特异性抑制Aqp1基因对K562细胞生长的抑制作用

本研究探讨靶向aqp1(aquaporin 1)基因的siRNA对K562细胞生长的抑制作用。设计siRNA,转染K562细胞,在相差显微镜观察细胞形态变化;用MTT法观察aqp1-siRNA对K562细胞活力的影响;使用流式细胞仪、DNA片段化分析K562细胞凋亡;用RT-PCR半定量检测转染前后aqp1基因表达。结果表明:苏木素-伊红染色后,细胞呈现明显的凋亡形态;转染24小时后aqp1-siRNAs对K562细胞的活性有显著抑制作用;aqp1-siRNA转染K562细胞后可见明显的凋亡峰,24、48和72小时的细胞凋亡率持续上升,分别为24.2%、36.1%和42.9%;48小时后aqp1-siRNA组出现明显的DNA凋亡"梯形电泳带";aqp1基因的表达水平在aqp1-siRNA转染后24、48和72小时,分别减少了33%、46%和57%。结论:aqp1-siRNA能够抑制K562细胞的增殖,诱导其凋亡,可作为治疗恶性肿瘤的新靶点。

基于遗传算法的基因表达数据的K-均值聚类分析

聚类算法在基因表达数据的分析处理过程中得到日益广泛的应用。本文通过把K-均值聚类算法引入到遗传算法中,结合基因微阵列的特点,来讨论一种基于遗传算法的K-均值聚类模型,目的是利用遗传算法的全局性来提高聚类算法找到全局最优的可能性,实验结果证明,该算法可以很好地解决某些基因表达数据的聚类分析问题。

一种基于DSP和CCD的ICE芯片扫描分析系统

集成毛细管电泳(ICE)芯片扫描分析系统是ICE芯片能否得到广泛应用的关键仪器。针对传统的ICE芯片扫描分析系统结构复杂、处理速度慢、体积庞大等弱点,设计了以DSPTMS320DM642为核心处理器,基于CCD(电荷耦合器件)的实时扫描分析系统。该系统完成扫描控制和全自动数据分析处理,解决了传统ICE芯片扫描分析系统的上述弱点,使得开发高性能、廉价的ICE嵌入式系统成为可能。

基于人工免疫检测的商业智能系统

设计商业智能系统,分别构建ETL模块、数据仓库和OLAP系统。对于Cube中经常出现的异常数据问题,提出使用人工免疫系统进行检测,将Cube查询的KPI历史数据进行二进制编码作为自我集合,并用阴性选择算法产生检测器。设计基于人工免疫检测的新商业智能系统,测试表明,改进的系统可以有效地检测异常数据的存在,从而保障了最终用户端使用数据的准确性和整个商业智能系统的可靠性。

基于特征值的阴性选择算法和MHC检测滤窗

在分析连续位匹配规则基础上提出了特征值匹配的概念,通过对特征值比较代替传统匹配方式,实现了阴性算法的改进.引入主要组织相容复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC)特征判别概念,在分析黑洞特性以及与非检测器集合关系的基础上,设计MHC检测滤窗作为检测器之后的更高级别安全防护层,以彻底杜绝黑洞模式的侵入,真正意义上消除黑洞这一危险检测漏洞.仿真结果表明,使用MHC独立检测滤窗成功地发现了所有检测器未能阻击的黑洞模式,确保了外来模式检测的准确性和安全性,而其检测时间和对系统资源的占用并未因此而显著增加.

丙型肝炎病毒1b亚型诊断芯片的制备与实验室研究

目的建立一种简单有效的制备、筛选丙型肝炎病毒(HCV)1b亚型cDNA基因芯片探针的技术.方法应用cDNA文库法制备芯片探针,限制性内切酶Sau3AⅠ消化HCV-1b全长cDNA,所得的酶切片段在72℃补平加单个碱基A,然后与pMD18-T载体连接,AT克隆,用载体引物进行PCR初步鉴定,并测序.将筛选出的片段打印在氨基修饰的玻片上制备成cDNA芯片并进行杂交验证分析.样品标记采用限制性显示PCR(Restriction Display PCR RD-PCR)技术.结果应用cDNA文库法,共得到22大小相对一致(250～750bp)的基因片段,序列分析表明,均属于HCV-1b基因,可以作为诊断芯片探针;芯片杂交结果显示,样品和诊断基因芯片杂交的敏感性和特异性均佳.结论用cDNA文库法收集片段是一种快速、简便制备芯片探针的实用方法;制备的诊断芯片可以用于检测HCV-1b RNA,具有敏感、检测结果较为可靠的优点.

单纯疱疹病毒2型潜伏感染激活模型的建立及潜伏相关转录子开放读码框架抑制后对潜伏相关转录子基因表达的影响

目的 研究单纯疱疹病毒2型（HSV-2）潜伏感染激活中潜伏相关转录子（LAT）开放读码框架（ORF）抑制后对LAT基因表达的影响。方法 建立HSV-2潜伏感染复发的神经细胞（SHSY5Y）模型。运用相差显微镜观察HSV-2潜伏及激活后SH-SY5Y细胞形态的变化。对病毒在细胞中的潜伏及激发进行PCR验证并测序。设计3对siRNA，激活诱导后转染SH-SYSY细胞，相差显微镜观察细胞形态变化，RT-PCR半定量检测转染前后LAT ORF表达的改变。结果在存在60 μmol/L阿昔洛韦（ACV）的环境，HSV-2在SH-SY5Y细胞中建立潜伏状态。病毒在SH-SY5Y细胞中最长可潜伏14d。43℃ 1.5 h诱导病毒潜伏激发，而相差显微镜观察发现，病毒激发后细胞病变从24h到72 h，细胞变性、坏死的程度、数量随感染时间延长而增加。HSV-2 LAT、糖蛋白G（gG）基因PCR扩增及电泳结果证实病毒在细胞中的潜伏及激活。LAT ORF-siRNA转染细胞后，LAT ORF mRNA的表达水平在转染后24、36和48 h分别减少了39％、51％和60％。结论 抑制LAT ORF后能够抑制HSV-2 LAT基因的表达，为进一步研究LAT ORF在病毒潜伏感染复发中的作用提供了依据。

单纯疱疹病毒Ⅱ型潜伏、激活细胞模型建立

【目的】建立单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)潜伏感染人神经母细胞瘤细胞株SH-SY5Y及激活的细胞模型。【方法】分别加入20,40,60,80,100,120,140μmol/L的阿昔洛韦(ACV),观察对SH-SY5Y细胞生物性状的影响;在ACV存在的情况下,分别将含有0.1、1、10、100MOI的病毒液接种SH-SY5Y细胞,运用相差显微镜观察病毒对细胞的影响,确定潜伏的建立;分别用41℃、42℃、43℃、44℃、45℃加热0.5h、1.0h、1.5h、2.0h、2.5h,观察加热时间及温度诱导HSV-2在SH-SY5Y细胞中激发的最适条件;加入25、50、75、100、125μmol/L福斯高林(Forskolin)诱导病毒在细胞中激活,探讨诱导的最佳浓度;对HSV-2在SH-SY5Y细胞中的潜伏及激发进行验证并测序;运用相差显微镜观察病毒激活后细胞形态的变化。【结果】60μmol/LACV的存在最适合HSV-2在SH-SY5Y细胞中建立潜伏状态;1-10MOI的感染量均能取得较好的病毒潜伏及激发效果;通过观察,病毒在SH-SY5Y细胞中最长可潜伏14d;43℃,1.5h及75μmol/LForskolin均为诱导病毒潜伏激发的最佳条件;相差显微镜观察病毒激发后细胞病变,从24h到72h,细胞变性、坏死的程度、数量随感染时间延长而增加;HSV-2LAT、gG基因PCR扩增及电泳结果,证实病毒在细胞中的潜伏及激活。【结论】初步在人神经母细胞瘤细胞株SH-SY5Y上建立了HSV-2潜伏感染及激活的细胞模型,为下一步研究HSV-2的潜伏与激发机理,了解HSV-2的致病机制打下基础。