2008-2021年广东省柯萨奇病毒B3型的流行及基因特征分析

目的了解2008-2021年柯萨奇病毒B3型(coxsackievirus B3, CVB3)在广东省的流行及基因特征情况。方法对2008-2021年收集的非肠道病毒71型(enterovirus 71, EV71)/柯萨奇病毒A16型(coxsackievirus A16, CVA16)/CVA6(以下简称其他肠道病毒)阳性的手足口病病例标本、2020-2021年疱疹性咽峡炎病例和新生儿感染病例标本进行肠道病毒检测及分型鉴定, 选取CVB3阳性标本分离病毒, 对CVB3毒株进行VP1全长序列扩增与测序, 运用生物信息学软件DNAStar 7.1和MEGA 6.06分析遗传进化特征。结果 2008-2021年3 484例其他肠道病毒阳性的手足口病病例中, CVB3阳性率为1.6%(57/3 484);2020-2021年560例疱疹性咽峡炎病例中, CVB3阳性率为2.1%(12/560);1例2021年新生儿感染病例CVB3阳性。按年份统计, 2021年CVB3阳性病例数最多, 占67.1%(47/70), 其次为2020年, 占18.6%(13/70), 其余年份均在5例以下。从CVB3阳性标本中分离得到48株CVB3毒株, 共获得26条CVB3毒株VP1基因全长序列。遗传进化分析显示, CVB3可分为A~H等8个基因型, 中国内地存在A、D、E等基因型CVB3毒株的流行。本研究26株广东省CVB3毒株VP1核苷酸相似性为80.2%~100.0%, 包括D和E两种基因型, 其中D基因型流行于2008-2017年, E基因型流行于2020-2021年。结论 2008-2017年CVB3在广东省呈散发流行, 而在2020-2021年流行强度呈上升态势。2008-2021年广东省存在D和E基因型CVB3的流行, 其中E基因型是2020-2021年的流行株。

广东省2018-2022年侵袭性非伤寒沙门菌病原学特征分析

目的了解2018-2022年广东省侵袭性非伤寒沙门菌(iNTS)的血清型分布、耐药性以及分子流行情况,为沙门菌侵袭性感染的防治提供科学依据。方法对2018-2022年广东省分离自血液和粪便样本的沙门菌进行血清学鉴定、药敏试验、多位点序列分型(MLST)和全基因组测序。同时利用微生物基因注释系统对测序结果开展耐药基因与毒力因子注释。结果136株iNTS分为25种血清型,肠炎沙门菌占38.24%(52/136)。以鼠伤寒变种沙门菌作为对照计算其余iNTS血清型的OR值,奥雷宁堡、里森和波摩那3种沙门菌血清型的OR值较高,分别为423.50、352.92和211.75。iNTS耐药率在0.74%~66.91%之间,普遍低于非iNTS株(3.90%~77.21%)。iNTS耐药以氨苄西林和四环素为主,耐药率分别为66.91%(91/136)和50.00%(68/136),而对环丙沙星(5.88%,8/136)、头孢他啶(5.88%,8/136)、庆大霉素(5.13%,7/136)和头孢西丁(0.74%,1/136)耐药率较低。iNTS携带多种耐药基因与毒力因子,但尚未发现共同毒力因子分布特征。MLST聚类分析显示,iNTS分为26种序列型别,ST11型占38.24%(52/136)。结论2018-2022年广东省iNTS以肠炎沙门菌为主,其中奥雷宁堡、里森和波摩那3种血清型可能与更高的侵袭性感染风险有关。iNTS对临床一线治疗药物(头孢类和氟喹诺酮类抗生素)敏感,序列呈现高度多样性且具有明确的系统发育分支,以ST11型为本地优势克隆群。

1994-2021年广东省AFP病例中EV-A71的流行及其分子特征

为更全面了解广东省本地EV-A71的流行情况以及分子特征,本研究收集了1994-2021年广东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测中分离获得的EV-A71毒株,使用Excel软件统计1994-2021年AFP病例中EV-A71的检出情况,PCR扩增肠道病毒的VP1全长基因片段并测定基因序列,使用BioEdit、iqtree等软件对EVA71进行分型与进化关系分析。本研究共获得119株EV-A71毒株,广东省EV-A71的检出率总体呈先上升后下降的趋势,2010年AFP病例中EV-A71的检出率达到最高,2017年后未从AFP病例样本中检出EV-A71。EV-A71病毒的VP1序列全长891bp,编码297个氨基酸,未见氨基酸插入或缺失。119条EV-A71 VP1序列核苷酸相似性为95.9%(88.4%,100%),氨基酸相似性为99.3%(97.3%,100.0%),均属于EV-A71 C4亚型,其中1994-2001年AFP中分离的EV-A71毒株均为C4b亚型,2004年后流行的EV-A71毒株为C4a亚型。在22位点上,2007年后H取代Q成为22位点上的主要氨基酸,并在2008年出现22R突变;在289位点上,1994年开始出现289T突变,2009年开始,289A(57.1%)取代289T成为优势突变,并于2010年开始出现289V突变。掌握EV-A71随时间迁移的分子遗传进化特征,有利于为EV-A71感染的防控提供科学依据。

1株唐菖蒲伯克霍尔德氏菌在湿米粉中的产毒规律分析

目的:了解防腐剂(脱氢乙酸、ε-聚赖氨酸盐酸盐)和培养温度对唐菖蒲伯克霍尔德氏菌在湿米粉培养基上生长及产毒的影响。方法:以1株自食物中毒事件样品中分离得到的唐菖蒲伯克霍尔德氏菌(椰毒假单胞菌酵米面亚种)菌株为研究对象,分别接种至添加脱氢乙酸(1.0 g/kg)、添加ε-聚赖氨酸盐酸盐(0.25 g/kg)以及未添加防腐剂的湿米粉培养基中,置于10,26,36℃条件下培养,研究其在湿米粉中生长及产毒情况。采用修正的Gompertz模型构建初级生长模型。结果:在10℃条件下该菌生长缓慢且未产生米酵菌酸;在26℃条件下培养至96 h,该菌对照组和各试验组产生的毒素均超过500μg/kg,在添加脱氢乙酸的样品中最早产生米酵菌酸,其最高质量浓度(1 484μg/kg)略低于对照组(2 561μg/kg)和ε-聚赖氨酸盐酸盐组(2 762μg/kg);在36℃条件下该菌生长最为快速,各组产毒量均低于350μg/kg。结论:湿米粉在10℃贮存可有效降低产生米酵菌酸的风险,脱氢乙酸、ε-聚赖氨酸盐酸盐均未能阻止唐菖蒲伯克霍尔德氏菌的生长和产毒,需进一步探索能起作用的防腐剂,制定多手段结合的控制措施。

病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术程序探讨

2022年11月,国家卫生健康委员会发布了《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812—2022),明确了病原微生物菌(毒)种国家标准株的定义,对国家标准株的评价指标作出统一技术要求,并制定了国家标准株评价技术程序的基本框架。为进一步开展国家标准株的评价工作,推动国家标准株支撑实际工作需要,有必要制定《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价工作指导书》等技术程序,阐述国家标准株的评价操作流程,确定提交国家标准株申请后菌(毒)株复核鉴定、评价组组建、资料审查、会议评价、评价结果报告等要求。评价技术程序将成为国家病原微生物资源保藏标准体系的重要补充和拓展,有助于推动国家标准株应用落地,提高我国病原微生物资源整体保藏质量。

健康体检人群携带肠道病原体状况调查

目的了解广州市花都区健康体检人群肠道携带病原体的携带情况,为调查和处置肠道传染病和食源性疾病暴发事件提供健康人本底数据。方法2022年全年从广州市花都人爱医院体检中心收集健康体检人群肛拭子样本,每人采集2份肛拭子,1份使用直接法对沙门菌和志贺菌进行分离培养;另1份采用LUMINEX胃肠道多病原试剂盒(NxTAG GPP)进行病原核酸检测,对沙门菌和弯曲菌核酸阳性样本使用增菌法进行分离培养,并比较核酸检测和分离结果。结果共检测566名健康体检人群肛拭子样本,病原体检出54例,核酸阳性检出率为9.54%。共检出5种细菌、2种病毒。不同性别、年龄、职业的病原总检出率差异均无统计学意义(P>0.05);艰难梭菌检出率在不同性别间、沙门菌检出率在不同职业间差异均有统计学意义(均P<0.05)。使用直接法在566名健康体检人中检出1份沙门菌肛试子样本,未分离出志贺菌。使用增菌法在7份沙门菌核酸阳性样本中分离出6份沙门菌,5份弯曲菌核酸阳性样本中分离出1份弯曲菌。结论广州市花都区健康体检人群肠道中携带多种肠道病原体,病原体核酸检出率为9.54%。餐饮从业人员存在较高的沙门菌核酸检出率,存在引起食源性疾病传播或暴发的风险,应加强对餐饮从业人员的健康监测。

一起急性出血性结膜炎暴发疫情病原学分子特征分析

目的分析5月份广东省某市一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情中病原体的进化特征及变异情况,为制定新一轮AHC流行防控措施提供科学依据。方法采集20份AHC患者眼结膜拭子,采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)方法,对其进行肠道病毒(enterovirus,EV)、EV70(human enterovirus 70,HEV70)和CVA24v(coxsackievirus A24 variant,CVA24v)核酸检测,并对CVA24v阳性样本的VP1区和3Cpro区进行序列测定,分析其与国内外流行的CVA24v基因进化关系。结果20份眼拭子标本中,肠道病毒全部显示EV阳性,CVA24v全部阳性,阳性率100%,EV70全部阴性。其中5份样本的CVA24v的VP1和7份样本的CVA24v的3Cpro区基因组成功测序,基于VP1和3Cpro区的分子特征分析发现,本次疫情流行的CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最大的核苷酸相似性。3Cpro区和VP1区的系统发育进化树显示本次疫情CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v聚为一簇,具有较高亲缘关系。与2010年广东、2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v相比,本次疫情流行的CVA24v在3Cpro区4个氨基酸位点发生替换,在VP1区有1个氨基酸位点发生替换。结论引起本次疫情病原体为肠道病毒CVA24v,且与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最高相似性,3Cpro区和VP1区序列均出现新的的氨基酸突变。