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基于细菌16SrRNA基因的PCR扩增与测序分析在临床不常见菌鉴定中的应用
被引量:
28
1
作者
陈茶
屈平华
+13 位作者
顾全
黄彬
张伟铮
穆小萍
张磊
陈默蕊
王露霞
鄂顺梅
叶金艳
唐小龙
蓝锴
罗强
戴小波
袁慧
《中华检验医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第7期612-619,共8页
目的探讨细菌16SrRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值。方法收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构,常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株,以及仪器法连续监测报警阳性、但...
目的探讨细菌16SrRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值。方法收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构,常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株,以及仪器法连续监测报警阳性、但二次传代无细菌生长的液体增菌培养瓶7个,采用细菌16S核糖体核糖核酸(rRNA)基因MicroSeq500试剂盒、通用引物27f-1492r、27f-1525r进行广谱PCR扩增及目的片段的基因测序。运用美国国立生物信息中心“基于局部比对算法的搜索工具(Blast)”,结合“具有法定分类学地位的原核生物名称目录(http://W^Ufir.bacterio.cict.fr/)”提供的分类学信息,比较待鉴定细菌与近缘种模式菌株基因序列的相似程度;参考美国临床与实验室标准化协会(CLSI)MM18-A的解释标准,以确定待鉴定细菌的种属及分类学位置。结果采用广谱PCR测定,7份假阳性血培养瓶中,2份扩增到细菌的16SrRNA基因,经序列分析鉴定均为肺炎链球菌。48株不同来源、不同种属的少见菌,均扩增到16SrRNA基因目的片段并成功测序,参考CLSIMM18-A的解释标准,35株(72.9%)直接鉴定到“种”,11株(22.9%)鉴定到“属”,另2株鉴定为可能的新属新种。进一步结合细菌的生化反应特征及其他管家基因序列分析结果,则可鉴定到“种”的细菌可增加到42株(87.5%),其中包括链杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌、玫瑰单胞菌、奴卡菌、弯曲菌、分枝杆菌等具有明确临床意义的少见菌,以及多株近十年内命名的新细菌,如小不动杆菌、富西亚分枝杆菌、黏液玫瑰单胞菌、Halomonasjohnsoniae等。此外,还发现了1个新亚型的胎儿弯曲菌。结论16SrRNA基因测序鉴定能明确提供细菌的遗传学信息,且无种属选择性,对临床少见菌、苛养菌、以及固体培养基不生长的纯培养物等具有独特的优势,是病原微生物鉴定的发展责向.
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关键词
RNA
核糖体
16S
聚合酶链反应
序列分析
细菌学技术
原文传递
艾灸激活Nrf2/ARE通路抗帕金森病模型大鼠氧化应激损伤的机制研究
被引量:
15
2
作者
柳雪蕾
芦娟
+5 位作者
田叶
张贵育
赵彩萍
王婷婷
李欣蓉
朱美玲
《中国针灸》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第8期857-862,共6页
目的:基于转录因子NF-E2相关因子-2(Nrf2)/抗氧化反应元件(ARE)通路探讨艾灸对帕金森病(PD)模型大鼠黑质纹状体系统氧化应激损伤的影响及作用机制。方法:将48只SD大鼠随机分为空白组、假手术组、模型组、艾灸组,每组12只。模型组、艾灸...
目的:基于转录因子NF-E2相关因子-2(Nrf2)/抗氧化反应元件(ARE)通路探讨艾灸对帕金森病(PD)模型大鼠黑质纹状体系统氧化应激损伤的影响及作用机制。方法:将48只SD大鼠随机分为空白组、假手术组、模型组、艾灸组,每组12只。模型组、艾灸组大鼠采用6-羟多巴胺(6-OHDA)单侧两点注入法制备PD模型;假手术组大鼠手术操作同模型组及艾灸组,单侧两点注入等体积的0.9%氯化钠溶液。艾灸组大鼠予艾灸"百会""四神聪"干预,每次20 min,每天1次,每周6 d,共干预6周。其余3组大鼠不予任何干预。HE染色法观察各组大鼠右侧中脑黑质形态,免疫组化法检测各组大鼠右侧中脑黑质酪氨酸羟化酶(TH)表达,比色法检测各组大鼠纹状体活性氧(ROS)、丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)表达,Western blot法检测各组大鼠纹状体转录因子NF-E2相关因子-2(Nrf2)、血红素氧合酶-1(HO-1)蛋白表达。结果:空白组及假手术组大鼠右侧中脑黑质组织结构清晰、多巴胺能神经元形态完整;模型组大鼠组织结构混乱,神经元减少、胞体肿胀;艾灸组大鼠神经元较模型组增多、水肿减轻。与假手术组比较,模型组大鼠右侧中脑黑质TH表达降低(P<0.01);与模型组比较,艾灸组大鼠右侧中脑黑质TH表达升高(P<0.05)。与假手术组比较,模型组大鼠纹状体ROS、MDA表达升高(P<0.01),GSH、GSH-Px、Nrf2及HO-1表达降低(P<0.05,P<0.01);与模型组比较,艾灸组ROS、MDA表达降低(P<0.05,P<0.01),GSH、GSH-Px、Nrf2及HO-1表达升高(P<0.05,P<0.01)。结论:艾灸可通过激活Nrf2/ARE通路减轻PD大鼠黑质纹状体系统氧化应激损伤,从而发挥对多巴胺能神经元的保护作用。
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关键词
帕金森病
艾灸
Nrf2/ARE信号通路
氧化应激
多巴胺能神经元
原文传递
题名
基于细菌16SrRNA基因的PCR扩增与测序分析在临床不常见菌鉴定中的应用
被引量:
28
1
作者
陈茶
屈平华
顾全
黄彬
张伟铮
穆小萍
张磊
陈默蕊
王露霞
鄂顺梅
叶金艳
唐小龙
蓝锴
罗强
戴小波
袁慧
机构
广东省
中医
院
检验
医学部
中山
大学
公共卫生学院卫生
检验
检疫专业
中山
大学
附属第一医院
检验
医学部
广东省妇幼保健院
检验
科
广州
金域医学
检验
中心有限公司微生物室
潮州市中心医院
检验
科
广州
军区
广州
总医院
检验
科
嘉兴市妇幼保健院
检验
科
广州中医药大学
医学
检验
系
出处
《中华检验医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第7期612-619,共8页
文摘
目的探讨细菌16SrRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值。方法收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构,常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株,以及仪器法连续监测报警阳性、但二次传代无细菌生长的液体增菌培养瓶7个,采用细菌16S核糖体核糖核酸(rRNA)基因MicroSeq500试剂盒、通用引物27f-1492r、27f-1525r进行广谱PCR扩增及目的片段的基因测序。运用美国国立生物信息中心“基于局部比对算法的搜索工具(Blast)”,结合“具有法定分类学地位的原核生物名称目录(http://W^Ufir.bacterio.cict.fr/)”提供的分类学信息,比较待鉴定细菌与近缘种模式菌株基因序列的相似程度;参考美国临床与实验室标准化协会(CLSI)MM18-A的解释标准,以确定待鉴定细菌的种属及分类学位置。结果采用广谱PCR测定,7份假阳性血培养瓶中,2份扩增到细菌的16SrRNA基因,经序列分析鉴定均为肺炎链球菌。48株不同来源、不同种属的少见菌,均扩增到16SrRNA基因目的片段并成功测序,参考CLSIMM18-A的解释标准,35株(72.9%)直接鉴定到“种”,11株(22.9%)鉴定到“属”,另2株鉴定为可能的新属新种。进一步结合细菌的生化反应特征及其他管家基因序列分析结果,则可鉴定到“种”的细菌可增加到42株(87.5%),其中包括链杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌、玫瑰单胞菌、奴卡菌、弯曲菌、分枝杆菌等具有明确临床意义的少见菌,以及多株近十年内命名的新细菌,如小不动杆菌、富西亚分枝杆菌、黏液玫瑰单胞菌、Halomonasjohnsoniae等。此外,还发现了1个新亚型的胎儿弯曲菌。结论16SrRNA基因测序鉴定能明确提供细菌的遗传学信息,且无种属选择性,对临床少见菌、苛养菌、以及固体培养基不生长的纯培养物等具有独特的优势,是病原微生物鉴定的发展责向.
关键词
RNA
核糖体
16S
聚合酶链反应
序列分析
细菌学技术
Keywords
RNA, ribosomal, 16S
Polymerase chain reaction
Sequence analysis
Bacteriological techniques
分类号
R440 [医药卫生—诊断学]
原文传递
题名
艾灸激活Nrf2/ARE通路抗帕金森病模型大鼠氧化应激损伤的机制研究
被引量:
15
2
作者
柳雪蕾
芦娟
田叶
张贵育
赵彩萍
王婷婷
李欣蓉
朱美玲
机构
广州中医药大学
附属宝安
中医
院
广州中医药大学检验系
出处
《中国针灸》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第8期857-862,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目:81673770
深圳市科技创新委员会基金资助项目:JCYJ20150401161033959。
文摘
目的:基于转录因子NF-E2相关因子-2(Nrf2)/抗氧化反应元件(ARE)通路探讨艾灸对帕金森病(PD)模型大鼠黑质纹状体系统氧化应激损伤的影响及作用机制。方法:将48只SD大鼠随机分为空白组、假手术组、模型组、艾灸组,每组12只。模型组、艾灸组大鼠采用6-羟多巴胺(6-OHDA)单侧两点注入法制备PD模型;假手术组大鼠手术操作同模型组及艾灸组,单侧两点注入等体积的0.9%氯化钠溶液。艾灸组大鼠予艾灸"百会""四神聪"干预,每次20 min,每天1次,每周6 d,共干预6周。其余3组大鼠不予任何干预。HE染色法观察各组大鼠右侧中脑黑质形态,免疫组化法检测各组大鼠右侧中脑黑质酪氨酸羟化酶(TH)表达,比色法检测各组大鼠纹状体活性氧(ROS)、丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)及谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)表达,Western blot法检测各组大鼠纹状体转录因子NF-E2相关因子-2(Nrf2)、血红素氧合酶-1(HO-1)蛋白表达。结果:空白组及假手术组大鼠右侧中脑黑质组织结构清晰、多巴胺能神经元形态完整;模型组大鼠组织结构混乱,神经元减少、胞体肿胀;艾灸组大鼠神经元较模型组增多、水肿减轻。与假手术组比较,模型组大鼠右侧中脑黑质TH表达降低(P<0.01);与模型组比较,艾灸组大鼠右侧中脑黑质TH表达升高(P<0.05)。与假手术组比较,模型组大鼠纹状体ROS、MDA表达升高(P<0.01),GSH、GSH-Px、Nrf2及HO-1表达降低(P<0.05,P<0.01);与模型组比较,艾灸组ROS、MDA表达降低(P<0.05,P<0.01),GSH、GSH-Px、Nrf2及HO-1表达升高(P<0.05,P<0.01)。结论:艾灸可通过激活Nrf2/ARE通路减轻PD大鼠黑质纹状体系统氧化应激损伤,从而发挥对多巴胺能神经元的保护作用。
关键词
帕金森病
艾灸
Nrf2/ARE信号通路
氧化应激
多巴胺能神经元
Keywords
Parkinson’s disease
moxibustion
Nrf2/ARE pathway
oxidative stress
dopamine neurons
分类号
R245.8 [医药卫生—针灸推拿学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于细菌16SrRNA基因的PCR扩增与测序分析在临床不常见菌鉴定中的应用
陈茶
屈平华
顾全
黄彬
张伟铮
穆小萍
张磊
陈默蕊
王露霞
鄂顺梅
叶金艳
唐小龙
蓝锴
罗强
戴小波
袁慧
《中华检验医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2012
28
原文传递
2
艾灸激活Nrf2/ARE通路抗帕金森病模型大鼠氧化应激损伤的机制研究
柳雪蕾
芦娟
田叶
张贵育
赵彩萍
王婷婷
李欣蓉
朱美玲
《中国针灸》
CAS
CSCD
北大核心
2020
15
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