目的筛选直肠癌新辅助放化疗(CRT)疗效预测长链非编码RNA(lncRNA)分子标志物,分析参与CRT疗效调控相关信号通路,建立CRT疗效预测模型。方法利用lncRNA芯片进行lncRNA差异表达检测,使用R软件Limma包在CRT反应组和CRT无反应组间对比筛选差...目的筛选直肠癌新辅助放化疗(CRT)疗效预测长链非编码RNA(lncRNA)分子标志物,分析参与CRT疗效调控相关信号通路,建立CRT疗效预测模型。方法利用lncRNA芯片进行lncRNA差异表达检测,使用R软件Limma包在CRT反应组和CRT无反应组间对比筛选差异lncRNA(P<0.05和|Log2FC|>1),进行分子标志物筛选。采用基因本体(GO)分析对差异表达基因进行功能分析,采用京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对筛选的差异基因进行信号通路富集分析。进一步采用实时定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测98例样本。采用logistic回归构建CRT治疗预测模型。绘制受试者操作特征曲线(ROC)计算曲线下面积(AUC)以评价模型的判别区分能力。结果CRT反应组中,823个lncRNA表达上调,216个lncRNA表达下调,449个基因表达上调,81个基因表达下调。新辅助放化疗相关上调排名前10的差异表达lncRNA分别为LUCAT1、LINC02356、HIF1A-AS2、Lnc-ZNF644-1、Lnc-ADAMTS12-3、LINC02356、Lnc-CLIC4-1、Lnc-PTX3-4、DARS-AS1、MIR210HG。下调排名前10的分别为Lnc-COL6A3-2、Lnc-FBN1-2、Lnc-FOXA1-3、Lnc-KRTAP9-7-1、LINC00562、Lnc-NCS1-1、LINC00456、Lnc-FBLL1-2、USP2-AS1、Lnc-INPPL1-2。GO分析结果提示,差异基因主要富集在上皮细胞分化、中间丝、中间丝细胞骨架、突触后膜、颗粒分泌、细胞因子受体活性等分子生物学功能方面。KEGG富集分析提示,差异表达基因主要富集在HIF-1信号通路、Th17细胞分化、戊糖磷酸途径、精氨酸和脯氨酸代谢、果糖和甘露糖代谢、磷脂酶D信号通路、溶酶体等信号通路方面。logistic回归模型显示,由LUCAT1、LINC02356、LINC00562三个lncRNA分子构成的预测模型具有较好的预测能力,AUC为0.887(95%CI 0.820~0.954)。模型回归方程logit(p)=1.582×LINC00562-1.969×LINC02356-0.798×LUCAT1+4.357。模型的灵敏度为81.3%,特异度为84.0%。结论直肠癌CRT反应良好和CRT无反应者间lncRNA分子存在明显的差异表达,由LUCAT1、LINC02356、LINC00562三个lncRNA分子构成的预测模型对CRT疗效具有较好的预测能力。展开更多
微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一类具有调控功能的非编码RNA,参与调控细胞增殖、分化与凋亡等过程[1],在结肠癌的发生、发展和转移中常伴有特定miRNA的异常表达,miRNA表达谱可成为结肠癌预后评估的理想标志物[2]。因此,我们通过分析...微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一类具有调控功能的非编码RNA,参与调控细胞增殖、分化与凋亡等过程[1],在结肠癌的发生、发展和转移中常伴有特定miRNA的异常表达,miRNA表达谱可成为结肠癌预后评估的理想标志物[2]。因此,我们通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库结肠癌miRNA数据,筛选出与结肠癌预后相关性较高的miRNA。展开更多
文摘目的筛选直肠癌新辅助放化疗(CRT)疗效预测长链非编码RNA(lncRNA)分子标志物,分析参与CRT疗效调控相关信号通路,建立CRT疗效预测模型。方法利用lncRNA芯片进行lncRNA差异表达检测,使用R软件Limma包在CRT反应组和CRT无反应组间对比筛选差异lncRNA(P<0.05和|Log2FC|>1),进行分子标志物筛选。采用基因本体(GO)分析对差异表达基因进行功能分析,采用京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对筛选的差异基因进行信号通路富集分析。进一步采用实时定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测98例样本。采用logistic回归构建CRT治疗预测模型。绘制受试者操作特征曲线(ROC)计算曲线下面积(AUC)以评价模型的判别区分能力。结果CRT反应组中,823个lncRNA表达上调,216个lncRNA表达下调,449个基因表达上调,81个基因表达下调。新辅助放化疗相关上调排名前10的差异表达lncRNA分别为LUCAT1、LINC02356、HIF1A-AS2、Lnc-ZNF644-1、Lnc-ADAMTS12-3、LINC02356、Lnc-CLIC4-1、Lnc-PTX3-4、DARS-AS1、MIR210HG。下调排名前10的分别为Lnc-COL6A3-2、Lnc-FBN1-2、Lnc-FOXA1-3、Lnc-KRTAP9-7-1、LINC00562、Lnc-NCS1-1、LINC00456、Lnc-FBLL1-2、USP2-AS1、Lnc-INPPL1-2。GO分析结果提示,差异基因主要富集在上皮细胞分化、中间丝、中间丝细胞骨架、突触后膜、颗粒分泌、细胞因子受体活性等分子生物学功能方面。KEGG富集分析提示,差异表达基因主要富集在HIF-1信号通路、Th17细胞分化、戊糖磷酸途径、精氨酸和脯氨酸代谢、果糖和甘露糖代谢、磷脂酶D信号通路、溶酶体等信号通路方面。logistic回归模型显示,由LUCAT1、LINC02356、LINC00562三个lncRNA分子构成的预测模型具有较好的预测能力,AUC为0.887(95%CI 0.820~0.954)。模型回归方程logit(p)=1.582×LINC00562-1.969×LINC02356-0.798×LUCAT1+4.357。模型的灵敏度为81.3%,特异度为84.0%。结论直肠癌CRT反应良好和CRT无反应者间lncRNA分子存在明显的差异表达,由LUCAT1、LINC02356、LINC00562三个lncRNA分子构成的预测模型对CRT疗效具有较好的预测能力。
文摘微小核糖核酸(microRNA,miRNA)是一类具有调控功能的非编码RNA,参与调控细胞增殖、分化与凋亡等过程[1],在结肠癌的发生、发展和转移中常伴有特定miRNA的异常表达,miRNA表达谱可成为结肠癌预后评估的理想标志物[2]。因此,我们通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库结肠癌miRNA数据,筛选出与结肠癌预后相关性较高的miRNA。