泛肿瘤基因突变检测高通量测序基因包的开发及临床验证

目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测,同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)标准品、野生型标准品、泛肿瘤800标准品、Horizon Discovery公司的游离DNA标准品为样本完成本panel准确性、重复性和检测限的实验室验证,并利用10例组织样本和2例游离DNA样本进行临床验证。结果:在准确性上,本panel阳性和阴性检出符合率达到100%。在重复性上,利用5%结构变异FFPE标准品具有良好的重复性,而游离DNA标准品重复性一般。在最低检测限上,2.5%结构变异FFPE标准品可稳定检出,最低可检出1%结构变异标准品;游离DNA标准品的最低检测限为0.25%。利用本panel检测临床样本表现出与对照方法良好的一致性。结论:成功开发靶向针对223个肿瘤相关基因的高通量测序panel并完成了分析性能和临床适用性验证,该方法具有协助临床诊断与治疗的潜力。

外周血miR-326和miR-532-3p预测妊娠期糖尿病发病风险的潜在价值

目的 探讨外周血微小核糖核酸(miR)miR-326和miR-532-3p作为生物标记物在预测妊娠期糖尿病发病风险中的潜在价值。方法 选取2021年6月30日至2022年6月30日在莆田市第一医院登记的5例患病孕妇和5名健康孕妇作为患者组和对照组,收集、分析基线资料,并进行外周血转录组测序。同时,结合已发表数据集对miR进行筛选。采用皮尔逊相关系数法分析所获得的miR-326、miR-532-3p表达量与基线资料的相关性,并使用受试者工作曲线分析评估其预测价值。结果 患者组和对照组的餐后1小时血糖值差异有统计学意义(P<0.05)。测序数据表明miR-326(P<0.05)和miR-532-3p(P<0.05)的表达差异有统计学意义,且两者表达量呈显著正相关(r=0.87,P<0.05),该表达量与餐后1小时血糖均呈正相关(r=0.71、0.70,P均<0.05)。此外,餐后2小时血糖值与年龄(r=0.64,P<0.05)呈正相关,而胆固醇与甘油三酯水平(r=0.68,P<0.05)也呈正相关。miR-326与miR-532-3p在妊娠期糖尿病诊断中的曲线下面积均为0.96,联合检测可实现100%的灵敏度、80%的特异性和80%的准确性,对于预测妊娠期糖尿病发病风险具有较高的潜力。结论 miR-326和miR-532-3p的异常表达在预测妊娠期糖尿病的发病风险方面具有重要价值。

基于ARMS-qPCR技术检测 SLC25A13基因c.2T>C突变方法的建立及临床验证

建立一种基于荧光定量PCR的扩增阻滞突变系统方法(amplification-refractory mutation system quantitative real-time PCR,ARMS-qPCR)检测 SLC25A13基因c.2T>C突变并验证其诊断性能。根据ARMS-qPCR引物设计原则,针对 SLC25A13的保守序列设计特异性引物,利用人工合成纯合突变型质粒及200份已测序验证的人外周血核酸样本建立 SLC25A13基因c.2T>C突变ARMS-qPCR检测体系及其Sanger测序体系,并应用提取自另外其他200份人外周血的核酸样本验证此体系的诊断效能,所获结果与作为金标准的Sanger测序结果对比,分析2种检测方法的一致性。结果显示,本研究建立的ARMS-qPCR体系可准确区分 SLC25A13基因野生型及携带c.2T>C突变型;利用该方法检测人外周血中 SLC25A13 c.2T>C突变状态,其检测结果与Sanger测序结果一致性为100%。200份外周血样本中,携带 SLC25A13基因c.2T>C突变8份(4%),非携带者192份(96%)。综上,本研究建立的ARMS-qPCR测试能够快速、准确地检测 SLC25A13基因c.2T>C突变,有助于希特林蛋白缺陷病(citrin deficiency,CD)的诊断。