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金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及多态性标记开发
被引量:
14
1
作者
王耀嵘
杨尉
+5 位作者
任席林
江东能
邓思平
陈华谱
朱春华
李广丽
《广东海洋大学学报》
CAS
2020年第4期7-14,共8页
【目的】研究金钱鱼(Scatophagus argus)全基因组微卫星分布特征,筛选高多态性微卫星(SSR)标记。【方法】利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行筛选并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点。【结果与结...
【目的】研究金钱鱼(Scatophagus argus)全基因组微卫星分布特征,筛选高多态性微卫星(SSR)标记。【方法】利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行筛选并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点。【结果与结论】金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二碱基重复类型最多(52.64%),微卫星标记整体偏向A+T碱基组合。筛选出23对多态性标记位点,其中7对的等位基因数为4~11,期望杂合度为0.431~0.859,观测杂合度0.417~0.861,多态性含量为0.389~0.830。经Bonferroni校正后,5个位点符合哈德温伯格平衡,且位点间不存在连锁不平衡现象。
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关键词
金钱鱼
基因组survey测序
微卫星
标记开发
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职称材料
题名
金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及多态性标记开发
被引量:
14
1
作者
王耀嵘
杨尉
任席林
江东能
邓思平
陈华谱
朱春华
李广丽
机构
广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心//广东海洋大学水产学院
阳江职业
技术
学院
食品与环境
工程
系
出处
《广东海洋大学学报》
CAS
2020年第4期7-14,共8页
基金
国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”重点专项(2018YFD0901203)
广东省自然科学基金(2019A1515010958、2019A1515012042)
+1 种基金
广东省科技厅科技创新战略专项重点项目(2018B030311050)
广东省普通高校青年创新人才项目(2017GKQNCX092)。
文摘
【目的】研究金钱鱼(Scatophagus argus)全基因组微卫星分布特征,筛选高多态性微卫星(SSR)标记。【方法】利用MISA软件对金钱鱼基因组中微卫星进行筛选并分析分布特征,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳筛选高多态性位点。【结果与结论】金钱鱼基因组总共挖掘390967个SSR位点,相对丰度为653个/Mb。二碱基重复类型最多(52.64%),微卫星标记整体偏向A+T碱基组合。筛选出23对多态性标记位点,其中7对的等位基因数为4~11,期望杂合度为0.431~0.859,观测杂合度0.417~0.861,多态性含量为0.389~0.830。经Bonferroni校正后,5个位点符合哈德温伯格平衡,且位点间不存在连锁不平衡现象。
关键词
金钱鱼
基因组survey测序
微卫星
标记开发
Keywords
Scatophagus argus
genome survey sequencing
microsatellite
SSR mining
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
Q959.483 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
金钱鱼基因组微卫星分布特征分析及多态性标记开发
王耀嵘
杨尉
任席林
江东能
邓思平
陈华谱
朱春华
李广丽
《广东海洋大学学报》
CAS
2020
14
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参考文献
引证文献
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