成人急性B淋巴细胞白血病全基因组miRNA表达谱及其染色体分布

目的研究成人急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)的miRNA表达谱及其基因在染色体上的分布特征。方法应用Illumina测序技术对15例成人B-ALL患者与10例非恶性血液病对照者骨髓样本的miRNA表达丰度进行对比分析,确定其表达差异及其基因在染色体上的分布情况,并通过q-PCR对部分测序结果进行验证。结果两组样本间差异表达的miRNA共291种,168种miRNA在B-ALL组呈表达上调,123种miRNA呈表达下调。两组miRNA基因在染色体上的分布趋于一致,但其表达丰度的分布却有明显的差异:B-ALL组主要分布于1、2、5和9号染色体,而对照组则主要分布于3、7、9、17和X号染色体。结论多种在成人B-ALL骨髓样本中呈异常表达的miRNA。

成人急性B淋巴细胞白血病微小RNA和转录因子的生物信息学分析

目的 构建成人急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)的miRNA-转录因子调控网络,发现新的核心调控因子。方法 综合运用miRNA测序、转录因子芯片结合生物信息学分析的系统生物学方法构建B-ALL的miRNA-转录因子调控网络,从中鉴定出调控模块和核心调控因子并对网络节点进行GO和Pathway分析。结果 在miRNA-转录因子调控网络中鉴定出535个调控模块(包括526个前馈环和9个反馈环)以及47个核心调控因子(包括28个核心miRNA和19个核心转录因子)。GO分析表明,网络节点主要参与了基因表达的正性调控、大分子代谢过程的正性调控、造血或淋巴样器官发育等10个生物学过程。Pathway分析表明,网络节点主要富集在癌症信号通路、癌症转录失调信号通路以及慢性髓性白血病信号通路等25个信号通路。结论 多种核心调控因子可能在B-ALL发病机制中起一定作用。