(1,3)-β-D-葡聚糖在侵袭性真菌病诊断中的应用价值

目的探讨（1,3）-β-D-葡聚糖对侵袭性真菌病（IFD）早期诊断的临床应用价值。方法回顾性收集2014年1月至2015年7月52例IFD患者（IFD组）、50例革兰阳性菌血症患者（G＋菌组）、53例革兰阴性菌血症患者（G-菌组）的病历资料及41例体检健康者体检资料;检测各组血清（1,3）-β-D-葡聚糖水平,用受试者工作特征曲线（ROC）评估（1,3）-β-D-葡聚糖诊断IFD的最佳临界值。结果 （1,3）-β-D-葡聚糖水平在4组皆呈非正态分布,IFD组、G＋菌组、G-菌组及对照组的葡聚糖含量分别为124.1（60.39,218.13）pg/mL、23.57（15.31,53.19）pg/mL、23.45（15.66,45.36）pg/mL和25.86（15.34,37.26）pg/mL;IFD组与其他3组比较,差异具有统计学意义（Z=-4.183、-4.337、-4.978,P〈0.001）;G＋菌组、G-菌组与健康人对照组间两两比较差异无统计学意义（P〉0.05）;ROC曲线分析显示血清（1,3）-β-D-葡聚糖水平用于诊断IFD的最佳临界值是60.36 pg/mL,曲线下最大面积为0.759,95%可置信区间0.693～0.818,敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为76.9%、83.3%、62.5%和90.9%。结论 IFD组（1,3）-β-D-葡聚糖水平明显高于非IFD组,（1,3）-β-D-葡聚糖检测可为IFD的早期诊断提供重要依据。

二代测序对比增强免疫组化检测非小细胞肺癌ROS1基因探索

目的:比较增强免疫组化(Ventana immunohistochemistry,Ventana IHC)检测非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)C-ros原癌基因1-受体酪氨酸激酶(C-ros oncogene 1 receptor tyrosine kinase,ROS1)蛋白表达和二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测ROS1基因融合突变的一致性。方法:应用NGS技术在DNA层面检测966例NSCLC患者标本ROS1基因融合突变情况,同时应用Ventana IHC检测其中732例标本ROS1蛋白的表达情况。结果:NGS检测结果显示966例NSCLC患者的ROS1基因融合突变率为1.0%(10/966),阳性样本病理类型为肺腺癌。Ventana IHC检测结果显示ROS1蛋白表达阳性率为17.6%(129/732),阳性样本病理类型主要为肺腺癌。Ventana IHC和NGS两种方法检测结果的一致性为83.6%(612/732),kappa=0.110(P<0.001)。两种方法检测ROS1基因差异具有统计学意义(P<0.001)。结论:作为ROS1基因的检测方法,Ventana IHC法比NGS法更灵敏,两种方法检测结果的一致性较差,两者差异具有统计学意义。Ventana IHC筛查出ROS1阳性样本,可采用NGS进行验证。

肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析

目的:通过对肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析,研究其与肺炎克雷伯菌耐药的相关性。方法:利用Illumina Miseq高通量测序平台进行测序,然后用Edena软件拼接测序数据,再利用RAST网上工具将拼接得到的contigs进行注释,并用BLAST网上工具进行分析。结果:pNDM-LJ为54 kb大小的环状质粒,GC含量约为49%,预测编码52个功能基因,在不相容群分类中属于Inc X3群质粒。该质粒与已知的Inc X质粒序列有较高的相似性,blaNDM-1基因所在的基因环境比较复杂,推测其是由多个转座事件共同构建的。在pNDM-LJ中,blaNDM-1基因的5′端和3′端分别与ISAba125和IS26两种插入序列相连,形成大小约为10.8 kb的转座子样结构。结论:pNDM-LJ质粒携带碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1,可能对我国的广泛传播blaNDM-1基因发挥重要作用。

AMA-M2、SP100和GP210在诊断原发性胆汁性肝硬化中的应用评估

目的评估AMA-M2、SP100和GP210三种自身抗体在诊断原发性胆汁性肝硬化(primary biliary cirrhosis,PBC)中的应用价值。方法收集我院近3年就诊患者的AMA-M2、SP100、GP210、ALP和GGT检测数据,其中PBC患者50例,非PBC肝胆疾病或自身免疫病患者226例,正常对照290例。分析这些检测指标对PBC诊断的敏感度和特异度。结果 AMA-M2、SP100和GP210诊断原发性胆汁性肝硬化的敏感度分别为96.00%、36.00%、8.00%,特异度分别为98.26%、97.87%、99.03%。PBC组病人的ALP和GGT检测结果高于非PBC病人组。结论 AMA-M2、SP100和GP210对PBC的临床诊断特异度较高;AMA-M2的敏感度高,但SP100和GP210敏感度低。

肺炎克雷伯菌质粒pIMP26_DQ49的高通量测序分析

目的通过对肺炎克雷伯菌DQ49耐药质粒pIMP26_DQ49的测序及分析,研究其与肺炎克雷伯菌耐药的关系。方法利用多位点序列分型技术(MLST)检测肺炎克雷伯菌DQ49的序列分型(ST),通过接合实验得到携带耐药基因bla_(IMP-26)的质粒pIMP26_DQ49,利用Illumina Miseq高通量测序平台对该质粒进行测序,得到的数据用Edena软件拼接,并利用RAST网上注释工具对得到的质粒全序列进行注释,同时使用网上序列比对工具BLAST进行分析。结果 MLST分析该菌的ST型为新的ST型ST2460(基因型42-22-26-96-233-38-51);接合实验证明该质粒能通过接合转移进行传播;测序结果表明,pIMP26-DQ49属于质粒不相容群(Inc)中的IncN群,是大小为55 179 bp的环状质粒,携带3个耐药基因,G+C含量为50.4%,预测编码52个功能基因。BLAST发现pIMP26-DQ49与已报道的pIMP-HZ1序列相似度高达99%,且携带的可移动基因元件也高度相似,其耐药基因环境包含可导致转座事件发生的IS903D、IS2、Tn2、Tn3、tnp、tnpA,以及能捕获和整合外源性基因的1类整合子基因intl1。结论质粒pIMP26-DQ49携带超广谱β-内酰胺酶基因bla_(TEM-1)、喹诺酮耐药基因qnrS1和金属型碳青霉烯酶基因bla_(IMP-26),其存在可能对相应的耐药基因在肠杆菌科细菌中的传播发挥重要作用。

多中心临床数据库在科研中的应用

医院信息化的发展和建设带来丰富的患者资源,如何将这些已存在的患者资源转化为有效的临床研究数据是现今临床科研人员所面临的机遇和挑战。而多中心临床数据库可处理临床病例资料,并实现跨多中心的临床科研协作。以广州医科大学附属第一医院的多中心临床数据库为例,对其在科研应用中的优势、潜在问题及对策进行探讨。

基于Wald检验实现Cox回归中自变量影响大小的推断

目的针对一般研究者在使用Cox回归时,直接比较标准化偏回归系数大小的做法,提出借助Wald检验进行排序,并用小细胞肺癌患者随访研究的实例加以说明。方法借鉴SNK多重比较法的比较策略,以尽可能少的比较次数,使用Wald检验对样本标准化回归系数进行假设检验,从而探讨总体标准化回归系数之间的关系,形成依影响大小排序的若干子集。结果选入模型的4个变量被划分在2个子集内,可认为第1子集中的自变量(实例中的肿瘤大小、年龄)对预后的影响小于第2子集中的自变量(神经元特异性烯醇化酶),自变量癌胚抗原对预后的影响介于两个子集之间。结论基于Wald检验对自变量进行排序,能够克服cox回归模型结果报告中判断自变量影响大小的主观性。

非小细胞肺癌EGFR基因突变的异质性

目的分析非小细胞肺癌表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的不一致性,为EGFR突变的临床检测与药物应用提供参考。方法应用突变扩增阻滞系统(ARMS)法对80例非小细胞肺癌患者的同一病灶不同取样点检测组(34例)、多发结节肺癌组(28例)、原发灶与转移灶组(18例)进行EGFR突变检测,分析不同临床病理特征非小细胞肺癌患者的EGFR突变率及配对组内EGFR基因突变检测结果的不一致性。结果非小细胞肺癌患者EGFR基因总体突变率为55.00%(44/80)。80对配对样本的EGFR突变不一致率为31.25%(25/80),同一病灶不同取样点检测组、多发结节肺癌组、原发灶与转移灶组的EGFR突变不一致率分别为23.53%、50.00%、16.67%。其中19例患者出现一个部位样本为EGFR阳性突变,另一部位为EGFR阴性突变;6例患者出现EGFR变异类型不相同。组织学全为腺癌。其中不吸烟患者占80%(20/25)。结论非小细胞肺癌EGFR基因突变不一致率较高,临床工作中须关注送检组织及检测结果的代表性,为肺癌的精准治疗提供可靠的依据。

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16SrDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99％及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株。通过PCR扩增16SrDNAv3．v4区基因片段并进行序列测定，序列与16SpathDB2．0数据库上已知细菌的16SrDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3．v4序列片段不能明确鉴定细菌时，结合16SrDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16SrDNAv3．v4区序列分析，10株（100％）临床常见菌都能鉴定到种水平，其可靠性大于98．0％。17株不常见菌株中，10株（58．8％）细菌只与1种菌相似性大于98．0％，成功鉴定到单个种水平；6株（35．3％）细菌与不止1种菌的相似比大于98．0％；1株菌与已知菌相似性在96．0％～98．0％之间只能鉴定到属（棒状杆菌）。进一步结合16SrDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析，所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16SrDNA和管家基因序列分析，可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。

应用ROC曲线确定化学发光法检测梅毒特异性抗体的最佳临界值

目的应用受试者操作特性(ROC)曲线,确定化学发光法(CLIA)检测梅毒特异性抗体的最佳临界值。方法收集经CLIA检测的临床血清标本共计261份,全部标本使用酶联免疫吸附试验(ELISA)和梅毒螺旋体明胶凝集试验(TPPA)进行复检。以TPPA作为参考标准,计算CLIA和ELISA检测梅毒抗体的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值;应用ROC曲线确定CLIA检测梅毒抗体的最佳临界值。结果 CLIA和ELISA检测梅毒抗体的敏感性分别为100.0%和97.1%,特异性为86.3%和91.1%,阳性预测值为72.9%和80.0%,阴性预测值为100.0%和98.9%。ROC曲线分析表明,当CLIA的临界值设定为2.41时,其方法的敏感性和特异性分别为100.0%和96.0%,与TPPA的总符合率为98.0%。结论当CLIA检测梅毒特异性抗体的临界值设定为2.41时,能够有效提高该方法的特异性。

经倾向指数匹配后手术切除合并辅助化疗和非手术治疗局限期小细胞肺癌的疗效比较

目的:应用倾向指数匹配法均衡组间协变量,评价手术切除合并辅助化疗对治疗局限期小细胞肺癌的疗效。方法:回顾性分析了本院2009年至2014年间诊断为局限期小细胞肺癌的157例住院患者临床资料,其中61例接受手术切除合并辅助化疗,96例接受单纯化疗或放化疗联合治疗。利用倾向指数评分方法,匹配卡钳值0.20,以治疗方式为因变量,以T分期,N分期,病灶数量和病理分型为协变量,均衡不平衡的协变量,模拟出随机化效果,分别对匹配前后的数据进行生存分析。结果:匹配前,手术组和非手术组的中位生存期分别为27个月(95%CI:2.73~51.26)和14个月(95%CI:11.8~16.18)。匹配后,所有协变量分布均达到均衡,比较匹配后两组患者的生存状况,手术组患者的中位生存期为27个月,非手术组中位生存期为17个月(95%CI:13.68~20.32)。Log-rank检验两组生存率具有统计学差异,P=0.001。结论:对于局限期小细胞肺癌患者,如果达到手术切除的临床指证,手术切除合并辅助化疗能使患者的生存获益;在治疗前如能准确诊断为小细胞肺癌的患者,临床分期能指导选择合适的治疗策略。

Carba NP试验检测多重耐药革兰阴性杆菌产碳青霉烯酶效果分析

目的评估Carba NP试验检测多重耐药革兰阴性杆菌产碳青霉烯酶的效果。方法收集我院2010-2013年59株多重耐药革兰阴性杆菌,采用VITEK-2全自动细菌鉴定药敏系统进行种属鉴定并检测菌株对碳青霉烯类药物的敏感性,用Carba NP试验检测菌株产碳青霉烯酶表型,用PCR法确定碳青霉烯酶基因型,并对PCR产物进行DNA测序分析。结果 59株多重耐药革兰阴性杆菌对亚胺培南、美洛培南、厄他培南耐药率分别为62.71%、61.02%和64.41%。Carba NP试验确定33株产碳青霉烯酶菌株,分别为A类酶12株、B类酶21株,PCR法检出多种碳青霉烯酶基因,包括KPC(12株)、IMP(7株)、NDM(12株)、VIM(3株)。与PCR法比较,Carba NP试验敏感性和特异性分别为97.06%、100%。结论 Carba NP试验能简单快速地检测多重耐药革兰阴性杆菌产生的碳青霉烯酶,结果与金标准的PCR法有高度一致性,值得在临床检验中推广使用。

基于SEER数据库构建小细胞肺癌术后患者生存预测模型

目的:证实手术治疗对于小细胞肺癌患者长期生存的作用。鉴定小细胞肺癌术后患者生存影响因素,构建小细胞肺癌术后患者的生存预测模型。与现有的AJCC分期系统、VALSG分期系统和IASLC的分期系统预测性能进行比较。方法:选取2004年至2012年SEER数据库中确诊为小细胞肺癌的患者(small cell lung cancer, SCLC),提取相应的变量数据。采用Kaplan-Meier比较不同分期下手术组与非手术组患者的生存状况,并绘制生存曲线。针对手术治疗的SCLC患者,利用赤池信息准则(AIC)筛选变量,基于Cox回归模型构建Nomogram预测模型。比较新模型与AJCC分期系统、VALSG分期系统和IASLC分期的一致性指数(C-index),评价个模型的预测效能。结果:通过数据检索,共有45226例SCLC患者入选本研究,其中867例为手术治疗患者。多因素分析发现,影响手术患者预后的因素包括年龄,性别,手术方式,放疗顺序,肿瘤大小,肿瘤侵犯范围,T分期,N分期,淋巴结清扫数量,病理分化程度和远端转移情况。经过赤池信息准则(AIC)筛选,年龄、性别、肿瘤大小、肿瘤侵犯范围、淋巴结侵犯情况、远端转移情况、手术方式、放疗情况、淋巴结清扫数量、病理分化程度共10个变量入选模型。比较4个模型的一致性指数,Nomogram为0.706,AJCC模型为0.700,IASLC模型为0.667,VALSG模型为0.665。Nomogram模型显示最佳的预测准确度。结论:患者是否接受手术影响小细胞肺癌患者的生存时间。肿瘤的大小,肿瘤侵犯的范围是独立的预后因素。Nomogram生存预测模型的预测性能明显优于其它分期系统。

二代测序和增强免疫组化检测非小细胞肺癌ALK阳性患者的对比分析

目的比较增强免疫组化检测非小细胞肺癌(NSCLC)间变性淋巴瘤激酶(ALK)蛋白表达和二代测序技术(NGS)检测ALK基因融合突变的相关性和一致性。方法应用NGS技术在DNA层面检测2016-06-20-2017-01-17广州医科大学附属第一医院424例NSCLC患者标本ALK基因融合突变的情况,同时应用增强免疫组化检测其ALK蛋白的表达情况。结果NGS检测结果显示,424例NSCLC患者的ALK基因融合突变率为3.30%(14/424),与肿瘤病理类型有统计学意义关联(χ^(2)=18.365,P<0.001),与患者性别、年龄、吸烟史、临床分期、有无淋巴结转移和是否原发灶等因素间无统计学意义关联。增强免疫组化检测结果显示,ALK蛋白表达阳性率为4.95%(21/424),ALK蛋白表达与病理类型有统计学意义关联(χ^(2)=11.335,P=0.010),与患者性别、年龄、吸烟史、临床分期、有无淋巴结转移和是否原发灶等因素间无统计学意义关联。ALK融合基因突变与ALK蛋白阳性表达具有中度正相关性(r_(s)=0.599,P<0.001),2种方法的一致率为97.88%(415/424),一致性检验结果显示Kappa=0.732,P<0.001。结论增强免疫组化和NGS方法在ALK阳性检测上具有相关性和一致性,增强免疫组化可作为ALK阳性患者的筛查方法,NGS方法可作为ALK阳性精准检测的有效补充方法。2种方法分别在蛋白水平和基因层面反映患者ALK基因的情况,二者相互结合更有利于ALK阳性患者的检出。