广西边境地区与非边境地区结核分枝杆菌基因组学分析

目的分析广西边境地区和非边境地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因型和耐药相关基因的分布特征。方法收集2015—2017年广西五个地区的结核病定点医疗机构的患者痰液标本,对边境地区(边境组)和非边境地区(非边境组)的MTB分离培养株进行对比研究。采用二代全基因组高通量测序技术对菌株进行基因分型,鉴定MTB菌株谱系,收集MTB耐药基因的变化信息。结果研究共纳入646株菌株。边境组199株,其中Lineage 1有8株(占4.02%),Lineage 2有126株(占63.32%),Lineage 3有1株(占0.01%),Lineage4有64株(占32.16%);非边境组447株,其中Lineage1有4株(占0.89%),Lineage 2有299株(占66.89%),Lineage4有144株(占32.21%),Lineage 3未见。边境组与非边境组基因型构成差异有统计学意义(χ^(2)=9.754,P<0.05)。其中Lineage 1和Lineage 4.2基因型在边境组和非边境组的分布差异有统计学意义(χ^(2)=5.763、4.833,P均<0.05)。有196株MTB分离株发生了耐药相关基因突变,其中边境组突变率(40.70%,81/199)高于非边境组(25.73%,115/447)(χ^(2)=14.613,P<0.05)。突变率前5的耐药基因依次是kat G(15.94%,103/646)、rop B(11.30%,73/646)、emb B(6.04%,39/646)、rps L(5.88%,38/646)和rrs L(3.72%,24/646)。其中kat G、rop B、rps L基因在边境组的突变率均高于非边境组(χ^(2)=5.716、9.603、6.979,P均<0.05),对应的kat G315、rpo B450、rps L43基因位点在边境组与非边境组的分布差异也均具有统计学意义(χ^(2)=5.153、12.893、11.693,P均<0.05)。结论广西MTB菌株出现Lineage 1和Lineage 3谱系,可能从邻国传入,需要进一步研究。广西耐药相关基因位点突变的分布与MTB基因型构成有一定的相关性。

广西壮族自治区2004-2019年初始抗病毒治疗儿童HIV感染者死亡和脱失情况分析

目的了解初始抗病毒治疗(ART)儿童HIV感染者死亡和脱失情况及其影响因素。方法采用回顾性队列研究方法,从我国艾滋病综合防治信息系统ART信息系统下载广西壮族自治区(广西)2004-2019年初始ART儿童HIV感染者数据库,采用Cox比例风险回归模型分析其死亡和脱失情况。结果共计943例儿童HIV感染者进入队列,总体病死率和脱失率分别为1.00/100人年和0.77/100人年。初始治疗后第1年病死率和脱失率分别为3.90/100人年和1.67/100人年。初始ART后第1、2、5、10年的累计生存率分别为96.14%、95.80%、93.68%、91.54%。多因素Cox比例风险回归分析显示:女性(aHR=2.00,95%CI:1.17~3.40)、基线CD4^(+)T淋巴细胞(CD4)计数<200个/μl(aHR=2.79,95%CI:1.54~5.06)、基线年龄别体重Z评分<-2(aHR=2.38,95%CI:1.32~4.26)、基线血红蛋白<80 g/L(aHR=2.47,95%CI:1.24~4.92)和初始ART方案含LPV/r(aHR=5.05,95%CI:1.15~22.12)是儿童HIV感染者死亡的关联性因素;女性(aHR=2.23,95%CI:1.22~4.07)和初始ART方案含LPV/r(aHR=2.02,95%CI:1.07~3.79)是儿童HIV感染者脱失的关联性因素。结论广西儿童HIV感染者ART效果较好,但初始ART后第1年病死率和脱失率较高。需针对死亡和脱失的影响因素,加强医护人员培训和儿童HIV感染者及其父母的宣传教育以提高ART效果。

H5N6禽流感病毒分子生物学研究进展

H5N1禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)于1996年在我国广东省首次被鉴定以来,不断进化和传播。H5亚型病毒进一步进化成多个不同的亚支,其中2.3.4.4占主导地位,其中的H5N6病毒在2021年导致人类感染明显增加,共报告33例,有11例死亡[1]。病毒内部基因中发现了一些哺乳动物适应位点的突变[2],严重威胁人类健康。及时了解病毒的分子变异情况对该病毒的防控起到非常关键的作用。因此,本文对H5N6禽流感病毒的病原学、分子变异、病毒重组等方面的研究进展进行综述如下。

广西2021—2022年外环境禽流感病毒监测结果分析

目的监测、分析广西禽相关场所外环境禽流感病毒污染状况,评估人感染禽流感病毒的风险,为广西禽流感防控提供科学依据。方法2021—2022年,在广西14个市每月采集5种禽相关场所外环境标本,运用实时荧光定量聚合酶链反应(real time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,RT-PCR)方法进行甲型通用流感病毒核酸,H5、H7和H9亚型禽流感病毒核酸检测。收集广西禽相关场所外环境中禽流感病毒检测结果,进行回顾性分析,使用SPSS22.0进行数据分析,率的比较采用χ^(2)检验。结果2021—2022年14个市共采集禽相关场所外环境标本5960份,其中甲型流感病毒核酸阳性3918份,阳性率为65.74%,H5亚型281份,占比为7.17%;H9亚型阳性2508份,占比为64.01%;H5+H9亚型混合阳性552份,占比为14.09%;甲型非H5/H7/H9阳性577份,占比为14.73%;未检出H7亚型。全年外环境存在较高水平的禽流感病毒污染;除梧州市为H5、H9、甲型非H5/H7/H9亚型混合流行外,其他市主要以H9亚型为主。不同地区之间的阳性率差异较大,最高为贺州市(90.32%,653/723),最低为玉林市(28.96%,75/259)。不同标本类型的阳性率在50.32%~74.94%。不同类型标本(χ^(2)=163.08,P<0.001)和不同月份(χ^(2)=172.69,P<0.001)、不同地区(χ^(2)=498.86,P<0.001)、不同监测场所(χ^(2)=370.01,P<0.001)来源的标本阳性率差异均有统计学意义。结论广西禽相关场所外环境存在较严重的禽流感病毒污染,其中污染的禽流感病毒亚型主要以H9和H5亚型为主。因此,广西相关部门应加强涉禽场所的监测、管理和消毒。

广西柳州市HIV感染者早期及时治疗和初始用药方案对抗病毒治疗死亡及脱失的影响

目的了解HIV感染者早期及时治疗和初始用药方案对抗病毒治疗死亡及脱失的影响,为有效治疗提供依据。方法采用回顾性队列研究方法,从艾滋病防治基本信息系统数据库下载2010—2020年广西柳州市HIV感染者抗病毒治疗数据。采用Cox比例风险回归模型分析死亡和脱失的影响因素。结果共纳入HIV感染者15713例,18~<50岁占53.4%,男性占69.4%,农民占61.0%,治疗前CD4计数<350个/μL占75.1%,总体死亡率4.30/100人年,总体脱失率2.42/100人年。Cox比例风险回归模型分析结果显示,治疗前CD4计数350~<500个/μL(AHR=0.72,95%CI:0.63~0.81)和≥500个/μL(AHR=0.64,95%CI:0.55~0.76),从HIV确证阳性至抗病毒治疗间隔90~<180 d(AHR=1.25,95%CI:1.08~1.45)、180~<365 d(AHR=1.26,95%CI:1.08~1.47)和≥365 d(AHR=1.26,95%CI:1.11~1.44),初始用药方案为D4T+3TC+EFV/NVP(AHR=1.47,95%CI:1.32~1.63)、AZT/D4T/TDF+3TC+LPV/r(AHR=1.73,95%CI:1.50~1.99)与HIV感染者抗病毒治疗死亡有统计学关联(P<0.05);治疗前CD4计数350~<500个/μL(AHR=1.32,95%CI:1.16~1.50)和≥500个/μL(AHR=1.28,95%CI:1.10~1.50),从HIV确证阳性至初始用药间隔≥365 d(AHR=1.21,95%CI:1.04~1.40),初始用药方案为TDF+3TC+NVP(AHR=1.32,95%CI:1.13~1.55)、AZT+3TC+EFV/NVP(AHR=1.43,95%CI:1.26~1.62)、AZT/D4T/TDF+3TC+LPV/r(AHR=1.33,95CI%:1.06~1.67)与HIV感染者抗病毒治疗脱失有统计学关联(P<0.05)。结论HIV感染者早期治疗和及时治疗以及初始用药方案为TDF+3TC+EFV的抗病毒治疗效果好,但需关注治疗前CD4计数高的HIV感染者在抗病毒治疗中面临较高的脱失风险问题。

三种结核潜伏感染试验在HIV感染人群中的应用评价

目的评价AIMTB和T-SPOT检测方法在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染人群中结核潜伏感染的诊断效能。方法收集2022年9~10月在广西壮族自治区疾病预防控制中心门诊就诊的HIV感染者的血样标本,使用雷德AIMTB、迪奥T-SPOT和凯杰QFT三种方法进行检测,以QFT作为参照对检测结果进行诊断效能评价。结果AIMTB方法检出阳性率为54.6%,敏感度、特异性分别为84.72%、76.19%;T-SPOT方法检出阳性率为57.6%,敏感度和特异性分别为88.89%、73.02%。AIMTB方法和T-SPOT方法与QFT方法比较结果具有一致性(P<0.001)。结论AIMTB方法和T-SPOT方法均具有较高的阳性检出率,与QFT方法的一致性较好,可加大样本量进一步验证及推广。

广西2004——2019年初始抗病毒治疗儿童HIV感染者生长发育情况分析

目的 了解初始抗病毒治疗儿童HIV感染者的生长发育情况及其影响因素。方法 采用回顾性队列研究方法,从国家艾滋病抗病毒治疗信息系统下载广西2004—2019年初始抗病毒治疗儿童HIV感染者数据库。根据中国儿童生长发育标准计算Z评分,趋势性分析采用Cox-Stuart检验,广义估计方程用于分析HAZ(height-for-age Z-score)≥-2和WAZ(weight-for-age Z-score)≥-2的影响因素。结果 共计943例儿童HIV感染者进入队列。基线和治疗后第1、2、5、10年的HAZ中位数分别为-2.47、-2.14、-1.94、-1.55、-1.23,WAZ中位数分别为-1.85、-1.40、-1.30、-1.21、-1.09。经Cox-Stuart趋势检验,HAZ和WAZ随治疗时间均呈上升趋势(P<0.05)。基线和治疗后第1、2、5、10年HAZ≥-2的比例分别为38.1%、46.5%、51.6%、66.8%和74.6%,WAZ≥-2的比例分别为57.1%、76.9%、81.1%、85.8%和89.2%。经CoxStuart趋势检验,HAZ≥-2和WAZ≥-2的比例随治疗时间均呈上升趋势(P<0.05)。多因素广义估计方程分析结果显示,与HAZ≥-2的关联性因素有初始抗病毒治疗年龄为3~7岁(a OR=0.71,95%CI:0.53~0.94)、初始抗病毒治疗年龄为>7岁(a OR=0.66,95%CI:0.47~0.93)、治疗前CD4+T淋巴细胞计数<200个/μL(a OR=0.64,95%CI:0.47~0.87)、治疗前WHO临床分期为Ⅲ/Ⅳ期(a OR=0.74,95%CI:0.56~0.97)以及治疗时间(a OR=1.01,95%CI:1.01~1.01);与WAZ≥-2的关联性因素有男性(a OR=0.72,95%CI:0.53~0.97)、治疗前WHO临床分期为Ⅲ/Ⅳ期(a OR=0.63,95%CI:0.45~0.86)以及治疗时间(a OR=1.01,95%CI:1.01~1.01)。结论 抗病毒治疗有效改善了儿童HIV感染者的生长发育状况,但治疗后第10年仍有较大比例的儿童生长发育迟缓,需加强抗病毒治疗工作人员培训和儿童HIV感染者父母宣传教育以提高抗病毒治疗效果并合理指导儿童营养。

数字PCR检测HIV-1完整前病毒DNA方法的建立

目的通过数字PCR建立检测HIV-1完整前病毒DNA方法。方法通过培养8E5细胞(含有单拷贝整合HIV-1前病毒的T淋巴细胞系),提取DNA。通过连续稀释DNA,利用数字PCR扩增1倍、5倍、25倍、625倍、3125倍和15625倍稀释的HIV-1Ψ区、env区和真核细胞10号染色体RPP30区,计算线性关系及最低检测浓度。在数字PCR体系中分别加入5μl、3.1μl、2.5μl的DNA,各进行2批次检测,每批次重复检测4次,判断其批内变异系数,同核酸量和不同核酸量的批间变异系数判断稳定性。利用8E5 DNA检测细胞中完整前病毒含量。结果DNA在6个稀释度下,Ψ区、env区和RPP30区线性拟合优度分别是R^(2)≥0.999、R^(2)≥0.993、R^(2)≥0.996。当稀释到3125倍时,Ψ区、env区和RPP30区最低阳性液滴检出3个、2个和2个,检出浓度是2.37拷贝/μl、1.21拷贝/μl和1.58拷贝/μl。DNA的数字PCR重复性实验检测,Ψ区批内变异系数从0.66%到3.43%,同核酸量的批间变异系数分别是3.19%、4.3%和3.45%,不同核酸量的批间变异系数仅4.35%。env区批内变异系数从0.7%到3.2%,同核酸量的批间变异系数分别是3.18%、4.52%和3.4%,不同核酸量的批间变异系数仅4.02%。RPP30区批内变异系数从0.91%到2.91%,同核酸量的批间变异系数分别是3%、4.55%和3.37%,不同核酸量的批间变异系数仅在3.98%。8E5细胞中含缺陷前病毒的比例和含完整前病毒的比例分别是90%和45%。结论利用数字PCR能够检测HIV-1完整前病毒DNA,表现出较强的稳定性,为HIV-1感染者储存库检测提供技术手段。

基于HIV-1 pol基因DNA或RNA序列的分子传播网络的配对比较

目的 了解HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列构建分子传播网络的差异,为利用DNA序列构建分子传播网络提供科学数据。方法 采集广西柳州2014年本底存活和2015—2018年新报告HIV感染者全血和血浆标本,分别进行DNA和RNA提取、序列扩增和序列测序、序列拼接、序列比对及亚型判定,构建DNA序列和RNA序列分子传播网络,并比较DNA序列构建的分子传播网络和RNA序列构建的分子传播网络的一致性。结果 本研究中2014年本底和2015—2018年新报告HIV感染者共2 983例,其中2014年本底仅有DNA序列2 590例、2014年本底和2015—2018年新报告的成对pol区DNA序列和RNA序列分别为196例和197例。在393例成对pol区DNA序列和RNA序列中,DNA序列和RNA序列的基因亚型一致,成对DNA序列和RNA序列的基因距离比较差异无统计学意义(Z=-2.72,P=1.00)。2015—2018年新报告HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列与2014年本底DNA序列构建的分子传播网络连接一致性为91.4%(180/197);2015—2018年新报告HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列与本底RNA序列构建的分子传播网络连接一致性为97.0%(191/197)。2015—2018年新报告HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列分别与本底DNA序列构建分子传播网络,两组之间抗病毒治疗减少HIV二代传播的风险差异无统计学意义。结论 HIV感染者成对pol区DNA序列和RNA序列在亚型和基因距离及构建分子传播网络上具有很好的一致性,DNA序列和RNA序列均可用于分子传播网络分析。

HIV-1 CRF55_01B毒株流行特征的研究进展

CRF55_01B是我国报道的HIV-1主要流行毒株之一,具有较为独特的流行病学和基因进化特征。近几年HIV-1分子流行病学监测发现CRF55_01B已经成为我国第五个主要流行HIV-1毒株。本研究从他的发现起源、流行情况、致病性和耐药性及参与的重组等方面进行综述,并讨论了与其流行密切相关的社会和生物学因素。

内蒙古巴彦淖尔市农村中老年人入睡困难与骨关节炎的关系

目的探讨内蒙古巴彦淖尔市农村中老年人入睡困难与骨关节炎的关系。方法分别于2016年、2018年对巴彦淖尔市农村832名年满45周岁中老年人进行一对一访谈式问卷调查。采用多因素logistic回归,校正混杂因素,分析入睡困难与骨关节炎关系。结果832名调查对象中,20.43%(170/832)检出入睡困难,28.73%(239/832)被县级及以上的医疗机构诊断为骨关节炎。入睡困难的人群与对照组相比患骨关节炎的风险增加47%[校正比值比(AOR):1.47;95%置信区间(95%CI):1.01~2.15]。结论入睡困难是中老年人骨关节炎发生的危险因素,应采取措施促进农村中老年人的睡眠,减少骨关节炎的发生。