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神经源性异位骨化相关差异基因的筛选及生物信息学分析
1
作者
陈梓杰
陈柏行
+5 位作者
许隆
张严
冯俊铭
李世杰
高怡加
曾展鹏
《神经损伤与功能重建》
2021年第2期71-75,共5页
目的:基于GEO数据库筛选神经源性异位骨化的差异基因并进行生物信息学分析,寻找疾病相关基因和通道。方法:从GEO数据库中下载关于神经源性异位骨化的基因表达谱芯片,通过R软件的Limma包以调整后的P<0.05和|Log2(fold-change)|>2...
目的:基于GEO数据库筛选神经源性异位骨化的差异基因并进行生物信息学分析,寻找疾病相关基因和通道。方法:从GEO数据库中下载关于神经源性异位骨化的基因表达谱芯片,通过R软件的Limma包以调整后的P<0.05和|Log2(fold-change)|>2作为阈值筛选异位骨化组和健康对照组的差异基因,使用Matascape在线工具对差异基因进行GO富集及KEGG通路富集分析,并构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,利用Cytohubba和MCODE算法寻找关键基因。结果:共筛选出276个差异基因,其中上调基因150个,下调基因126个,差异表达基因的生物学过程(BP)主要在化学突触传递、跨突触信号的调控、骨化等过程富集;分子功能(MF)主要在细胞外基质结构成分、肝素结合、糖胺聚糖结合富集;细胞成分(CC)主要在胶原三聚体、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞外基质富集。KEGG信号通路分析主要富集在补体和凝血级联、IL-17、Wnt、蛋白的消化吸收等通路。PPI网络共鉴别出EGF、GPR18、ADRA2C、CXCL1、C3、CXCL6、ADRB2、PENK、CXCL2、CDH1共10个hub基因和CXCL2、PTH2、EPHB1、HTR2B共4个种子基因。结论:通过对基因芯片的生物信息学分析,发现了可能与神经源性异位骨化相关的基因及分子调控机制。
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关键词
神经源性异位骨化
差异表达基因
生物信息学
蛋白质相互作用
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职称材料
题名
神经源性异位骨化相关差异基因的筛选及生物信息学分析
1
作者
陈梓杰
陈柏行
许隆
张严
冯俊铭
李世杰
高怡加
曾展鹏
机构
广州中医药大学
第一
临床医学院
广州中医药大学附属第一医院一骨科
出处
《神经损伤与功能重建》
2021年第2期71-75,共5页
文摘
目的:基于GEO数据库筛选神经源性异位骨化的差异基因并进行生物信息学分析,寻找疾病相关基因和通道。方法:从GEO数据库中下载关于神经源性异位骨化的基因表达谱芯片,通过R软件的Limma包以调整后的P<0.05和|Log2(fold-change)|>2作为阈值筛选异位骨化组和健康对照组的差异基因,使用Matascape在线工具对差异基因进行GO富集及KEGG通路富集分析,并构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络,利用Cytohubba和MCODE算法寻找关键基因。结果:共筛选出276个差异基因,其中上调基因150个,下调基因126个,差异表达基因的生物学过程(BP)主要在化学突触传递、跨突触信号的调控、骨化等过程富集;分子功能(MF)主要在细胞外基质结构成分、肝素结合、糖胺聚糖结合富集;细胞成分(CC)主要在胶原三聚体、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞外基质富集。KEGG信号通路分析主要富集在补体和凝血级联、IL-17、Wnt、蛋白的消化吸收等通路。PPI网络共鉴别出EGF、GPR18、ADRA2C、CXCL1、C3、CXCL6、ADRB2、PENK、CXCL2、CDH1共10个hub基因和CXCL2、PTH2、EPHB1、HTR2B共4个种子基因。结论:通过对基因芯片的生物信息学分析,发现了可能与神经源性异位骨化相关的基因及分子调控机制。
关键词
神经源性异位骨化
差异表达基因
生物信息学
蛋白质相互作用
Keywords
neurogenic heterotopic ossification
differentially expressed gene
bioinformatics
protein-protein interaction
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
R741.02 [医药卫生—神经病学与精神病学]
R68 [医药卫生—骨科学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
神经源性异位骨化相关差异基因的筛选及生物信息学分析
陈梓杰
陈柏行
许隆
张严
冯俊铭
李世杰
高怡加
曾展鹏
《神经损伤与功能重建》
2021
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