基于宏基因组二代测序的儿童肺炎支原体耐药基因位点分析

目的通过宏基因组二代测序(mNGS)分析肺炎支原体(MP)耐药基因位点。方法回顾性队列研究,分析2022年11月至2023年10月通过mNGS检测MP阳性的697份(686例)临床标本(包含痰液、肺泡灌洗液、血液)。根据标本送检科室分为重症监护病房(ICU)送检组和非ICU送检组,组间比较采用χ^(2)检验及Mann-Kendall趋势检验,分析MP耐药基因位点检出率差异及其随着时间的变化趋势。结果697份标本中ICU送检组164份、非ICU送检组533份。MP耐药基因位点检出率为44.3%(309/697),检出的MP耐药基因位点均为A2063G。697份标本中痰液、肺泡灌洗液、血液的MP耐药基因位点检出率分别为53.1%(34/64)、45.2%(263/582)、1/17。ICU送检组MP耐药基因位点检出率为50.0%(82/164),痰液、肺泡灌洗液、血液标本MP耐药基因位点检出率分别为75.0%(18/24)、48.4%(62/128)、1/5,痰液MP耐药基因位点检出率高于肺泡灌洗液(χ^(2)=5.72,P=0.017)。非ICU送检组MP耐药基因位点检出率为42.6%(227/533),痰液、肺泡灌洗液MP耐药基因位点检出率分别为40.0%(16/40)、44.3%(201/454),血液标本未检出(0/12),肺泡灌洗液与痰液检出率比较差异无统计学意义(χ^(2)=0.27,P=0.602)。2022年11月至2023年10月逐月统计总体送检标本(Z=3.99)、ICU送检组(Z=2.93)、非ICU送检组(Z=3.01)MP耐药基因位点的检出率均呈现上升趋势(均P<0.01)。与MP共同检出的细菌中肺炎链球菌检出率最高,为15.5%(108/697),共同检出的病毒中EB病毒检出率最高,为17.6%(123/697)。结论2022年11月至2023年10月MP耐药基因位点检出率呈上升趋势。ICU送检中痰液标本耐药基因位点检出率较高。MP阳性检出的耐药基因位点均为A2063G,未检出新的耐药基因位点。