6.0%)高于肝癌组(3.4%)患者(χ2=11.188,P=0.001和χ2=16.325,P<0.001)。结论不同阶段慢性HBV感染者(未接受抗病毒治疗)确实存在核苷(酸)类似物耐药相关变异。HBV逆转录酶区的rtS106C变异、rtD134E/G/N/S变异和A-B间域变异可能与慢性肝病的炎症坏死、免疫反应和纤维化进展有关。
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关键词
乙型肝炎病毒
逆转录酶区
变异
初治
临床结局
原文传递
题名
一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较
被引量:
2
1
作者
郑金鑫
董琨
陈重
潘伟光
李多云
刘晓军
邓启文
余治健
机构
广东医学院附属深圳市南山区人民医院感染疾病科
出处
《中国热带医学》
CAS
2014年第10期1169-1171,1181,共4页
基金
深圳市南山区卫生科技计划项目(No.2012028)
深圳市南山区卫生科技计划项目(No.2012021)
深圳市科技创新-知识创新计划项目(No.45584896-4)
文摘
目的研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异。方法从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(E.fecalis Deng1)。通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing)。基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析。基因组gap closures通过Sanger测序法确定。通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline(PGAAP)进行基因组注释。参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析。结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5%。基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子。E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子。E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因。结论完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识。
关键词
粪肠球菌
利奈唑胺
高通量测序
全基因组序列
致病岛
Keywords
Enterococcus faecalis
Linezolid
High-throughput sequencing
Complete genome sequence
Pathogenicityislands (PAIs)
分类号
R515.9 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
利奈唑胺体外诱导粪肠球菌中介耐药及机制研究
被引量:
1
2
作者
郑金鑫
马桂红
潘伟光
李多云
陈重
刘晓军
邓启文
余治健
机构
广东医学院附属深圳市南山区人民医院感染疾病科
出处
《中国热带医学》
CAS
2013年第7期797-799,共3页
基金
深圳市医学临床重点专科经费资助
文摘
目的研究利奈唑胺对粪肠球菌中介耐药的体外诱导作用并探讨其耐药机制。方法采用多步诱导法对4株临床分离粪肠球菌以及质控菌株进行体外诱导耐药试验,采用琼脂平皿二倍稀释法测定诱导前后的MIC值,采用PCR测序法检测粪肠球菌4个23S rRNA V区基因的变异。结果4株临床分离粪肠球菌和质控菌株均诱导出中介株和稳定耐药株,在中介株和耐药株中均检测到了G2576U、G2505A和C2424U变异,2株中介株和耐药株还同时存在G2576U和C2424U变异。结论利奈唑胺可体外诱导粪肠球菌产生中介株和稳定性耐药株,粪肠球菌中介株即可出现23S rRNA V区基因变异。
关键词
粪肠球菌
利奈唑胺
体外诱导
耐药
中介
变异
Keywords
Enterococcus faecalis
Linezolid
Induction in vitro
Resistance
Intermediary
variations
分类号
R978.1 [医药卫生—药品]
原文传递
题名
HBV逆转录酶区自然变异与不同阶段慢性肝病进展的关系
3
作者
郑金鑫
李多云
陈重
邓名贵
刘晓军
邓启文
余治健
机构
广东医学院附属深圳市南山区人民医院感染疾病科
出处
《中国热带医学》
CAS
2013年第6期738-742,共5页
文摘
目的研究HBV逆转录酶区(reverse transcriptase,RT)自然变异情况,分析与不同阶段慢性肝病的关系。方法收集年龄和性别比例相匹配的三组患者(未接受抗病毒治疗):慢性乙型肝炎227例,肝硬化167例和肝癌121例,采用PCR后直接测序法检测HBV逆转录酶区变异,同时确定基因型。结果患者以HBV基因B型为主,分析全部418例B型患者(慢乙肝,173例;肝硬化,135例;肝癌,110例),发现了核苷(酸)类似物(Nucleos(t)ide analogue,NA)相关耐药变异(rtL80I/V,rtI169T,rtV173L,rtL180M,rtA181T,rtS202C,rtM204I/V,rtN236T);HBV逆转录酶区rtS106C变异在慢乙肝和肝硬化组患者中的阳性率(13.3%和14.8%)高于肝癌组(5.5%)患者(χ2=4.494,P=0.034和χ2=5.598,P=0.018);rtD134E/G/N/S变异在慢乙肝和肝硬化组患者中的阳性率(21.4%和20.7%)高于肝癌组(10.0%)患者(χ2=6.191,P=0.013和χ2=5.224,P=0.022);HBV逆转录酶区A-B间域的变异频率在慢乙肝和肝硬化组患者中(5.4%和6.0%)高于肝癌组(3.4%)患者(χ2=11.188,P=0.001和χ2=16.325,P<0.001)。结论不同阶段慢性HBV感染者(未接受抗病毒治疗)确实存在核苷(酸)类似物耐药相关变异。HBV逆转录酶区的rtS106C变异、rtD134E/G/N/S变异和A-B间域变异可能与慢性肝病的炎症坏死、免疫反应和纤维化进展有关。
关键词
乙型肝炎病毒
逆转录酶区
变异
初治
临床结局
Keywords
Hepatitis B virus
Reverse transcriptase
Mutations
Naive
Clinical outcomes.
分类号
R373.21 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较
郑金鑫
董琨
陈重
潘伟光
李多云
刘晓军
邓启文
余治健
《中国热带医学》
CAS
2014
2
原文传递
2
利奈唑胺体外诱导粪肠球菌中介耐药及机制研究
郑金鑫
马桂红
潘伟光
李多云
陈重
刘晓军
邓启文
余治健
《中国热带医学》
CAS
2013
1
原文传递
3
HBV逆转录酶区自然变异与不同阶段慢性肝病进展的关系
郑金鑫
李多云
陈重
邓名贵
刘晓军
邓启文
余治健
《中国热带医学》
CAS
2013
0
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