四川牦牛PPARGC1B基因SNP位点筛选及生物信息学分析

采用PCR产物直接测序法检测四川牦牛过氧化物酶增殖激活受体γ辅激活因子-1β(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,coactivator 1 beta,PPARGC1B)基因SNP位点,同时通过PCR扩增和测序获得四川牦牛PPARGC1B基因编码区,并对编码蛋白和mRNA二级结构进行了生物信息学预测分析。结果显示,本试验通过四川牦牛PPARGC1B基因的单核苷酸多态性检测结果,筛选出E9-189 A→C、E9-387 G→A、E9-542 C→T和E9-554 T→C共4个外显子SNP突变位点,其中E9-387 G→A和E9-554 T→C位点与四川牦牛肉品质性状中的剪切力和背膘厚具有显著相关性;对4个突变位点的生物信息学分析结果显示,PPARGC1B蛋白属于酸性、不稳定、非跨膜和非分泌型亲水蛋白,有卷曲螺旋结构,不存在信号肽和跨膜区域,主要在细胞核中发挥生物学作用,有106个磷酸化位点和1个糖基化位点,1个保守结构RRM结构,二级结构主要α-螺旋和无规则卷曲为主;PPARGC1B基因突变前后蛋白结构未发生变化,mRNA二级结构出现了显著差异。结果表明,PPARGC1B基因SNP位点可作为影响四川牦牛肉品质性状的分子标记,并应用于肉牛的标记辅助选择,同时对PPARGC1B基因相关SNP位点的生物信息学分析也为深入探讨该基因的生物学功能奠定基础。