基于探针熔解曲线分析的多重PCR同步鉴定6种腹泻病原菌

目的基于多重聚合酶链反应(PCR)和探针熔解曲线分析技术,建立可同时鉴定6种常见急性感染性腹泻病原菌的高灵敏度诊断方法,并验证其检测性能。方法采用熔解曲线分析6种常见急性感染性腹泻病原菌熔解温度(Tm)值,建立基于探针熔解曲线分析的多重PCR检测方法,并评价其灵敏度、特异性和重复性。采用该方法检测175例疑似感染性腹泻患者粪便样本,比较该方法鉴定结果与细菌培养法和荧光PCR法鉴定结果的差异,不一致结果通过测序进行确认。结果建立的多重PCR检测方法可实现单次PCR同步检测6种肠道病原菌,检测限为1×10^(3)~1×10^(4)拷贝·mL^(-1),不同病原菌间无交叉反应,特异性高。175例腹泻患者粪便样本中共检出91例(52%)阳性样本。6种病原菌的检测内变异系数(CV)均<0.1%。与细菌培养法相比,该方法检测沙门菌、志贺菌的符合率分别为94.85%(kappa=0.894)、100.00%(kappa=1.000);与荧光PCR相比,该方法检测艰难梭菌的符合率为98.28%(kappa=0.900)。结论建立的基于探针熔解曲线分析的多重PCR方法同时鉴定6种腹泻病原菌具有较高的灵敏度和特异性,可为急性感染性腹泻的临床诊断及时提供实验室依据。

靶向捕获高通量测序技术在检测早期乳腺癌胚系突变中的应用价值

目的应用靶向捕获高通量测序技术探究早期乳腺癌患者血浆胚系突变情况与临床病理特征的相关性。方法选取99例早期乳腺癌女性患者,采用靶向捕获高通量测序技术对其血浆标本进行21个乳腺癌易感基因测序,对检测到的突变位点进行筛选和分类,并分析其与临床病理特征的相关性。结果有48例患者检测出18个基因的55个突变位点,其中包含45个错义突变、1个无义突变、8个插入缺失突变、1个剪切位点突变。突变最多的为BRCA基因,检测出10个突变位点。55个突变位点中有9个(16.4%)为致病性突变,4个(7.3%)为无害突变,42个(76.3%)为意义未明突变;其中15个突变位点在ExAC、ClinVar、dbSNP、HGMD数据库中均未提及。统计分析结果显示,致病性胚系突变在不同年龄组和增殖细胞核抗原(Ki67)阳性与否的比较中,差异有统计学意义(P=0.044、0.024);>40岁和Ki67阳性患者发生致病性突变的概率更高。结论靶向捕获高通量测序技术应用于早期乳腺癌易感基因的筛查有一定意义,为临床个体化治疗提供了理论基础和实验依据。

计算机显微断层扫描技术(μCT)在量化阔叶树种导管中的应用

在细胞尺度上定量分析导管特征,对于揭示植物对环境的适应策略具有重要意义。直接打磨样品并结合体视显微镜成像技术是目前研究木质部解剖结构(针叶树管胞和阔叶树导管)的主要方法之一,但仍不可避免损伤木质部细胞,限制了对木质部细胞真实解剖结构的认识。本研究选取了加拿大魁北克南部的糖枫树、北美白桦、美洲白蜡树、美洲铁木、大齿杨、苦味山核桃、北美红橡7个阔叶树种,应用计算机显微断层扫描技术(μCT)和体视显微镜法分别测量各树种的导管直径和面积,采用线性模型对两种方法的测量结果进行数据拟合,探讨采用μCT量化阔叶树导管大小的可行性。结果表明:对所测定的7个树种,应用两种方法测量导管大小的结果高度相似(R~2=0.98)。环孔材树种应用两种方法测量的导管直径结果拟合优度(苦味山核桃R~2=0.98,美洲白蜡树R~2=0.96,北美红橡R~2=0.99)高于散孔材树种(北美白桦R~2=0.88,美洲铁木R~2=0.73,糖枫树R~2=0.68,大齿杨R~2=0.88)。应用2种方法测量小导管(直径≤200μm,R~2=0.94)的结果拟合优度高于大导管(直径>200μm,R~2=0.92)。μCT技术为量化阔叶树种木质部导管提供了一种无损检测新途径。