目的:双特异性酪氨酸磷酸化调节激酶,也称CDC样激酶(cell division cycle like kinases,CDC-like kinases,CLK),是一种双特异性蛋白激酶,其参与神经系统疾病、代谢异常、肿瘤等多个病理及生理过程,其中CLK3参与肝癌、乳腺癌等多种肿瘤...目的:双特异性酪氨酸磷酸化调节激酶,也称CDC样激酶(cell division cycle like kinases,CDC-like kinases,CLK),是一种双特异性蛋白激酶,其参与神经系统疾病、代谢异常、肿瘤等多个病理及生理过程,其中CLK3参与肝癌、乳腺癌等多种肿瘤的发生和发展,但其在结直肠癌中的表达情况及临床意义尚无相关报道。本研究通过挖掘肿瘤在线数据库,探讨CLK3在结直肠癌中的表达及临床意义。方法:利用基因表达谱交互分析2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2,GEPIA2)数据库及GEO2R工具对CLK3在肿瘤间及结直肠癌组织和正常组织间作差异分析,获取差异表达结果后利用UALCN(The University of Alabama at Birmingham Cancer Data Analysis Portal)数据库对CLK3表达差异组作Kaplan-Meier生存分析。利用LinkedOmics数据库对CLK3进行共表达分析,并筛选出与之呈正相关及负相关的各50个基因,然后对获取的100个基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,同时利用TIMER2.0数据库对CLK3进行免疫相关分析。在组织表达层面,利用人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库查询CLK3在结直肠癌与正常肠道组织的免疫组织化学标本,分析其表达差异。结果:在UALCN数据库中,与正常组织比较,CLK3在结肠癌组织中低表达(P<0.01),而在直肠癌组织中表达差异无统计学意义(P>0.05)。CLK3的表达水平与结直肠癌患者的预后显著相关(P<0.05),表现为其高表达与不良预后相关。GO与KEGG通路富集结果显示:CLK3共表达基因富集于抗原肽呈递、物质代谢合成过程、转录调节过程的酶反应、γ干扰素介导的信号通路、Wnt信号通路及肠道免疫炎症过程等。相关性分析显示:结肠癌中CLK3表达与BRAF、HERS、NTRK1、PIK3CA基因突变相关,直肠癌中CLK3表达与BRAF和PIK3CA基因突变相关。进一步免疫浸润分析结果显示:在结肠癌中,CLK3的表达水平与CD8+T细胞、CD4+T细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关(均P<0.05);在直肠癌中,CLK3的表达水平与CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关(均P<0.05)。在免疫组织化学染色切片中,结肠癌和直肠癌CLK3蛋白表达水平均低于正常结肠组织(均P<0.05)。结论:CLK3在结直肠癌中存在差异表达,是结直肠癌生存预后的指标,有望成为结直肠癌的预后评估和临床治疗的有效靶点之一。展开更多
文摘目的:双特异性酪氨酸磷酸化调节激酶,也称CDC样激酶(cell division cycle like kinases,CDC-like kinases,CLK),是一种双特异性蛋白激酶,其参与神经系统疾病、代谢异常、肿瘤等多个病理及生理过程,其中CLK3参与肝癌、乳腺癌等多种肿瘤的发生和发展,但其在结直肠癌中的表达情况及临床意义尚无相关报道。本研究通过挖掘肿瘤在线数据库,探讨CLK3在结直肠癌中的表达及临床意义。方法:利用基因表达谱交互分析2(Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2,GEPIA2)数据库及GEO2R工具对CLK3在肿瘤间及结直肠癌组织和正常组织间作差异分析,获取差异表达结果后利用UALCN(The University of Alabama at Birmingham Cancer Data Analysis Portal)数据库对CLK3表达差异组作Kaplan-Meier生存分析。利用LinkedOmics数据库对CLK3进行共表达分析,并筛选出与之呈正相关及负相关的各50个基因,然后对获取的100个基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,同时利用TIMER2.0数据库对CLK3进行免疫相关分析。在组织表达层面,利用人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库查询CLK3在结直肠癌与正常肠道组织的免疫组织化学标本,分析其表达差异。结果:在UALCN数据库中,与正常组织比较,CLK3在结肠癌组织中低表达(P<0.01),而在直肠癌组织中表达差异无统计学意义(P>0.05)。CLK3的表达水平与结直肠癌患者的预后显著相关(P<0.05),表现为其高表达与不良预后相关。GO与KEGG通路富集结果显示:CLK3共表达基因富集于抗原肽呈递、物质代谢合成过程、转录调节过程的酶反应、γ干扰素介导的信号通路、Wnt信号通路及肠道免疫炎症过程等。相关性分析显示:结肠癌中CLK3表达与BRAF、HERS、NTRK1、PIK3CA基因突变相关,直肠癌中CLK3表达与BRAF和PIK3CA基因突变相关。进一步免疫浸润分析结果显示:在结肠癌中,CLK3的表达水平与CD8+T细胞、CD4+T细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关(均P<0.05);在直肠癌中,CLK3的表达水平与CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞的浸润水平呈正相关(均P<0.05)。在免疫组织化学染色切片中,结肠癌和直肠癌CLK3蛋白表达水平均低于正常结肠组织(均P<0.05)。结论:CLK3在结直肠癌中存在差异表达,是结直肠癌生存预后的指标,有望成为结直肠癌的预后评估和临床治疗的有效靶点之一。
