Z曲线的理论研究(英文)

DNA序列与正四面体(RT)中的映象点(D格点)具有对应关系.一系列D格点形成晶格(D 晶格).D晶格证明是面心立方晶格,并揭示了D格点的空间分布规律.在此基础上得到Z曲线的一些特性, 如Z曲线束具有S4群的对称性,Z曲线均在最大正四面体的内切球内等等.

蛋白质折叠速度与其拓扑结构关系的研究

以6种不同的方式来定义蛋白质内存在的接触,进而运用分子动力学模拟等不同方法,对10个小蛋白进行分析,研究了不同的接触定义及不同的拓扑参数计算方法下,蛋白质的折叠速度与其拓扑参数的关系.结果表明,用含主链重原子的方式定义接触,所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的相关性较好;用含侧链原子的方式定义接触,得到的拓扑参数与β型蛋白质的折叠速度的相关性较好.对不同的蛋白质,其拓扑结构与相应折叠速度间的相关程度不同.

小蛋白天然结构与折叠速度关系的分子动力学模拟研究

用分子动力学模拟方法研究了小蛋白天然结构集合与其折叠速度的关系.根据蛋白质内存在接触的不同定义方式,利用分子动力学模拟方法得到了10个小蛋白的一系列构象集合,分析了其拓扑参数与折叠速度的关系并与PDB单构象的情况进行了比较.用含主链重原子的方式定义接触,所计算的结果较好,天然结构集合所计算的拓扑参数与蛋白质折叠速度的关系可以更真实地反映实际情况.

蛋白质去折叠路径的分子动力学模拟

蛋白质的去折叠有多条路径,而不是沿着一条特定的路径进行.利用分子动力学模拟技术,模拟蛋白质在高温下的去折叠过程,分析讨论了蛋白质折叠的多路径性.

中国对虾热休克蛋白70(HSP70)的三维结构优化

从中国对虾热休克蛋白70的氨基酸序列出发,在线预测得到其三维结构,利用分子动力学理论进行计算机模拟优化,得到其近似的天然构象,并对其结构与功能的关系进行讨论.