基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究

目的利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用McSpoligotyping分型方法对其进行基因分型。首先,通过对其中的361株菌株的McSpoligotyping分型结果与全基因组测序(WGS)结果的一致性比较来评价McSpoligotyping分型方法。其次,对949株菌株分型数据与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype intemational type,SIT)编号,将分型结果提交到https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站进行聚类分析。结果McSpoligotyping分型与WGS结果一致率为94.18%(340/361),在结果不一致标本中,出现不一致较多间隔序列在第5间隔。在949株菌株中新发现基因型为121株,已定义基因型为828株;其中已定义基因型共分为84种基因型,主要归属于5种基因家族(BEIJING、T、H、EAI、LAM)和3个家系(Lineage 1、Lineage 2、Lineage 4);5种基因家族主要流行为BEIJING和T基因家族,家系中主要流行为Lineage 2。949株菌株中的822株聚为49个簇(2~528株),最大一簇为Beijing家族SIT1基因型,其余的127株菌表现为独特的基因型。结论利用PCR熔解曲线技术可快速对MTB进行基因分型,此技术较传统方法操作简便、耗时短,对结核病疫情处置及结核病分子流行病学研究具有重要意义。

铜绿假单胞菌基因分子分型技术的研究进展

铜绿假单胞菌是医院常见的条件致病菌,同时也是造成院内感染的重要病原菌,可引起多种疾病,严重感染时可危及患者生命。基因分子分型技术是追踪感染源及分子流行病学分析的重要手段,对于控制医院内感染、确定流行菌株具有重要意义。本文就铜绿假单胞菌基因分子分型技术的研究进展进行综述。

基于分布滞后非线性模型探讨南宁市手足口病的发病与气象因素的关联

目的探讨气象因素对手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)发病的影响与滞后效应。方法收集整理南宁市2010―2019年HFMD日发病数据及同期气象资料,运用分布滞后非线性模型(distributed lag non-linear models,DLNM)分析南宁市HFMD发病与气象因素的相关性。结果南宁市2010―2019年HFMD累计报告508984例,发病主高峰在每年4―6月,次高峰在9―10月;男女报告发病率之比为1.57∶1,以幼托儿童和散居儿童为主。HFMD发病与气温、相对湿度和日照时数呈正相关,与气压呈负相关。气温为35.0℃,滞后d 9时RR值最大(RR=1.058,95%CI:1.037~1.079);相对湿度为86.0%,滞后d 14时RR值最大(RR=1.011,95%CI:1.007~1.014);气压呈“双峰”现象,气压为990.0 hpa滞后d 4时RR值最大(RR=1.022,95%CI:1.017~1.027),气压为1030.0 hpa滞后d 5时RR值最大(RR=1.054,95%CI:0.988~1.124);日照时数为7.0 h/d,滞后d 5时RR值最大(RR=1.017,95%CI:1.009~1.025);极高温、极高压、极低温和极低湿度对HFMD发病也有明显滞后效应。结论南宁市HFMD发病与气象因素相关,可利用气象因素预测HFMD发展趋势。