宏基因组学第二代测序技术对比传统实验室微生物培养在脓毒症病原学诊断中的优势

目的通过对宏基因组学第二代测序技术(mNGS)获得的病原体与实验室培养结果进行对比,了解mNGS在脓毒症病原学诊断中的优势及其临床指导意义。方法将入选的脓毒症患者的标本(肺泡灌洗液、痰液、血液、脑脊液、胸水、腹水、分泌物等)同时送检mNGS和实验室细菌培养,对结果进行对比分析,评价mNGS在脓毒症病原学诊断方面的临床价值。结果mNGS的阳性率为78.9%;细菌培养的阳性率为40.4%(P<0.05)。通过mNGS共检出致病病原体57种,其中细菌31种,真菌16种,病毒7种,非典型病原体3种;细菌培养共检出病原体24种,其中细菌18种,真菌6种。以培养结果为金标准,mNGS的敏感度为76.2%,特异度为29.8%,阳性预测值为42.3%,阴性预测值为64.8%。根据病原学结果的抗生素调整将患者分为三组:按mNGS调整为mNGS组、经验性调整为经验组、按培养结果调整为传统培养组。mNGS组ICU住院时间更短(P<0.05),培养组降钙素原下降更明显(P<0.05)。结论mNGS在感染性疾病病原体的诊断方面较传统微生物培养时间更短,阳性率更高,在少见病原体、罕见病原体诊断方面有显著优势,可缩短患者ICU住院时间。

临床病理住院医生规范化培训的探索与实践

临床病理住院医师规范化培训是培养病理医师的一个重要阶段。结合学科特点,实施专业导师带教模式,开展理论授课、技能培训、小组病例展示、疑难病例讨论、医学人文、科研及医学伦理学等多种形式的培训,规范定期考核体系,以考促学,以评促改,全面提升了临床病理住院医师的综合素质。

临床病理科住院医师规范化培训的实践与体会

病理科住院医师规范化培训基地是为全国医疗机构输出合格的病理医生的源泉,因此制订严格的培训方案至关重要。广州医科大学附属第一医院临床病理科专业培训基地结合本院学科特色,通过实施严格的岗前学习培训、亚病理专科导师负责培训模式、科内病例汇报及小讲课、规培学员外院轮转学习、分子病理知识的培训及科研能力的培养等措施,建立了临床病理医师规范化培训及评价体系。医院病理科从多层面着手,制定系统化的规培方法及措施,在规定的时间内高质量地完成培训目标。

基于转录组学探讨阿比朵尔对HCoV-OC43感染诱导神经营养因子信号通路活化的影响

目的采用转录组学技术分析阿比多尔(arbidol,ARB)对HCoV-OC43感染引起宿主信号通路活化的影响,并探讨ARB抗炎活性与其作用于神经营养因子信号通路的关系。方法用OC43感染HRT-18细胞,并以ARB进行干预。感染96 h后提取总RNA,进行转录组学分析,获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),开展基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,筛选出ARB可能作用的生物学过程及相关信号通路。进一步利用RT-qPCR方法验证ARB干预对神经营养因子信号通路关键分子表达的抑制作用。结果与病毒感染组相比,高、中和低剂量(6、2和0.67μg/mL)ARB干预分别显示出9459、4186和1744个DEGs。GO分析显示,ARB主要干预的生物学过程是共翻译蛋白膜靶向,作用的细胞组成为粘着斑和细胞-底物间连接,影响的分子功能为钙粘蛋白结合。KEGG分析发现,与冠状病毒感染相关的细胞凋亡信号通路和神经营养因子信号通路有明显富集,其中ARB对神经营养因子信号通路中的MAPK、PI3K和NF-κB通路分子有显著抑制作用。RT-qPCR检测显示,ARB对PIK3CA、AKT、TRAF-6、Bax、p38和c-JUN等分子的mRNA表达具有明显抑制作用。结论本研究提示了ARB应用于治疗冠状病毒感染引起神经炎症的可能性。

曲前列尼尔治疗肺动脉高压的循证医学研究进展

肺动脉高压是一种进行性加重的肺血管疾病,严重时可引起右心衰竭进而导致患者死亡。曲前列尼尔是一种稳定的前列环素类似物,可强效扩张肺血管,可通过多种途径给药,且半衰期长,稳定性好,治疗范围广。目前临床上被批准用于1型肺动脉高压,但有文献报道曲前列尼尔在3、4型肺动脉高压患者中也有一定疗效。本文就曲前列尼尔治疗1、3、4型肺动脉高压循证医学证据的进展进行综述。

肺活检在特发性肺纤维化诊断中的应用

特发性肺纤维化(IPF)是特发性间质性肺疾病中最常见、预后最差的类型。早诊早治是改善患者预后的关键措施。对于胸部高分辨率CT(HRCT)表现不是典型的普通型间质性肺炎(UIP)时,通常需要进行肺活检辅助诊断。外科肺活检可获取到足够的样本,是获得肺组织学样本的金标准。但外科肺活检可能导致IPF患者病情急性加重,甚至死亡。冷冻肺活检可获得较大体积、保存良好的肺组织和较好的诊断率,且患者死亡风险也比外科肺活检更低,因此可能是外科肺活检的替代方案,但仍需要进一步的研究证实。传统的经支气管镜肺活检和经皮穿刺肺活检因其固有的局限性,现基本不应用于IPF临床诊断中。

非小细胞肺癌小活检标本质量与EGFR基因突变检出率关系分析

背景与目的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)是非小细胞肺癌(non-small celllungcancer,NSCLC)患者中突变率最高的基因,准确检测出其突变类型有助于指导患者接受靶向药物治疗从而延长患者生存期。为了得到准确的检查结果,基因检测平台对标本质量有一定要求。已有文献报道标本的肿瘤细胞数量及其比例等会影响EGFR基因突变检出率,本研究旨在分析NSCLC小活检标本质量与突变扩增系统(amplification refractory mutation system, ARMS)法检测EGFR基因突变检出率的关系。方法收集299例小活检肺腺癌病例的临床特征、在显微镜下评估切片的肿瘤细胞数量及比例、标本提取的DNA浓度、EGFR基因突变检测结果,分析标本质量与EGFR基因突变检出率的关系。结果肿瘤细胞数≤500组与>500组EGFR基因突变阳性率分别为40.7%(11/27)、43.8%(119/272),两者间无统计学差异(P=0.764)。DNA浓度≤20.4 ng/μL组及>20.4 ng/μL组的基因突变阳性率分别为42.7%(64/150)、44.3%(66/149),两者间无统计学差异(P=0.776)。肿瘤细胞比例≤30%及>30%组的阳性率分别为29.4%(20/68)、47.6%(110/231),两者间存在统计学差异(P=0.008)。多因素Logistic分析显示男性、甲状腺转录因子1(thyroid transcription factor-1, TTF-1)阴性、有吸烟史及肿瘤细胞比例<30%是影响EGFR基因突变低检出率的主要因素。结论在达到检测的最低要求后,肿瘤细胞比例仍可影响EGFR基因突变检出率。有必要在基因检测切片后再次评估最后一张切片的肿瘤细胞比例,对于肿瘤细胞比例过低的标本,建议通过显微切割等方法富集肿瘤细胞,提高其肿瘤细胞比例,得出更准确的检测结果。对于无法进行肿瘤细胞富集的标本,可行循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA, ct DNA)检测作为补充,若结果仍为阴性才需考虑再次活检获取足够的肿瘤标本进行分子检测。

新生大鼠右心室心肌细胞的原代培养及鉴定

目的:建立一种简便、重复性好的新生大鼠右心室心肌细胞原代培养方法,为右心疾病及肺循环右心相关研究提供可靠的细胞工具。方法:采用出生1~3 d无特定病原体级,SD新生大鼠12只,无菌操作开胸取心脏后,在体视显微镜下分离右心室,用胰蛋白酶与Ⅱ型胶原酶联合消化法消化右心室心肌组织,差速贴壁法纯化右心室心肌细胞。用0.4%台盼蓝染色检测右心室心肌细胞存活率,在倒置显微镜下观察右心室心肌细胞的生长特点并记录细胞搏动频率。利用cTnT对右心室心肌细胞进行免疫荧光染色鉴定细胞纯度。结果:采用胰蛋白酶及Ⅱ型胶原酶联合消化右心室心肌组织及差速贴壁法分离所得右心室心肌细胞存活率为(94.96±2.13)%。培养的心肌细胞24 h大部分贴壁并伸出伪足,少数细胞出现自发性搏动;48 h后细胞基本全部贴壁,伪足延长,出现局部同步化搏动;72 h后细胞伪足继续延长并形成细胞簇,搏动基本同步化;96 h后细胞连接成片,呈现完全同步化搏动,搏动频率为(121.2±10.7)次/min。用cTnT染色培养的细胞纯度达(96.71±2.66)%。结论:体视显微镜下分离右心室结合复合酶消化法能成功培养出纯度高、功能较好的新生SD大鼠右心室心肌细胞。

邓氏清毒饮抗甲型流感病毒及抗炎机制研究

目的探讨邓氏清毒饮对甲型流感病毒(H3N2)的抗病毒活性及其在调节宿主炎症免疫应答中潜在的作用。方法观察邓氏清毒饮对H3N2体外活性的影响;用实时荧光定量PCR检测邓氏清毒饮对A549细胞感染H3N2病毒后白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素8(IL-8)、干扰素诱导蛋白10(IP-10)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)及趋化因子配体5(CCL-5)表达的影响。用蛋白印迹实验检测核因子抑制蛋白-κB(IκBα)、磷酸化核因子抑制蛋白-κB(p-IκBα)、核因子-κB p65(NF-κB p65)、磷酸化核因子-κB p65(p-NF-κB p65)的表达。结果邓氏清毒饮23.4、11.7、5.85 mg·mL^(-1)可显著抑制H3N2的体外复制,减少病毒空斑形成;在mRNA水平上可显著降低细胞因子IL-6、IL-8、IP-10、TNF-α、MCP-1及CCL-5的表达;蛋白印迹检测发现邓氏清毒饮可下调p-IκBα和p-NF-κB p65蛋白表达,增加IκBα的表达,从而抑制H3N2诱导的NF-κB信号通路激活。结论邓氏清毒饮可抑制H3N2的体外复制,抑制流感病毒诱导的NF-κB信号通路激活,降低炎性细胞因子的表达,表明邓氏清毒饮具有防治流感病毒的潜力。

基于网络药理学和分子对接探讨六神胶囊治疗COVID-19的物质基础及作用机制

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻六神胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础和分子机制。方法借助常用的网络药理学数据库检索六神胶囊中雄黄、人工牛黄、冰片、蟾酥和麝香等的有效活性成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,Cytoscape 3.6.1软件构建中药-有效活性成分-有效靶点网络,通过Metascape平台进行GO富集分析、KEGG和Reactome信号通路分析,将中药有效活性成分-有效靶点网络中排名前20的单体与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)以及SARS-CoV-2 RNA依赖性RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp)进行分子对接。结果中药-有效活性成分-有效靶点网络包含药材5个、化合物132个、靶点2082个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PLA2G1B、PTGS1等。GO功能富集分析得到GO条目495个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目287个,细胞组成(CC)条目96个,分子功能(MF)条目112个。KEGG通路富集筛选得到107条信号通路(P<0.05),主要涉及免疫和炎症通路,细胞生长、代谢、凋亡相关通路,癌症通路,神经活性配体-受体相互作用等。Reactome通路富集筛选得到85条信号通路(P<0.05),主要涉及G蛋白偶联、白细胞介素信号、受体酪氨酸激酶信号、神经系统、基因转录等通路。分子对接结果显示六神胶囊中麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等核心活性化合物与SARS-CoV-23CL水解酶、ACE2以及SARS-CoV-2 RdRp的亲和力与临床推荐化学药相似。结论六神胶囊中的活性成分麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等可能通过与ACE2结合并作用于PTGS2、ESR1、PLA2G1B和PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而起到抑制SARS-CoV-2的作用。

熏烟联合H1N1流感病毒感染对小鼠气道灌洗液免疫细胞的影响

目的香烟暴露对流感病毒感染小鼠气道灌洗液免疫细胞的影响。方法香烟烟雾暴露4 d,第5天给予小鼠3个滴度(6、12、24 PFU)的流感病毒H1N1(A/PR/8/34)[假熏烟假攻毒组、假熏烟攻毒组(6PFU)、假熏烟攻毒组(12PFU)、假熏烟攻毒组(24PFU)、熏烟联合攻毒组(6PFU)、熏烟联合攻毒组(12PFU)、熏烟联合攻毒组(24PFU)]。分别观察实验后第3、5、7天气道灌洗液免疫细胞及相关改变。观察内容为:支气管灌洗液中的细胞总数及分类计数;化学发光法检测灌洗液细胞活性氧簇(ROS)的产生;以及BCA法检测小鼠灌洗液蛋白浓度。结果细胞计数结果表明H1N1病毒感染导致气道灌洗液细胞计数及分类计数呈滴度依赖性升高,并在攻毒后3 d(24PFU)、7 d(12PFU)达到应答高峰,并伴随灌洗液细胞ROS的产生速率在相应时点升高。香烟暴露的H1N1病毒感染小鼠气道的灌洗液细胞计数和分类计数在攻毒后5 d(24PFU)达到应答高峰,并伴有灌洗液细胞ROS产生速率的增加。在攻毒后3、5、7 d, H1N1病毒感染小鼠气道灌洗液蛋白含量均明显升高,且熏烟联合攻毒组与假熏烟联合攻毒组小鼠灌洗液蛋白含量在各时点无明显差异。结论香烟暴露延迟了气道的免疫细胞的急性募集以及杀伤力的高峰,但没有改变气道炎症介质分泌的总体水平。

六神胶囊(丸)对新型冠状病毒体外抗病毒实验及核酸阳性大于14天患者的影响

目的观察六神胶囊(丸)联合基础治疗对新型冠状(新冠)病毒核酸阳性大于14天患者病毒转阴的有效性和安全性及六神胶囊(丸)的体外抗病毒效应。方法通过细胞病变试验检测六神胶囊(丸)对新冠病毒(Omicron株)的半数有效抑制浓度(IC_(50))。临床研究方案在中国临床试验中心注册(No.ChiCTR2200057532)。选取50例新冠病毒核酸阳性的无症状、轻型、普通型患者,采用随机数法表分为试验组(26例)和对照组(24例)。对照组给予基础治疗,试验组在对照组基础上加用六神胶囊(丸)。比较两组患者入组后病毒平均转阴时间、转阴率、免疫学指标(IgG、IgM)水平以及治疗期间不良事件发生情况。结果六神胶囊(丸)抗SARS-CoV-2(Omicron株)的IC_(50)为0.1948μg/mL。试验组患者病毒平均转阴时间(5.03±2.41)d,显著低于对照组(6.46±2.32)d(P<0.05)。与对照组比较,入组第5天试验组的转阴率更高[57.36%(15/26)vs.29.17%(7/24),χ^(2)=4.12,P=0.042];治疗期间试验组的转阴率始终高于对照组(P<0.05)。与治疗前比较,两组IgM、IgG水平升高(P<0.05);与对照组比较,试验组治疗后IgM水平升高(P=0.022)。两组比较不良反应发生率差异无统计学意义(P>0.05)。结论六神胶囊(丸)具有体外抗病毒效应,六神胶囊(丸)联合基础治疗对新型冠状病毒核酸阳性大于14天的患者有一定疗效,可显著缩短患者核酸转阴时间、转阴率,改善患者免疫功能。

慢性血栓栓塞性肺动脉高压的靶向药物治疗

慢性血栓栓塞性肺动脉高压(CTEPH)是一种可能被治愈的肺动脉高压,部分患者可通过肺动脉血栓内膜剥脱术(PEA)达到治愈。但有半数以上的患者不适宜行该手术,或手术后仍有持续性或复发性肺动脉高压,对于这些患者,利奥西呱是惟一具有适应证的靶向药物。然而,慢性血栓栓塞性肺动脉高压与肺动脉高压(PAH)两者临床与病理表现有相似之处,临床上也有应用其他肺动脉高压靶向药物治疗慢性血栓栓塞性肺动脉高压的患者,并且部分药物随机对照试验(RCT)研究也显示其疗效和安全性,为患者提供了新的治疗策略。

发生在非免疫抑制宿主的播散性诺卡菌病1例

诺卡菌为一种机会性致病菌,多见于免疫抑制宿主,在非免疫抑制宿主发生播散性感染较为少见。本文报道1例非免疫抑制宿主发生播散性诺卡菌感染的病例,其初始影像学与肿瘤全身转移极其相似,多次取活检未见肿瘤细胞,考虑特殊病原体感染,最终通过腰椎活检组织宏基因组二代测序确诊为诺卡菌感染。本文总结了播散性诺卡菌病的临床特点、诊断方法以及治疗手段,希望临床医生能加强对该疾病认识,避免误诊、漏诊。

从辩证唯物观和文化自信看新型冠状病毒肺炎的中医药防治

结合新型冠状病毒肺炎的中医药治疗现状,从中医学的认知与思维方法、辩证唯物观和文化自信的角度,探讨中医药学传承与发展的路径。提出坚定以中医学为代表的中华优秀传统文化自信,树立辩证唯物主义的世界观,掌握辩证唯物主义的认识论和方法论,对于建立中医药参与突发公共卫生事件的相关政策体系、健全中西医协作的长效机制、完善在中医药理论指导下的临床疗效评价体系以及改进医学人才培养体系和模式具有重要意义。