泛肿瘤基因突变检测高通量测序基因包的开发及临床验证

目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测,同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)标准品、野生型标准品、泛肿瘤800标准品、Horizon Discovery公司的游离DNA标准品为样本完成本panel准确性、重复性和检测限的实验室验证,并利用10例组织样本和2例游离DNA样本进行临床验证。结果:在准确性上,本panel阳性和阴性检出符合率达到100%。在重复性上,利用5%结构变异FFPE标准品具有良好的重复性,而游离DNA标准品重复性一般。在最低检测限上,2.5%结构变异FFPE标准品可稳定检出,最低可检出1%结构变异标准品;游离DNA标准品的最低检测限为0.25%。利用本panel检测临床样本表现出与对照方法良好的一致性。结论:成功开发靶向针对223个肿瘤相关基因的高通量测序panel并完成了分析性能和临床适用性验证,该方法具有协助临床诊断与治疗的潜力。

2018-2023年莆田市5岁及以下儿童流感流行病学研究

目的 分析福建省莆田市5岁及以下儿童流行性感冒的流行病学特征,为制定流感防控策略提供科学依据。方法 自2018至2023年间采集莆田各流感监测哨点医院5岁及以下儿童的呼吸道样本,采用荧光PCR(PCR)方法检测流感病毒,汇总临床数据对时空传播特征进行统计分析。结果 莆田市共采集并检测流感样病例样本7 449例,阳性530例,阳性率7.12%。2018年阳性病例数量达到147例,2019年阳性率为13.83%,均为所观察到的最高值。流感主要在冬春季和夏季发病,仙游县是流感的高发区,甲型H1N1和乙型Victoria病毒株间存在交替优势。随着年龄增长,流感检出率在2岁、4岁和5岁分别为6.587%、9.92%和11.97%,呈上升趋势,男性患儿数量高于女性患儿,差异有统计学意义(t=2.86,P<0.05)。结论 本研究发现莆田市5岁及以下儿童流感病毒以甲型H1N1和乙型Victoria为主,呈现出明确的季节性和年龄、性别分布特征,为当地流感防控策略的制定和实施提供了依据。

外周血miR-326和miR-532-3p预测妊娠期糖尿病发病风险的潜在价值

目的 探讨外周血微小核糖核酸(miR)miR-326和miR-532-3p作为生物标记物在预测妊娠期糖尿病发病风险中的潜在价值。方法 选取2021年6月30日至2022年6月30日在莆田市第一医院登记的5例患病孕妇和5名健康孕妇作为患者组和对照组,收集、分析基线资料,并进行外周血转录组测序。同时,结合已发表数据集对miR进行筛选。采用皮尔逊相关系数法分析所获得的miR-326、miR-532-3p表达量与基线资料的相关性,并使用受试者工作曲线分析评估其预测价值。结果 患者组和对照组的餐后1小时血糖值差异有统计学意义(P<0.05)。测序数据表明miR-326(P<0.05)和miR-532-3p(P<0.05)的表达差异有统计学意义,且两者表达量呈显著正相关(r=0.87,P<0.05),该表达量与餐后1小时血糖均呈正相关(r=0.71、0.70,P均<0.05)。此外,餐后2小时血糖值与年龄(r=0.64,P<0.05)呈正相关,而胆固醇与甘油三酯水平(r=0.68,P<0.05)也呈正相关。miR-326与miR-532-3p在妊娠期糖尿病诊断中的曲线下面积均为0.96,联合检测可实现100%的灵敏度、80%的特异性和80%的准确性,对于预测妊娠期糖尿病发病风险具有较高的潜力。结论 miR-326和miR-532-3p的异常表达在预测妊娠期糖尿病的发病风险方面具有重要价值。

基于ARMS-qPCR技术检测 SLC25A13基因c.2T>C突变方法的建立及临床验证

建立一种基于荧光定量PCR的扩增阻滞突变系统方法(amplification-refractory mutation system quantitative real-time PCR,ARMS-qPCR)检测 SLC25A13基因c.2T>C突变并验证其诊断性能。根据ARMS-qPCR引物设计原则,针对 SLC25A13的保守序列设计特异性引物,利用人工合成纯合突变型质粒及200份已测序验证的人外周血核酸样本建立 SLC25A13基因c.2T>C突变ARMS-qPCR检测体系及其Sanger测序体系,并应用提取自另外其他200份人外周血的核酸样本验证此体系的诊断效能,所获结果与作为金标准的Sanger测序结果对比,分析2种检测方法的一致性。结果显示,本研究建立的ARMS-qPCR体系可准确区分 SLC25A13基因野生型及携带c.2T>C突变型;利用该方法检测人外周血中 SLC25A13 c.2T>C突变状态,其检测结果与Sanger测序结果一致性为100%。200份外周血样本中,携带 SLC25A13基因c.2T>C突变8份(4%),非携带者192份(96%)。综上,本研究建立的ARMS-qPCR测试能够快速、准确地检测 SLC25A13基因c.2T>C突变,有助于希特林蛋白缺陷病(citrin deficiency,CD)的诊断。

核酸检测Ct值在COVID-19重症风险预测模型构建的应用价值研究

目的验证荧光PCR测量的循环阈值(Ct值)对COVID-19患者重症风险评估的应用价值,并结合其它生化指标构建一个预测模型。方法通过对山东大学附属威海市立医院236例COVID-19住院患者的回顾性分析(2022年12月至2023年5月),收集病毒核酸检测Ct值及常规检验指标。利用Logistic回归分析筛选影响重症风险因素,并构建预测模型。采用受试者工作特征曲线(ROC)和临床决策曲线(DCA)评估模型性能,并量化Ct值的贡献度。结果年龄、白细胞计数、血小板、血红蛋白升高与重症风险正相关;较高的首次核酸检测阳性Ct值与重症风险负相关。COVID-19重症肺炎风险预测模型提示,年龄较大、PLT和WBC水平较高,以及Ct值和HGB较低的患者,重症化的风险显著增加。模型拟合度良好,AIC、C-index、R2和霍斯默检验的P值分别为126.00、0.90、0.51和0.53。相较仅含临床指标的模型,含Ct值的模型的ROC下面积(AUC)值在训练集和验证集分别从0.84和0.89提升至0.93和0.97,灵敏度从0.71和0.78增加为0.86和1.00,特异度从0.82和0.87上升到0.87和0.92。DCA结果验证了组合模型的临床应用价值。结论Ct值是评估COVID-19患者重症风险的重要指标,本研究所构建的预测模型为患者的早期诊治提供了创新且有效的工具。