FoxA1蛋白的生物信息学分析

转录因子FoxA1通过与染色体结合释放出DNA结合位点对信号转导和细胞增殖进行调控。研究发现多种肿瘤组织中FoxA1表达上调,参与肿瘤生长调控,揭示FoxA1有可能成为新的肿瘤治疗靶点。该研究采用生物信息学方法,在获得FoxA1基因和蛋白序列的基础上,对其结构、性质以及与其有相互作用的蛋白进行初步的生物信息学分析,以期为进一步研究FoxA1的生物学特性奠定基础。

Cyclin D3蛋白的生物信息学分析

细胞周期的失调在肿瘤的发生发展过程中起着关键性作用。细胞周期蛋白D(Cyclin D)是G1/S期转换的正性调控因子。Cyclin D3的失调在肿瘤发病过程中的作用越来越受到广大研究者的重视,成为肿瘤遗传学、肿瘤病因学等众多领域的新的研究热点。研究采用生物信息学方法,在获得Cyclin D3基因和蛋白序列的基础上,对其结构、性质以及与其有相互作用的蛋白进行初步的生物信息学分析,为进一步研究Cyclin D3的生物学功能奠定基础。

人VASH_1蛋白结构和功能的生物信息学分析

[目的]对人VASH_1蛋白结构和功能进行生物信息学分析。[方法]利用生物信息学工具对人VASH_1蛋白的基因结构、跨膜区域、空间结构、理化性质和功能区进行预测。[结果]人VASH_1蛋白由365个氨基酸残基组成,该蛋白等电点9.50,相对分子质量40 956.5Da,分子式为C1805H2874N532O536S11。通过分析发现该蛋白为非跨膜的亲水蛋白,主要由无规卷曲构成。[结论]人VASH_1蛋白是由365个氨基酸残基组成的亲水蛋白,含有21个磷酸化位点和13个可能的抗原位点,与多种蛋白间存在相互作用。

2种方法从大鼠晶状体中提取总RNA及评测

[目的]测评2种方法从大鼠晶体中提取总RNA的效果[方法]采用2种方法从大鼠晶状体中提取总RNA,通过测定总RNA的浓度以及A260/A280、A260/A230、琼脂糖凝胶电泳、RT-PCR方法对其进行评价.[结果]使用柱式法从大鼠晶状体中提取总RNA,其28S、18S亚基清晰可见,NanoDrop22000测定显示A260/A280、A260/A230均在1.8 ～2.0,可用于反转录聚合酶链反应等下游试验.Trizo1法提取结果显示总RNA降解较多,不适合进行下游试验.[结论]柱式法操作简便,全程可在常温下进行,总RNA质量高,适宜于实验教学及科研.Trizol法提取总RNA操作要求相对较高,且易受到苯酚污染及乙醇残留,但适合抽提大量样本的总RNA,对于实验教学有一定难度.

婴儿睾丸未成熟畸胎瘤1例及超声分析

睾丸肿瘤很少见，约占小儿实体肿瘤的2%。其中睾丸畸胎瘤约占睾丸肿瘤的2％～9％，是儿童最常见的良性肿瘤。由于发病率较低，目前对儿童睾丸肿瘤的临床特点、治疗及预后还不十分清楚。本研究结合文献，探讨超声在儿童睾丸畸胎瘤诊断中的表现及临床意义。

柱式法和磁珠法提取大肠杆菌中质粒

目的:比较柱式法和磁珠法提取大肠杆菌中质粒的优劣。方法:通过琼脂糖凝胶电泳和质粒浓度及纯度的测定对质粒DNA提取的柱式法和磁珠法进行比较。结果:这两种方法提取的超螺旋结构的质粒纯度都很好,但是柱式法提取的质粒得率较高。结论:柱式法优于磁珠法。

预混指示剂的PCR系统使用与评测

[目的]研究预混系统对于PCR以及其下游试验是否会产生影响。[方法]采用"dye"及"density"预混的PCR系统与正常PCR系统进行PCR以及下游试验,使用琼脂糖凝胶电泳及Nano Drop2000检测。[结果]预混系统与正常系统对于PCR产物的特异性以及质量未见明显差别。[结论]预混系统也完全适合于下游的转化、连接、酶切试验。

核酸染色剂SYBR-Gold染色特性分析

目的检测SYBR-Gold前染色与后染色的优缺点。方法采用前染色、后染色的方法使用SYBR-Gold对双链DNA进行染色检测,EB染色作为参照,琼脂糖凝胶电泳为检测手段,凝胶成像系统拍照观察。结果SYBRGold其前染色与后染色对于双链DNA检测能力均强于EB染色,但是SYBR-Gold预混凝胶前染色其分辨效果及DNA迁移速度受到DNA浓度的影响;SYBR-Gold预混样品的前染色方式对于目的基因的判读误差较大。结论 SYBR-Gold不适合预混样品前染色,DNA样品浓度过大(大于250ng)不适合预混凝胶前染色,SYBR-Gold后染色是理想的染色方式。

碱性磷酸酶分离纯化和比活性测定实验的优化

实验采用低温预处理兔肝和有机溶剂,实验前做好肝匀浆的方法,分级提取兔肝碱性磷酸酶。经过对酶提取过程中实验条件的优化,实验结果明显改善,同时也提高了学生的实验技能和实验教学效果。

核酸染料对DNA条带形态产生的影响分析

使用核酸染料对DNA片段进行前染色时,DNA条带会出现弯曲、变形、拖尾等现象。这些现象是由核酸染料造成的,并且与核酸染料的浓度及DNA的上样量成正相关,另外,还与分子量大小、琼脂糖凝胶的质量与浓度、电压相关。选择合适的核酸染料及染色方式可以减少DNA条带形态改变的概率,得到较好的电泳结果。

酶切法鉴定质粒的亚型

商品化质粒小量抽提试剂盒制备的质粒DNA,用琼脂糖凝胶电泳检测可见2条亮带,分别回收2条亮带,使用限制性内切酶分别消化,再用琼脂糖凝胶电泳检测,依据质粒的亚型(超螺旋、线性、开环)在以琼脂糖凝胶为介质的电场中的移动速度不同,鉴定出制备的质粒DNA电泳图中的2条亮带分别是超螺旋质粒和开环质粒。