广东人禽流感H5N1毒株M基因特性、进化和变异

通过对人禽流感H5N1毒株M基因序列的变异分析，揭示毒株M基因特征与进化。检测广东地区人禽流感H5N1毒株M基因核苷酸序列，同时检索全球人禽流感H5N1毒株M基因序列，采用DNAStar5．0软件对检索的人禽流感H5N1毒株M基因核苷酸序列进行比对和分析；并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果发现，1997-2006年53株毒株M1基因和51株毒株M2核苷酸序列同源性均分成两组，1997年毒株为第一组（GⅠ），2003-2006年香港、越南、泰国、印尼、中国大陆、土耳其、伊拉克、阿塞拜疆、埃及毒株为第二组（GⅡ）。M1基因20个氨基酸位点置换，占7．94％（20／252），其中2003-2006年毒株M1基因有9个氨基酸位点不同于1997年毒株；M2基因22个氨基酸置换，占22．7％，其中2003-2006年毒株M2基因有4个氨基酸不同于1997年毒株。M2基因Ks值为26．8×10^-6～42．6×10^-6Nt／d，Ka值为4．39×10^-6～6．98×10^-6Nt／d；而M1基因的同义突变速度均远高于错义突变速度，显示M1基因受到机体免疫压力较小；检验发现M1基因进化存在负选择性压力。2003-2006年毒株M1基因通过氨基酸S224N置换，增加一个糖基化位点NSS224-226；而来自印尼的8株毒株M2基因发生C50F置换，引起蛋白二级结构改变。1997年中国香港人禽流感毒株自当时出现后，便未在以后人禽流感疫情中出现。2003-2006年毒株M1基因增加糖基化位点NSS224-226，可能与毒株致病性有关。人禽流感H5N1毒株M基因在自然界变异频繁，可能影响H5N1毒株的人-人传播能力。

广东人H_5N_1毒株PB2基因进化和特性

目的:通过对人禽流感H5N1毒株PB2基因序列的因H变异分析,揭示毒株PB2基因特征与进化.方法:检测广东地区人禽流感H5N1毒株PB2基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株PB2基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株PB2基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析.结果:1997/200648株毒株PB2基因核苷酸序列同源性分成两组,1997/1998毒株为第一组(G1),2003/2006毒株为第二组(G2).PB2基因错义置换导致101个氨基酸位点变异,占比例13.3%(101/759).PB2基因Ks值为39.4×10-6～63.4×10-6Nt/d,Ka值为3.36×10-6～5.11×10-6Nt/d;提示PB2基因进化主要受到自发突变影响.2003/2006毒株(包括毒株GD-01-06)仅保留一个糖基化位点(NPT301-303),丢失3个糖基化位点,可能影响蛋白致病性和抗原性.结论:目前PB2基因进化分成两组,主要受到除自发突变影响;PB2基因丢失3个糖基化位点可能影响蛋白致病性.人禽流感H5N1毒株PB2基因在自然界变异非常频繁,不断变异将影响H5N1毒株在人-人传播能力和引发大流行.

广东新型甲型H1N1病毒血凝素基因分子进化与变异

目的揭示广东地区2009-2011年新型H1N1病毒血凝素基因（HA）进化特征及抗原表位变异特征。方法采用时空抽样方法抽样，检测2009-2011年广东分离的24株新型H1N1病毒HA基因核苷酸序列，与GenBank中44株国外相应序列比较；比对HA基因核苷酸序列，分析基因分子变异，构建分子遗传动力学MCMC进化树；同时分析2009-2011年广东毒株HA基因的抗原表位变异情况。结果68株HA基因进化树显示，广东毒株进化树主干至少分为6大分支；其中2011年毒株聚类为2个（V和Ⅵ）主要分支，各具基因特征。变异频率较高的位点包括391、467、202和214位，正向选择位点包括8、145和391；广东毒株抗原表位区发生S145L／P、L208I、Q240R、S160G和G187R位点变异。2009年广东毒株HA基因分支I毒株可能于2010年传播到亚洲、欧洲和澳洲地区。结论广东新型H1N1病毒HA基因变异具有传播特征（I）和地区特征（VI），位于抗原表位ca、Sa和Sb的氨基酸发生变异，其中位点145等变异频率较高，承受着正向选择压力。

广东地区流感H3N2毒株血凝素基因特征、进化和变异分析

为揭示广东地区2007～2010年甲型H3N2毒株血凝素(HA)基因特征和变异,采用时空抽样方法抽样,检测广东2007～2010年甲型H3N2毒株HA基因核苷酸序列,同时检索全球HA基因序列作为对照,采用Lasergene7.1和Mega 5.05软件对HA基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料,对变异毒株进行进化速度分析;同时进行抗原分析。结果发现,广东2007～2010年H3N2毒株HA基因同义进化(Ks)和错义进化(Ka)速度分别为2.06×10-3～2.23×10-3核苷酸/年和1.05×10-3～1.21×10-3核苷酸/年,HA1较HA2的错义突变速率要高3.13倍。与疫苗株A/Perth/16/2009的HA基因比较,2009年广东毒株同源性达到98.8%～99.7%、2010年同源性达到98.0%～98.4%。在广东2007～2010年毒株中,HA1五个抗原表位均有氨基酸位点变异,尤其是2010年毒株B区(N160K)和D区(K174R/N)的变异;此外,广东2010年毒株受体结合部位(RBS)还发生K189E/N/Q和T228A置换变异;两个糖基化位点变异影响到抗原性;目前使用的H3N2疫苗株与目前流行毒株的抗原性有差异。广东地区2007～2010年的毒株中,血凝抑制抗体的抗原分析结果有差异。结果提示,目前广东乃至全球甲型H3N2毒株HA1B区和D区均有氨基酸位点变异,RBS的两个位点发生置换,糖基化位点变异影响到表位A区和B区抗原性;与WHO推荐2011年流感H3N2毒株疫苗株比较,目前流行毒株HA基因有抗原位点变异。

广东地区人禽流感H5N1毒株的核蛋白基因变异和进化

目的通过对人禽流感H5NI毒株核蛋白(NP)基因序列的变异分析,揭示毒株NP基因变异与进化。方法检测广东地区人禽流感H5N1毒株NP基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感HSN1毒株NP基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株NP基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果1997—2006年45株毒株NP基因核苷酸序列同源性分成3类,1997—1998年毒株为第1类,2004—2005年毒株为第2类,2003年毒株和2006年毒株为第3类;NP基因35个氨基酸位点全部置换,占7.03%(35/498);2003—2006年H5N1毒株通过氨基酸第430位(K_(430)T)位点的置换,增加一个糖基化位点(NGT_(430-432));GD-01-06毒株第370位发生N_(370)S变异;增加一个糖基化位点(NES_(368-370))。同义变异中,NP基因Ks(同义变异速度)值为2.03×10~5～2.55×10^(-5)核苷酸/d,Ka(错义变异速度)值为1.58×10^(-6)～3.10×10^(-6)核苷酸/d,检验发现进化无明显选择性压力存在。结论1997—1998年毒株、2004—2005年毒株、2003年毒株和2006年毒株NP基因核苷酸有差异;2003—2006年人禽流感H5N1毒株NP基因增加一个糖蛋白位点、GD-01-06毒株再增加一个糖蛋白位点可能改变毒株抗原性。人禽流感H5N1毒株在自然界变异频繁,随着其自然进化,H5N1毒株具有人-人传播能力的概率较大。

广东地区人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶基因的特征与变异

目的通过对人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶(NA)基因序列变异的分析,揭示毒株NA基因的变异与进化。方法检测广东GD-01-06毒株NA基因核苷酸序列,同时对全球各地人禽流感H5N1毒株NA基因进行检索,采用DNAStar 5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株NA基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合地区资料对变异毒株进行进化速度分析。结果1997至2006年53株毒株NA基因112个氨基酸位点全部置换,占24.9%(112/450);53株毒株分为两个系列:1997年人禽流感毒株为一个系列,2003至2006年毒株为另一系列。毒株GD-01-06与PC-6231-04核苷酸序列同源性为94.1%,与1997、2004至2005年毒株比较,毒株GD-01-06发生Y081H、E363G位点置换。2003至2006年所有毒株均丢失第53位异亮氨酸,且第49位半胱氨酸置换为异亮氨酸,改变蛋白质二级结构。与同义突变比较,毒株GD-01-06的NA基因错义突变错义进化速率(Ka)大于同义进化速率(Ks),显示NA基因进化受到明显选择性免疫压力。结论1997至2006年53株毒株NA基因进化分为两个系列;NA基因进化受到明显选择性免疫压力;2003至2006年毒株C049I置换,导致蛋白质二级结构改变,其意义尚待探讨。

广东地区肾综合征出血热流行特征与气象因素的ARIMA模型分析

目的了解广东肾综合征出血热（hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS）疫情流行特征与气象因素之间的关系。方法采集广东2004-2014年肾综合征出血热疫情病例资料和相关气象资料,采用SPSS 19.0分析其流行特征和自回归综合移动平均模型（autoregressive integrated moving average,ARIMA）,评价气候因素对HFRS发病的影响。结果广东2004-2014年HFRS病例数逐年上升,确诊病例发病率在（0.069~0.328）/10万之间。广州、佛山、深圳、东莞、珠海市病例数占82.6%,月发病高峰集中在3~6月和12月~次年1月。男女比例为2.95∶1（x^2=427.22,P〈0.001）,15~55岁组占85.0%;工人、家政服务和农民（18.7%、17.3%和13.1%）为主要职业人群占49.1%。相关性分析发现,平均气温（-0.486）和最低气温（-0.493）与滞后2月的HFRS病例数存在负相关性;ARIMA模型（R^2=0.747）中,平均相对湿度（β=0.880,P=0.044）和日照时数（β=-0.024,P=0.033）与滞后4月的和滞后3个月的HFRS病例数比较差异有统计学意义（均有P〈0.05）。结论近年广东HFRS发病率逐年上升;多雨/阴云季节影响到啮齿动物生态,继而导致下季节人群HFRS病例数增加;应加强人群和啮齿动物生态监测。

新型甲型H_1N_1流感毒株NA基因特征和进化

目的通过对新型甲型H1N1流感毒株神经氨酸酶(NA)基因序列的变异分析,揭示毒株NA基因变异与进化。方法检测广东地区分离毒株NA基因核苷酸序列,同时对全球新型甲型H1N1流感毒株NA基因进行检索下载,采用Lasergene 7.1软件比对和分析NA基因核苷酸和氨基酸序列,结合临床资料分析变异基因进化,同时分析糖基化位点。结果 2009年4-12月69株毒株NA基因16个氨基酸位点置换,占3.41%(16/469);NA蛋白主要置换位点在V106I/H和N248D。毒株GD-801-2009(H1N1)和GD-1202-2009的NA基因明显受到的感染宿主选择性作用,而毒株GD-1-2009的NA基因明显受到的感染宿主负选择性作用。与毒株GD-1-2006(H5N1)NA基因比较,毒株GD-801-2009的NA基因插入Nt145-204,导致H1N1NA蛋白增加第49～68位氨基酸(CNQSVITYENNTWVNQTYVN),其中包括4个糖基化位点。结论广东新型甲型H1N1流感毒株NA基因正向不同方向进化;新型甲型H1N1流感NA蛋白新增4个糖基化位点。

人禽流感H_5N_1毒株NS基因特征和进化

目的:通过对人禽流感H5N1毒株NS基因序列的变异分析,揭示毒株NS基因特征与进化。方法:检测广东地区人禽流感H5N1毒株NS基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株NS基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株NS基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果:根据对NS1基因和NS2基因核苷酸序列进行同源性比较,发现分成两个系列:1997～1998年人禽流感毒株为一个系列(G1),2003～2006年毒株为另一个系列(G2);其中,2003～2006年毒株NS1基因和NS2基因中,2004～2006年越南、泰国毒株为第1亚组(G2a),2005～2006年印尼毒株为第2亚组(G2b),2006年中国大陆毒株和2003年香港毒株为第3亚组(G2c)、2006年中西亚、北非毒株为第4亚组(G2d)。NS1基因74个氨基酸位点置换,占32.2%(74/230);其中,中国大陆2006年2株毒株(ZJ-16-06、GD-01-06)的NS1基因有3个位点有改变:A086T、F201Y和P215L。NS2基因共有31个氨基酸发生置换,置换率为25.6%(31/121);中国大陆2006年2株毒株(ZJ-16-06、GD-01-06)的NS1基因有3个位点有改变,包括E/K036G、S044T和L058F。NS1基因Ks值为10.1×10-6～33.4×10-6Nt/d,Ka值为11.6×10-6～17.6×10-6Nt/d;显示NS1基因受到机体免疫压力较大,检验发现基因进化存在明显选择性压力存在,而GD-01-06的NS1基因受到选择性压力较小;与NS1基因比较,NS2基因的同义突变和错义突变速度均降低,但尤以错义突变速度降低明显(Ks值为15.5×10-6～25.5×10-6Nt/d,Ka值为7.39×10-6～10.1×10-6Nt/d)。2003～2006年毒株NS1基因丢失第80～84位氨基酸序列(TIASV),引起氨基酸结构改变;而糖基化位点未改变。结论:目前NS1基因和NS2基因进化分成两组;NS1基因除自发置换进化较快外,受到明显机体免疫机制压力,第80～84位氨基酸TIASV丢失可能对致病性发生影响。2006年中国大陆毒株NS1基因和NS2基因均有3个氨基酸与其它毒株有别,显示中国大陆人禽流感H5N1毒株NS基因正在向另一方向进化。人禽流感H5N1毒株NS基因在自然界变异非常频繁,不断变异将影响H5N1毒株在人-人传播能力和引发大流行。

广东地区甲型H3N2流行性感冒病毒毒株血凝素基因变异与进化对抗原表位的影响

目的揭示2014年至2015年广东地区流行性感冒（流感）H3N2病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异。方法采用时空抽样法抽样，检测2014年至2015年广东省分离的17株流感H3N2病毒HA基因核苷酸序列，下载GenBank中36株参考基因序列；比对HA基因核苷酸序列，分析基因氨基酸变异，构建遗传进化树和熵值图；同时分析2014年至2015年广东毒株HA基因的抗原表位变异和选择性。结果以疫苗株A／Texas／50／2012毒株HA基因为基准，2014年至2015年广东地区17株流感毒株HA基因共有25个位点氨基酸置换；HA1基因表位A、B、D和E发生变异，涉及11个氨基酸位点；毒株A／Guangdong／55／2015的HA基因出现N38K变异，减少1个糖基化位点。高突变位点为175位（熵值为1．16）；综合评价单似然祖先计数（SLAC）、固定效应似然比（FEL）和内部固定效应似然比（IFEL）模型筛选结果，可能正向选择位点包括位点363，负向选择位点包括位点368和425。结论广东省流感H3N2病毒HA基因表位A、B、D和E发生变异，进化正向选择位点包括位点363，负向选择位点包括位点368和425；变异累积可能导致流感H3N2病毒疫情流行。

广东流感H3N2亚型神经氨酸酶基因变异和耐药分析

目的揭示广东地区2007～2010年甲型H3N2毒株神经氨酸酶(NA)基因特征、变异及对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性。方法采用时空抽样方法选取毒株,检测广东2007～2010年甲型H3N2毒株NA基因核苷酸序列,同时检索全球NA基因序列作为参照,采用Mega5.05和BioEdit7.0.1软件对NA基因核苷酸序列进行比对和分析;分析毒株变异进化速度;采用NA酶活性阻断试验检测病毒的奥司他韦和扎那米韦药物敏感性。结果广东2007～2010年H3N2毒株NA基因同义进化(Ks)和错义进化(Ka)速度分别为1.69×10-3～1.84×10-3核苷酸/年和1.07×10-3～1.15×10-3核苷酸/年,Ks值约为Ka值的1.5倍,揭示NA基因受自然选择压力较大。疫苗株A/Perth/10/2009与2010年和2011年广东毒株NA基因同源性分别为97.7%～98.2%、97.6%～97.7%。广东毒株NA基因有6个抗原表位变异,尤其是367位和369位氨基酸的变异频率较高。毒株A/Guangdong/548/2008发生耐药相关位点D151V,出现对奥司他韦敏感性降低;其余分离毒株均对奥司他韦和扎那米韦敏感;各年份毒株药物敏感性差异没有统计学意义。结论广东2007～2010年甲型H3N2毒株NA基因的6个抗原表位有变异,抗原变异的积累可能出现流感暴发;D151V变异可能降低H3N2病毒对奥司他韦敏感性,但广东大多数H3N2毒株对奥司他韦和扎那米韦仍敏感。

广东两株人禽流感H5N1毒株节段基因及蛋白特征和进化分析

禽流感病毒（AIV）毒株是感染禽类和人类的重要病原体，感染人类可引起急性呼吸道传染病。目前常见的亚型有H5N1、H7N7和H9N2，其中以H5N]毒性最强。自1997年3月，禽流感H5N1毒株初次感染人类以来，截至2011年1月5日，全球共有15个国家出现感染人禽流感H5N1病毒的病例，横跨亚、非大陆，确诊病例534例，死亡312例，病死率为58．4％。其病死率在急性传染病中已名列前茅。

广东地区新型甲型H1N1流行性感冒病毒神经氨酸酶基因变异和药物敏感分析

目的分析广东地区2009年至2011年新型甲型HINl流行性感冒（流感）病毒神经氨酸酶（NA）基因变异及其耐药状况。方法采用时空抽样方法，检测广东地区新型甲型H1N1流感病毒NA基因核苷酸序列；比对NA基因核苷酸序列，比较糖基化位点变异，构建马尔可夫链蒙特卡洛模拟进化树（MCMC进化树）；同时分析2009年至2011年广东地区新型甲型H1N1流感病毒株NA基因对NA抑制剂类药物奥司他韦和扎那米韦的耐药现状；计算50％抑制浓度（IC50），并对两种药物分别进行年份病毒株单因素方差分析（one-wayANOVA）。结果2009年至2011年67株病毒株NA基因出现N44S／K、R257K、1365T、N369K、N386S、1389M和1436V变异，2011年病毒株进化树主要分为两主干；2010年至2011年广东地区和其他地区的病毒株发生N44S变异，增加1个糖基化位点NQS42-44；2010年至2011年广东地区病毒株发生N386S变异，减少1个糖基化位点NFS386-388。广东地区病毒株对奥司他韦和扎那米韦均敏感，但出现3个离散值。结论广东地区新型甲型H1N1流感病毒NA基因变异具有地区特征；糖基化位点变异对于病毒株致病性和抗原性的影响，有待于进一步研究；病毒株对NA抑制剂敏感，但应警惕出现耐药株。

流感pH1N1病毒血凝素基因进化特征及选择性

目的 分析广东地区2012-2013年新型H1N1（pH1N1）病毒血凝素（HA）基因、表位和受体结合位点（receptor binding sites,RBS）进化特征和选择性。方法 检测广东地区2012-2013年分离的pH1N1毒株HA基因核苷酸序列,与GenBank中全球相应毒株序列比对,应用MEGA 6.05构建进化树,通过Chimera v1.8.1建模并标记,应用DATAMONKEY筛选HA选择性位点。结果 与疫苗株A/California/07/2009的HA基因比较,广东地区2012-2013年pH1N1毒株的HA基因同源性为98.1%~98.7%;变异位点H155Q、K180Q/N和S202T分别位于HA抗原的Ca2、Sa和Sb表位,S220T和R222K均位于HA抗原的Ca1表位区域;位点A151V位于RBS的140环上。正向选择位点为AA202位点。广东毒株A/Guangdong/64/2013与其他毒株相比,发生6个氨基酸位点变异,包括V6I、N55S、S101G、A151V、H155Q和V267A。结论 广东2012-2013年pH1N1毒株HA基因变异导致了HA抗原表位和RBS 140环位点变异将分别影响毒株的抗原性和受体功能;正向选择位点AA202位点承受着较大的免疫压力;毒株A/Guangdong/64/2013的抗原表位Ca2和RBS位点变异可能是下个流感流行季节优势毒株的分子基础。

用免疫信息学技术设计新型H1N1流感神经氨酸酶抗原表位肽(英文)

神经氨酸酶(NA)是一种具有唾液酸酶活性的流感毒粒表面糖蛋白,切断病毒HA与细胞膜上神经氨酸残基之间的连接,使病毒能够从宿主细胞表面释放.检测了新型H1N1流感NA基因核苷酸序列,用免疫信息学方法预测、筛选和鉴定B细胞表位;人工合成NA抗原多肽SE8和RE6,并免疫新西兰兔制备抗血清.两种抗血清具有体外中和新型H1N1流感病毒能力(微量中和实验),而且还具有拮抗血凝释放作用.根据2009年全球毒株NA基因序列检测和比对结果,发现多肽SE8和RE6序列未变异.实验揭示,多肽SE8和RE6可以作为新型H1N1流感候选多肽疫苗.

2006年人禽流感H5N1毒株PA基因特性、变异和进化

目的通过对人禽流感H5N1毒株PA基因序列的变异分析,揭示毒株PA基因特征、变异与进化。方法检测广东地区人禽流感H5N1毒株PA基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株PA基因序列,采用MEGA4.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株PA基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析。结果PA蛋白呈酸性,等电点pH5.4。1997-2006年52株毒株PA基因核苷酸序列同源性分成两组,1997年毒株为第一组(G1),2003-2006年香港、越南、泰国、印尼、中国大陆毒株、土耳其、伊拉克、阿塞拜疆、埃及毒株为第二组(G2)。PA基因114个氨基酸位点置换,占15.9(114/716),其中2003-2006年毒株PA基因有17个氨基酸位点不同于1997年毒株。PA基因Ks值为30.9×10-6～46.1×10-6Nt/d,Ka值为4.50×10-6～8.13×10-6Nt/d;而PA基因的同义突变速度是错义突变速度的5.7～6.9倍,显示PA基因受到机体免疫压力较小;检验发现PA基因进化存在负选择性压力。PA基因中潜在的7个糖基化位点基本稳定,毒株IDNS-569H-06的PA基因半胱氨酸发生置换(S224C)。结论PA基因进化分成两系列,PA基因进化特点是自发突变较快,而受到机体免疫机制压力较小;A基因与其它多聚酶基因(PB2和PB1)比较,核苷酸序列同源性和进化在时间特征和地区特征方面具有一致性;来自中国大陆的毒株进化值得关注。人禽流感H5N1毒株PA基因在自然界变异频繁,可能影响HN毒株致病性和在人-人传播能力。

广东人类禽流感H5N1亚型血凝素和神经氨酸酶基因同源性分析

目的采用生物信息学技术,寻找广东地区人类禽流感H5N1亚型基因同源毒株。方法检测广东人禽流感H5N1亚型HA和NA基因核苷酸序列,从GenBank下载国内各种动物和人类相应基因序列,采用Mega5.03和Lasergene7.1软件进行核苷酸同源性和氨基酸变异分析。结果在总共174个HA基因和173个NA基因序列中,发现广东毒株A/Guangdong/01/2006的HA和NA基因与湖南鸡和安徽鸭流感毒株同源性较高;广东毒株A/Guangdong/02/2006的HA和NA基因与香港鸟禽类流感毒株同源性较高。同源性较高的毒株基因之间,氨基酸位点存在差异,但尚未显示流行病学和临床意义。结论广东A/Guangdong/01/2006毒株与湖南鸡和安徽鸭流感毒株具有共同的最近祖先,广东A/Guangdong/02/2006毒株与香港鸟禽类流感毒株具有共同的最近祖先。

新型甲型H1N1流感的进化、流行与挑战

新型甲型H1N1流感(novel pandemic H1N1 influenza A,H1N1pdm)于2009年出现,逐步取代原季节性H1N1流感;该毒株与H3N2和B型流感共同存在于流行季节。人类罹患流感耗减巨大社会医疗资源,同时给全球公共卫生带来巨大挑战。10年来H1N1pdm的基因分子持续进化,本文介绍了H1N1pdm流行情况、毒株致病性、宿主适应性、生物学性状、复制感染能力、传播力、敏感药物和有效疫苗,旨在提高人们对流感等新发传染病病原体变异引起再次大流行的警惕,为临床和公共卫生防控提供参考。

空气环境中几种细菌检测与16S rRNA测序鉴定

采集空气环境微生物,根据菌落和革兰氏染色特征,分离5株细菌。提取分离株DNA,采用设计的16SrRNA引物扩增DNA片段;纯化PCR产物,进行测序反应并再纯化,上机读序。拼接与校对DNA序列,在NCBI网站进行Blast,鉴定细菌型别。5株菌株分别是表皮葡萄球菌、头状葡萄球菌、施氏假单胞菌、溶血葡萄球菌和大肠杆菌;其中溶血葡萄球菌是致病菌,其他4株是条件致病菌。这提示,应警惕空气环境中致病菌的感染。

逐步预测和统计学筛选人H5N1毒株神经氨酸酶蛋白B细胞表位

为了预测和筛选人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶(NA)蛋白的B细胞表位,检测了人禽流感H5N1毒株NA基因核苷酸序列.采用Kyte-Doolittle的亲水性方案、Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对NA蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,并用SPSS13.0进行聚类和相关分析,建立了一种统计学筛选程序,预测了H5N1病毒NA蛋白的B细胞表位,并对毒株GD-01-06的NA蛋白变异进行了分析.预测结果通过吴氏抗原指数和SWISS-MODEL软件进行评价.结果发现,预测并筛选最有可能的B细胞表位位于NA蛋白N端第120～137,81～84,408～415,273～282,429～432,356～368,46～55,146～155,341～350,198～209肽段,提示它们是B细胞表位的优势区段;含有糖基化位点NGT126～128的120～137肽段为首选的NA蛋白抗原表位;H5N1毒株NA蛋白第53位(Ⅰ)位点缺失,这有助于增加毒株GD-01-06的NA蛋白表面柔性,而且抗原表位扩大(VEP46～48→VEPISNTNFL46～55).采用SWISS-MODEL软件建立的N1蛋白模型有助于评价抗原表位预测.结果表明,用多参数预测以及用统计学筛选H5N1毒株NA蛋白的B细胞表位,可以为分子免疫学研究和药物筛选提供依据;广东GD-01-06毒株NA蛋白53位(Ⅰ)位点缺失可能增强该抗原表位的抗原性。