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基于加权基因共表达网络分析运动性精子结构域包含蛋白2在类风湿关节炎中的表达及与疾病活动度的相关性
被引量:
2
1
作者
肖剑伟
蔡旭
+4 位作者
汪荣盛
郭粉莲
陈新鹏
尹志华
叶志中
《中华风湿病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期73-78,I0002,I0003,共8页
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据,构建基因网络,利用WGCNA将基因划分为不同的模块,将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后...
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据,构建基因网络,利用WGCNA将基因划分为不同的模块,将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线(ROC)评价关键基因对RA诊断的准确性。此外,还通过实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达,分析其与DAS28的关系。采用配对样本t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。结果共筛选出5413个基因构建了加权基因共表达网络,将基因分为23个模块。其中,黑色模块与RA临床症状密切,包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞(Th)17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2(MOSPD2)与临床症状具有明显相关性,在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达(t=2.238,P=0.032;t=3.153,P=0.006),在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关(r=0.683,P=0.03)。ROC曲线分析表明,MOSPD2能区分RA和对照组(曲线下面积分别为0.855和0.726)。RT-PCR及蛋白质印迹法结果显示,MOSPD2在RA患者中表达上调(t=-3.96,P=0.02)。MOSPD2在血液中的表达水平与RA患者的DAS28呈正相关(r=0.8846,P=0.0462)。结论MOSDP2与RA患者临床症状密切相关,可能是诊断及治疗RA的靶点之一。
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关键词
关节炎
类风湿
单核细胞
生物信息学
加权基因共表达网络分析
运动性精子结构域包含蛋白2
原文传递
神经精神性狼疮脑脊液生物标志物研究进展
2
作者
卢小平
曾惠琼
叶志中
《中华风湿病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期782-784,共3页
神经精神性狼疮(NPSLE)是SLE侵犯中枢、外周神经系统,引起神经、精神等异常表现的一种疾病。至今,国内外尚无明确的诊断标准,临床上多以典型的狼疮脑症状(如癫痫、精神症状、横贯性脊髓炎等)、脑脊液生化指标、影像学检查来诊断,NPSLE...
神经精神性狼疮(NPSLE)是SLE侵犯中枢、外周神经系统,引起神经、精神等异常表现的一种疾病。至今,国内外尚无明确的诊断标准,临床上多以典型的狼疮脑症状(如癫痫、精神症状、横贯性脊髓炎等)、脑脊液生化指标、影像学检查来诊断,NPSLE脑脊液生化检查结果缺乏特异性。近年来脑脊液生物标志物的研究为NPSLE的诊断、评估病情提供了更有力的生物学依据。本文就近几年NPSLE脑脊液生物标志物的研究进展进行综述。
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关键词
神经精神性狼疮
脑脊液
生物标志物
进展
原文传递
题名
基于加权基因共表达网络分析运动性精子结构域包含蛋白2在类风湿关节炎中的表达及与疾病活动度的相关性
被引量:
2
1
作者
肖剑伟
蔡旭
汪荣盛
郭粉莲
陈新鹏
尹志华
叶志中
机构
广东省深圳市福田区风湿病专科医院风湿免疫科
上海市光华中西医结合
医院
风湿
免疫
科
出处
《中华风湿病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期73-78,I0002,I0003,共8页
基金
国家自然科学基金 (81102266)
深圳市福田区卫生公益性科研项目 (FTWS2020053)。
文摘
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)及实验验证寻找RA相关的关键基因。方法从GEO数据库下载了RA患者基因芯片数据,构建基因网络,利用WGCNA将基因划分为不同的模块,将与RA临床症状相关的模块中的关键基因进行了基因本体论分析。随后使用GEO不同的数据集用受试者工作特征曲线(ROC)评价关键基因对RA诊断的准确性。此外,还通过实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)及蛋白质印迹法验证关键基因在RA中的表达,分析其与DAS28的关系。采用配对样本t检验和Pearson相关性分析对结果进行分析。结果共筛选出5413个基因构建了加权基因共表达网络,将基因分为23个模块。其中,黑色模块与RA临床症状密切,包含346个基因。富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析显示其要富集于对IL-6的正调控、IL-1β分泌、破骨细胞分化、NOD样受体信号通路、辅助性T细胞(Th)17细胞分化等多个与RA密切相关的通路。其中运动性精子结构域包含蛋白2(MOSPD2)与临床症状具有明显相关性,在血液单核细胞、骨髓单核细胞中高表达(t=2.238,P=0.032;t=3.153,P=0.006),在RA关节滑膜液中与血液中表达呈正相关(r=0.683,P=0.03)。ROC曲线分析表明,MOSPD2能区分RA和对照组(曲线下面积分别为0.855和0.726)。RT-PCR及蛋白质印迹法结果显示,MOSPD2在RA患者中表达上调(t=-3.96,P=0.02)。MOSPD2在血液中的表达水平与RA患者的DAS28呈正相关(r=0.8846,P=0.0462)。结论MOSDP2与RA患者临床症状密切相关,可能是诊断及治疗RA的靶点之一。
关键词
关节炎
类风湿
单核细胞
生物信息学
加权基因共表达网络分析
运动性精子结构域包含蛋白2
Keywords
Arthritis,rheumatoid
Monoeytes
Bioinformatics
Weighted gene co-expression network analysis
Motile sperm domain-containing protein 2
分类号
R593.22 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
神经精神性狼疮脑脊液生物标志物研究进展
2
作者
卢小平
曾惠琼
叶志中
机构
广东省深圳市福田区风湿病专科医院风湿免疫科
出处
《中华风湿病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期782-784,共3页
基金
深圳市医疗卫生三名工程(SZSM2016020287)
深圳市卫科生计生系统科研项目(SZXJ-2017040)
+2 种基金
深圳市福田区卫生计生科研项目(FTWS2018067)
深州市科创委自由探索项目(JCYJ2018-0302145033769)
深圳市福田区卫生公益性科研项目(FTWS2019010,FTWS2021062)。
文摘
神经精神性狼疮(NPSLE)是SLE侵犯中枢、外周神经系统,引起神经、精神等异常表现的一种疾病。至今,国内外尚无明确的诊断标准,临床上多以典型的狼疮脑症状(如癫痫、精神症状、横贯性脊髓炎等)、脑脊液生化指标、影像学检查来诊断,NPSLE脑脊液生化检查结果缺乏特异性。近年来脑脊液生物标志物的研究为NPSLE的诊断、评估病情提供了更有力的生物学依据。本文就近几年NPSLE脑脊液生物标志物的研究进展进行综述。
关键词
神经精神性狼疮
脑脊液
生物标志物
进展
分类号
R593.2 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于加权基因共表达网络分析运动性精子结构域包含蛋白2在类风湿关节炎中的表达及与疾病活动度的相关性
肖剑伟
蔡旭
汪荣盛
郭粉莲
陈新鹏
尹志华
叶志中
《中华风湿病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
原文传递
2
神经精神性狼疮脑脊液生物标志物研究进展
卢小平
曾惠琼
叶志中
《中华风湿病学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
0
原文传递
已选择
0
条
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引证文献
统计分析
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