RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测和区分SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5变异株

目的建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法。方法结合逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)与CRISPR基因编辑技术,基于次优原间隔区相邻基序(suboptimal-PAM)设计奥密克戎BA.4/5变异株特异性的CRISPRRNA(crRNA),从而建立RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测新冠病毒BA.4/5变异株的方法。本研究检测了43例新冠病毒阳性的临床样本(包括新冠病毒野生株以及变异株Alpha、Beta、Delta、奥密克戎BA.1和BA.4/5)以及20例新冠病毒阴性的临床样本(包括11种常见呼吸道病原体),并以测序结果为金标准计算PCR/CRISPR-Cas12a检测方法的ROC曲线下面积(AUC)以及灵敏度(SEN)、特异性(SPE)、一致性(Kappa)评价检测方法的性能。结果本研究筛选到两条特异性crRNA-1和crRNA-2,所建立的方法可在30min内快速特异地检测出SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株,最低检测限为10copies/μL。此外,在检测感染11种常见呼吸道病原体的临床样本时均未观察到非特异性交叉反应。基于crRNA-1和crRNA-2的检测结果的灵敏度分别为97.83%、100%;特异性均为100%;ROC曲线下面积分别为0.9989和1.0;与Sanger测序方法的一致性分别为92.83%、96.41%。结论本研究采用CRISPPR-Cas12a基因编辑技术与逆转录聚合酶链式反应相结合,成功建立了一种快速检测与鉴别SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株的新方法。其特异性强、灵敏度高、稳定性好,可用于新冠病毒奥密克戎BA.4/5变异株的批量检测与分型,可用于常规监测和跟踪SARS-CoV-2变异的传播。

女性患者肠道分离大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌多黏菌素耐药分析

目的调查某三甲妇幼保健院住院女性患者粪便分离大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌对多黏菌素的耐药情况,并检测耐药基因mcr-1携带情况,为多黏菌素耐药菌的防控提供临床资料。方法使用中国蓝平板从女性住院患者大便分离革兰阴性杆菌,对疑似大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌的菌落进行鉴定,提取基因组为模板,聚合酶链式反应(PCR)扩增mcr-1基因,手工肉汤稀释法对分离菌株进行多黏菌素B药敏实验,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对mcr-1阳性株进行同源性分析。结果从89例患者大便中分离出大肠埃希菌65株,肺炎克雷伯24株,其中3株大肠埃希菌对多黏菌素B耐药,此3株耐药菌mcr-1基因均阳性,所分离大肠埃希菌多黏菌素耐药率及mcr-1阳性率为4.62%,24株肺炎克雷伯未发现多黏菌素耐药及mcr-1基因,PFGE结果显示3株耐药菌株均为不同型的克隆株。结论所调查成人女性大便所分离大肠埃希菌多黏菌素B耐药率达4.62%,耐药菌株均携带mcr-1基因,建议临床加强大肠埃希菌多黏菌素的耐药监测。

12个省市自治区水产品霍乱弧菌污染情况调查

目的了解霍乱弧菌在不同水产品及其流通环节中的污染情况,为制定霍乱预防控制措施提供依据。方法 2005年7—9月在全国12个省、自治区、直辖市对不同种类水产品样本进行调查和霍乱弧菌的检测。结果共调查检测海、水产品样本12 104份,霍乱弧菌总阳性检出率为0.52%。各类样本以甲鱼阳性率(1.72%)最高,其次为养殖水(1.14%)、蛙类(0.50%),贝类最低(0.08%)。检测61株霍乱弧菌菌株47.54%为产毒株,且79.31%分离自甲鱼和养殖水。甲鱼在多环节的阳性率均较高,以养殖环节阳性率最高(2.38%)。结论我国12省(自治区、直辖市)水产品及其流通环节霍乱弧菌污染总体处于较低水平,甲鱼卫生管理问题应受到高度重视。