基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析

【目的】发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础。【方法】从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的db EST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析。【结果】对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点。从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%。通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性。【结论】NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性。

番茄SlGAMYBL2基因启动子的克隆及表达载体的构建

采用5'端系列缺失分析法,利用PCR方法对Sl GAMYBL2基因上游序列进行特异性扩增,分别克隆1368bp、1127bp、990bp和730bp的启动子片段并构建到p LPlp100载体,经鉴定,构建了4个含Sl GAMYBL2启动子不同区段融合GUS报告基因的植物表达载体,通过农杆菌转化烟草愈伤组织,转化植株经PCR和GUS染色法鉴定,表明构建的表达载体已经转化进烟草植株,为确定Sl GAMYBL2基因上游片段中的顺式作用元件响应非生物胁迫诱导中的作用机理以及后期研究该启动子的组织特异性及诱导表达模式奠定基础.