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基于生物信息学和转录组测序分析血管肉瘤细胞和血管肉瘤干细胞样细胞来源外泌体差异表达谱
1
作者
赵凯
蔡文平
+2 位作者
彭昊
金珊
庞丽娟
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期2083-2090,I0001-I0004,共12页
目的:借助生物信息学分析探究血管肉瘤细胞ISOHAS与血管肉瘤干细胞样细胞Sphere来源外泌体的关键差异表达基因(DEGs)及富集的生物学功能与信号通路,探寻血管肉瘤新的治疗靶点。方法:对ISOHAS与Sphere来源外泌体进行转录组测序,以|log2FC...
目的:借助生物信息学分析探究血管肉瘤细胞ISOHAS与血管肉瘤干细胞样细胞Sphere来源外泌体的关键差异表达基因(DEGs)及富集的生物学功能与信号通路,探寻血管肉瘤新的治疗靶点。方法:对ISOHAS与Sphere来源外泌体进行转录组测序,以|log2FC|>2、FDR<0.05为标准筛选两种细胞来源外泌体DEGs,通过生物信息学分析对DEGs进行GO和KEGG通路富集分析,识别富集DEGs的生物学功能和信号通路,利用STRING数据库筛选关键DEGs。利用iPath对代谢途径进行可视化分析,确定DEGs富集的代谢途径。结果:转录组测序结果显示,ISOHAS与Sphere来源外泌体有91个DEGs;GO和KEGG通路富集分析显示,DEGs主要富集的生物学功能和信号通路分别为对糖皮质激素的反应、TNF信号通路,STRING数据库显示TNF、IL-6为关键DEGs。iPath代谢网络分析显示DEGs主要集中于脂质代谢、核苷酸代谢。结论:Sphere来源外泌体可能通过携带关键基因TNF、IL-6干预糖皮质激素反应、TNF信号通路、脂质代谢、核苷酸代谢等生物学功能和信号通路,对血管肉瘤发生发展产生影响,为血管肉瘤治疗提供了新靶点。
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关键词
血管肉瘤
肿瘤干细胞
外泌体
转录组测序
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题名
基于生物信息学和转录组测序分析血管肉瘤细胞和血管肉瘤干细胞样细胞来源外泌体差异表达谱
1
作者
赵凯
蔡文平
彭昊
金珊
庞丽娟
机构
石河子
大学
医学院第一
附属
医院
病理科
广东医科大学附属湛江中心人民医院病理科
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期2083-2090,I0001-I0004,共12页
基金
国家自然科学基金(82060054)
兵团财政科技计划(2020BC003)
+2 种基金
中国医学科学院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(2020-PT330-003)
湛江中心人民医院高层次人才科研启动经费(2022A15,2022A16)
湛江市科技发展专项竞争性分配项目(2022A01028,2022A01103)。
文摘
目的:借助生物信息学分析探究血管肉瘤细胞ISOHAS与血管肉瘤干细胞样细胞Sphere来源外泌体的关键差异表达基因(DEGs)及富集的生物学功能与信号通路,探寻血管肉瘤新的治疗靶点。方法:对ISOHAS与Sphere来源外泌体进行转录组测序,以|log2FC|>2、FDR<0.05为标准筛选两种细胞来源外泌体DEGs,通过生物信息学分析对DEGs进行GO和KEGG通路富集分析,识别富集DEGs的生物学功能和信号通路,利用STRING数据库筛选关键DEGs。利用iPath对代谢途径进行可视化分析,确定DEGs富集的代谢途径。结果:转录组测序结果显示,ISOHAS与Sphere来源外泌体有91个DEGs;GO和KEGG通路富集分析显示,DEGs主要富集的生物学功能和信号通路分别为对糖皮质激素的反应、TNF信号通路,STRING数据库显示TNF、IL-6为关键DEGs。iPath代谢网络分析显示DEGs主要集中于脂质代谢、核苷酸代谢。结论:Sphere来源外泌体可能通过携带关键基因TNF、IL-6干预糖皮质激素反应、TNF信号通路、脂质代谢、核苷酸代谢等生物学功能和信号通路,对血管肉瘤发生发展产生影响,为血管肉瘤治疗提供了新靶点。
关键词
血管肉瘤
肿瘤干细胞
外泌体
转录组测序
Keywords
Angiosarcoma
Cancer stem cells
Exosomes
Transcriptome sequencing
分类号
R732.2 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于生物信息学和转录组测序分析血管肉瘤细胞和血管肉瘤干细胞样细胞来源外泌体差异表达谱
赵凯
蔡文平
彭昊
金珊
庞丽娟
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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