测序分型中2例样本HLA-DQB1等位基因第2外显子PCR扩增丢失及其原因分析

目的探讨HLA-DQB1基因测序分型时等位基因漏检和丢失的原因，以进一步提高HLA测序分型的准确性。方法对2000份HLA高分辨组织配型血样，采用AlleleSEQRHLA-DQ脚测序分型试剂盒进行常规检测。对序列峰图“异常”及无完全匹配结果的样本，进一步采用PCR-rSSO流式磁珠法复检，同时采用自行设计的特异性引物进行PCR产物分子克隆和测序，进行单倍型序列分析。结果在2000份经AlleleSEQRHLA-DQ剧测序分型的样本中，共发现2例样本序列峰图“异常”。经PCR-rSSO流式磁珠法和自行设计的引物测序复检，确认其为杂合型样本。PCR产物分子克隆和单倍型序列分析证实，第1份样本为第2外显子PCR扩增丢失HLA-DQB1 ＊02：02等位基因序列。第2份样本为第2外显子PCR扩增丢失HLA-DQB1 ＊02：01：01等位基因序列，未发现新的碱基突变。结论HLA-DQB1基因测序分型时，因DQB1基因存在优势扩增现象，可导致HLA-DQB1第2外显子等位基因的漏检和丢失。上述发现将为HLA精确分型提供借鉴。

人类白细胞抗原HLA-Cω基因第2,3,4外显子测序分型方法的初步研究

目的 初步建立可靠的HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序分型技术.方法 基于中国汉族人群HLA-Cω基因的全长序列,设计和合成1对PCR引物,采用Stratagene P fu Taq DNA聚合酶特异性扩增HLA-Cω基因5＇-启动子区至第4内含子目的基因片段,涵盖完整的第1～4外显子.PCR产物经纯化,采用自行设计的6条测序引物和ABI PRISM BigDye 1.1 Terminator,以及优化的测序反应体系和PCR条件,对HLA-Cω,基因第2、第3和第4外显子进行双向测序.测序反应产物纯化后,采用ABI3730测序仪电泳和Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-Cu,基因日的片段,所用的6条测序引物进行HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序,序列中无背景信号和杂峰.156份汉族随机骨髓志愿捐献者样本用本文的方法检测.分型结果与Atria AlleleSEQR HLA-Cw Plus测序分型试剂盒的结果相一致.结论 初步建立了可靠的HLA-Cω基因测序分型方法,在HLA-Cω基因群体遗传学及组织配型等领域,具有广泛应用前景.