【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富PCV2分子流行病学数据,为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测,发现1株具...【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富PCV2分子流行病学数据,为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测,发现1株具有高病毒载量的PCV2毒株,命名为GD222858。通过PCR方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用MegAlign软件将该毒株ORF1、ORF2基因编码的氨基酸序列与PCV2同亚型参考毒株进行比对,分析氨基酸序列的相似性;采用DNAStar预测该毒株的Cap蛋白二级结构及B细胞表位,并与4株疫苗株DBN-SX07-2(HM641752)、LG(HM038034)、SH(HM038027)、ZJ(AY686764)的Cap蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858毒株基因组长度为1767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于PCV2d亚型。与国内外82株参考毒株的核苷酸相似性为91.4%~99.6%,与越南毒株Han8(GenBank登录号:JQ181600)的亲缘关系最近。在ORF1编码的Rep蛋白处发现多个特异性突变位点F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2编码的Cap蛋白相对保守。Protean预测Cap蛋白的氨基酸第5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232位置处均可能存在潜在的B细胞表位。GD222858毒株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株均有差异,在氨基酸45~57、124~132、223~233位置处抗原指数明显高于4株疫苗株,且与疫苗株HM038034差异最大。【结论】GD222858毒株感染猪群的原因可能是Rep蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。展开更多
文摘从GenBank上可查的全部424株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)全基因序列中筛选出了42株来源于广东的PRRSV毒株全基因组序列与6株PRRSV疫苗株全基因序列,用RDP4(Recombination detecting program 4,RDP4)软件进行重组分析。发现广东株之间的重组事件集中在2010年、2011年和2015年。JXA1-RCN-2009作为亲本毒株出现在12个重组事件中,重组体的年份从2010年延续到2018年。疫苗株Ingelvac ATP-US-2006与CH-1R-CN-2008作为次要亲本毒株出现在事件10中,该事件的重组体为广东2018年的毒株。在事件18和25中可以见到疫苗株之间的重组,但软件同时显示该事件可能是自然进化而非重组。该研究对广东猪场科学规范的使用弱毒疫苗有着一定指导意义。
文摘【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株的遗传进化情况,丰富PCV2分子流行病学数据,为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测,发现1株具有高病毒载量的PCV2毒株,命名为GD222858。通过PCR方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用MegAlign软件将该毒株ORF1、ORF2基因编码的氨基酸序列与PCV2同亚型参考毒株进行比对,分析氨基酸序列的相似性;采用DNAStar预测该毒株的Cap蛋白二级结构及B细胞表位,并与4株疫苗株DBN-SX07-2(HM641752)、LG(HM038034)、SH(HM038027)、ZJ(AY686764)的Cap蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858毒株基因组长度为1767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于PCV2d亚型。与国内外82株参考毒株的核苷酸相似性为91.4%~99.6%,与越南毒株Han8(GenBank登录号:JQ181600)的亲缘关系最近。在ORF1编码的Rep蛋白处发现多个特异性突变位点F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2编码的Cap蛋白相对保守。Protean预测Cap蛋白的氨基酸第5~18、24~25、39~41、48~49、57~65、99、101、112~114、139~140、145~150、162~165、175~181、188~189、205~211、227~232位置处均可能存在潜在的B细胞表位。GD222858毒株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株均有差异,在氨基酸45~57、124~132、223~233位置处抗原指数明显高于4株疫苗株,且与疫苗株HM038034差异最大。【结论】GD222858毒株感染猪群的原因可能是Rep蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。
