磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1(PCK1)与AcCoA的分子动力学模拟研究

PCK1是糖异生途径的第一个限速酶,能够消耗GTP并催化草酰乙酸生成磷酸烯醇式丙酮酸(PEP),而PEP是多种反应的前体物质。本研究通过分子对接及分子动力学模拟的手段发现,乙酰辅酶A(AcCoA)能被该酶的活性中心结合,结合位点为Gly289、Lys342、Arg436、Trp516、Phe530和Asn533。通过分子动力学模拟证实,AcCoA-PCK1比apo-PCK1具有更低的RMSD、RMSF、Rg、SASA值,说明结合配体分子将促使蛋白整体构象更加稳定。这些结果表明,AcCoA与GTP的结合位点高度吻合,暗示在某种生理条件下两种底物分子可能存在竞争关系,从而使蛋白发生乙酰化修饰或者达到抑制PCK1催化功能的作用。总之,本研究从原子水平探究了AcCoA与PCK1潜在的相互作用机制。