基于网络药理学探究甘草查尔酮A抗鼻咽癌的潜在靶点和作用机制

目的:运用网络药理学的方法预测甘草查尔酮A(LCA)抗鼻咽癌的潜在作用靶点及作用机制。方法:通过PubChem平台获得LCA的3D结构,并用Swiss Target Prediction数据库筛选出LCA靶点以及Uniprot数据库进行靶点蛋白和基因信息校正,得到相应的基因名称数据库。通过人类基因组注释数据库(genecards)搜集与鼻咽癌相关的靶基因,与LCA所对应的靶点作交集,获得共同的潜在靶点。运用STRING数据库构建蛋白质间的相互作用,并进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析,以鉴定分子生物学过程和信号通路。最后,构建“药物-靶点-疾病-通路”网络模型。结果:筛选出鼻咽癌与LCA的共同作用靶点共41个。GO功能富集分析显示生物学过程和功能主要集中在蛋白质磷酸化、凋亡过程的负反馈调节、细胞质以及蛋白质黏合等方面。KEGG功能富集表明富集较多的通路主要有癌症相关信号通路、酒精通路、MAPK信号通路以及癌症微小核糖核酸表达等。“药物-靶点-疾病-通路”网络图显示关键基因主要有MAPK14、MAPK10、MAPK1、RAF1等。结论:运用网络药理学方法,预测了LCA治疗鼻咽癌的潜在药物靶点,并初步阐明了其潜在药理机制,为后续研究提供一定的理论依据。

基于网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用机制

目的通过网络药理学探讨知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌(NPC)的作用靶点及分子机制。方法利用Swiss Target Prediction数据库获取知母皂苷A-Ⅲ作用靶点,通过GeneCards数据库检索NPC相关疾病靶点,将其与知母皂苷A-Ⅲ作用靶点映射,使用Cytoscape 3.6.1软件构建知母皂苷A-Ⅲ-鼻咽癌疾病靶点网络图,并运用DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果获得知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的潜在靶点31个,化合物-关键靶点-通路网络图显示关键靶点主要包括PRKCA、IGF1R、VEGFA和KDR等。GO功能富集分析获得分子功能条目13个、生物过程条目55个和细胞组成条目10个,KEGG通路富集得到20条相关通路,涉及蛋白多糖通路、癌症信号通路和PI3K-Akt信号通路等信号通路。结论基于网络药理学多靶点、多通路的整体作用特点,预测了知母皂苷A-Ⅲ抗鼻咽癌的作用靶点和潜在作用机制,以期为下一步实验研究提供科学依据。

马尔尼菲青霉基于pkuB基因缺失的高效基因打靶系统构建

马尔尼菲青霉是温度依赖双相性条件性致病真菌,可感染免疫缺陷人群,区域流行于东南亚和我国南方。马尔尼菲青霉已成为研究真菌双相形态转换和病原-宿主相互作用分子机制的模式系统。功能基因组学研究为深入探讨马尔尼菲青霉双相转换和致病分子机制提供了线索,大量的候选基因功能需要高通量的基因修饰方法验证。在许多真菌中已建立基于阻断DNA非同源重组修复途径提高基因打靶效率的实验研究模型。本文报道在马尔尼菲青霉中通过缺失马尔尼菲青霉非同源重组修复途径的关键组分PKUB同源基因pkuB构建了一个高效基因打靶系统。结果表明,以pkuB基因缺失菌株(△pkuB)为出发菌株能降低外源DNA片段的非同源末端连接重组的概率而显著提高基因打靶效率,pkuB基因缺失不影响菌落形态和双相转换能力。高效基因打靶分子遗传实验模型的建立为大规模进行马尔尼菲青霉基因功能研究提供了有力的工具。