目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S...目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。展开更多
背景:除消化性溃疡和胃癌外,幽门螺杆菌(Hp)感染尚与多种胃肠外疾病密切相关。目前临床上尚无Hp感染的体液检测方法。目的:鉴定相对分子质量在10 k Da以上的Hp感染相关尿液差异表达蛋白,为Hp感染的体液诊断提供潜在生物学标记物。方法:...背景:除消化性溃疡和胃癌外,幽门螺杆菌(Hp)感染尚与多种胃肠外疾病密切相关。目前临床上尚无Hp感染的体液检测方法。目的:鉴定相对分子质量在10 k Da以上的Hp感染相关尿液差异表达蛋白,为Hp感染的体液诊断提供潜在生物学标记物。方法:志愿者留取晨起中段尿,并行13C-尿素呼气试验以明确Hp感染情况。Hp阴性和阳性尿液样本各取15例,分别混合后提取蛋白,以高效液相色谱-质谱系统分离蛋白、采集数据,行label-free定量分析。另取Hp阴性尿液样本15例和阳性尿液样本11例,对差异表达分析结果进行全扫描验证。应用IPA软件对鉴定出的尿液差异表达蛋白进行生物信息学分析。结果:Label-free定量分析共检测到475个尿液蛋白,并确定其中42个为差异表达蛋白。经外部扫描验证,最终鉴定出11个显著上调的差异表达蛋白。生物信息学分析揭示了这些差异表达蛋白的分子功能、参与的生物学通路、相关疾病等信息。结论:鉴定出的11个10 k Da以上尿液差异表达蛋白有望成为诊断Hp感染的生物学标记物,并可为Hp感染与胃肠外疾病的相关性研究提供分子水平的证据。展开更多
文摘目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。
文摘背景:除消化性溃疡和胃癌外,幽门螺杆菌(Hp)感染尚与多种胃肠外疾病密切相关。目前临床上尚无Hp感染的体液检测方法。目的:鉴定相对分子质量在10 k Da以上的Hp感染相关尿液差异表达蛋白,为Hp感染的体液诊断提供潜在生物学标记物。方法:志愿者留取晨起中段尿,并行13C-尿素呼气试验以明确Hp感染情况。Hp阴性和阳性尿液样本各取15例,分别混合后提取蛋白,以高效液相色谱-质谱系统分离蛋白、采集数据,行label-free定量分析。另取Hp阴性尿液样本15例和阳性尿液样本11例,对差异表达分析结果进行全扫描验证。应用IPA软件对鉴定出的尿液差异表达蛋白进行生物信息学分析。结果:Label-free定量分析共检测到475个尿液蛋白,并确定其中42个为差异表达蛋白。经外部扫描验证,最终鉴定出11个显著上调的差异表达蛋白。生物信息学分析揭示了这些差异表达蛋白的分子功能、参与的生物学通路、相关疾病等信息。结论:鉴定出的11个10 k Da以上尿液差异表达蛋白有望成为诊断Hp感染的生物学标记物,并可为Hp感染与胃肠外疾病的相关性研究提供分子水平的证据。
