通过生物信息学的方法分析小鼠(Mus musculus)胰岛素增强子结合蛋白1(insulin enhancer binding protein 1,ISL1)基因表达缺失组和野生型组(对照组)在心血管发育过程中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),探索与ISL1...通过生物信息学的方法分析小鼠(Mus musculus)胰岛素增强子结合蛋白1(insulin enhancer binding protein 1,ISL1)基因表达缺失组和野生型组(对照组)在心血管发育过程中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),探索与ISL1表达缺失相关的下游基因靶点,揭示ISL1转录调控心血管发育的机制。从GEO数据库下载GSE80383和GSE65658的测序结果,利用生物信息学方法筛选出ISL1表达缺失组和对照组之间的DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|≥2)。用DAVID及STRING在线分析软件对DEGs分别进行功能富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析。结果发现,ISL1在小鼠胚龄8.75天(embryonic day 8.75,E8.75)时的表达缺失主要调控近端/远端模式的形成,从而介导心血管发育;ISL1在小鼠胚龄10.5天(embryonic day 10.5,E10.5)时的表达缺失主要调控细胞增殖、细胞分化和多细胞生物的发育等生物过程;ISL1介导多种窦房结相关的基因调控窦房结细胞的发育。本研究探讨了小鼠ISL1在心血管发育中的作用,并分析了其可能的转录调控网络,从而为心血管疾病的分子基础和心脏再生提供理论基础。展开更多
文摘通过生物信息学的方法分析小鼠(Mus musculus)胰岛素增强子结合蛋白1(insulin enhancer binding protein 1,ISL1)基因表达缺失组和野生型组(对照组)在心血管发育过程中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),探索与ISL1表达缺失相关的下游基因靶点,揭示ISL1转录调控心血管发育的机制。从GEO数据库下载GSE80383和GSE65658的测序结果,利用生物信息学方法筛选出ISL1表达缺失组和对照组之间的DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|≥2)。用DAVID及STRING在线分析软件对DEGs分别进行功能富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析。结果发现,ISL1在小鼠胚龄8.75天(embryonic day 8.75,E8.75)时的表达缺失主要调控近端/远端模式的形成,从而介导心血管发育;ISL1在小鼠胚龄10.5天(embryonic day 10.5,E10.5)时的表达缺失主要调控细胞增殖、细胞分化和多细胞生物的发育等生物过程;ISL1介导多种窦房结相关的基因调控窦房结细胞的发育。本研究探讨了小鼠ISL1在心血管发育中的作用,并分析了其可能的转录调控网络,从而为心血管疾病的分子基础和心脏再生提供理论基础。