广州地区人巨细胞病毒临床低传代病毒株UL136基因B细胞表位的多参数预测分析

目的多参数预测广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代病毒株UL136基因B细胞表位。方法应用改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构;应用隐马尔可夫模型(TMHMM)预测跨膜结构;应用Hopp&Woods亲水性方案、Emini可及性方案、Jameson-Wolf抗原性方案等参数综合预测UL136基因B细胞表位。结果 HCMV UL136氨基酸包含240个氨基酸残基,相对分子质量约为27.3 k D,等电点为8.26。TMHMM预测UL136存在一个跨膜区域,为65~87aa区域,胞外区域为88~240aa区域。多参数预测显示:亲水性位于18~29、46~61、94~100、110~144、152~169、171~186、190~202、229~236aa区域;表面可及性位于19~26、49~61、89~97、110~127、161~167、173~182、196~202、229~234aa区域;极性位于18~29、31~36、51~59、94~102、111~130、155~163、178~182aa区域;柔韧性位于18~28、46~60、115~142、148~156、160~205、226~236aa区域;抗原性位于4~9、16~32、45~62、92~101、106~144、150~157、160~206、228~240aa区域。二级结构预测显示:以α-螺旋为主,无规则卷及β-转角区域主要位于5~10、45~61、108~113、129~139、163~182、187~192、195~204、229~234aa区域。ABCpred服务器综合分析显示:45~60、194~209、6~21、186~201、116~131、54~69、151~166、122~137、223~238aa区域分值较高。抗原指数(AI)预测显示:115~130、196~204、163~182、229~234aa区域AI较高。结论 HCMV UL136基因B细胞表位可能位于115~130、196~204、229~234aa区域内或其附近区域,预测UL136 B细胞表位为HCMV的治疗提供了实验依据。

多参数预测人巨细胞病毒UL144基因B细胞表位

目的预测广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代UL144基因B细胞表位。方法应用生物信息学方法,改进型自我优化预测结构(SOPMA),Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR),人工神经网络预测法(HNN)预测二级结构,隐马尔可夫模型(TMHMM)预测跨膜结构,分别用Hopp&Woods、Zimmerman、Janin、Welling、Flexibility预测亲水性、极性、可及性、抗原性、柔韧性。结果预测HCMV UL144编码产物包含176个氨基酸残基,等电点为8.97。二级结构预测结果显示:β-转角及无规则卷曲主要位于31-42、57-63、71-78、87-93、96-100、127-131氨基酸区域。TMHMM预测UL144氨基酸序列为一次跨膜蛋白,其跨膜区域为134-156氨基酸区域,胞外及胞内区域分别为:1-133、157-176氨基酸区域。亲水性位于39-47、108-117、124-131、157-164区域;表面可及性区域为22-30、39-50、94-103、105-132、156-164;极性区域位于17-37、39-54、69-77、81-89、94-104、106-136、156-164;抗原性区域位于21-26、97-102、107-125、127-136;柔韧性区域位于27-47、56-71、85-95、101-106、108-118、123-131、156-172。结论综合各项参数,UL144基因106-125、94-102、21-30氨基酸区域抗原指数(AI)较高,预测该区域内或其附近为B细胞表位的位点。

早产儿足月时脑内代谢物预测长期神经发育状况研究

目的探讨早产儿足月时脑内代谢物对其神经发育状况的预测价值,为临床早期干预治疗提供依据。方法收集2015年5月至2016年3月在广州市妇女儿童医疗中心新生儿重症监护室、神经康复科门诊就诊的30例早产儿,在其纠正足月时行头颅磁共振成像检查和磁共振波谱成像扫描,纠正6月龄和纠正1岁时行Alberta婴儿运动量表(AIMS)评估和Gesell发育量表评估。结果30例早产儿中,男19例,女11例;出生胎龄27^+3~31周[(28.8±1.0)周];出生体质量800~1 400 g[(1 176.3±145.1) g]。基底核肌醇(MI)、基底核MI/肌酸(Cr)与早产儿纠正1岁发育商呈负相关(r=-0.465、-0.532,均P<0.05);海马区乳酸(Lac)/Cr与早产儿纠正6月龄发育商呈负相关(r=-0.420,P<0.05);脑室周围Lac、脑室周围Lac/Cr与纠正1岁发育商均呈负相关(r=-0.405、-0.386,均P<0.05),脑室周围Lac/Cr与纠正1岁AIMS得分呈负相关(r=-0.380,P<0.05);小脑Lac、小脑Lac/Cr与纠正1岁发育商均呈负相关(r=-0.393、-0.394,均P<0.05)。额叶代谢物与神经发育水平不相关(P>0.05)。结论早产儿足月时脑内代谢物有助于预测神经发育状况,有预测价值的代谢物有MI、Lac、MI/Cr、Lac/Cr,其中MI/Cr预测神经发育状况的能力最好。在额叶、基底核、海马、脑室周围、小脑5个感兴趣区中,脑室周围代谢物预测神经发育状况的能力最好。能够预测的最佳时间点可能为纠正1岁。