新型冠状病毒肺炎疫情背景下成都市24家区县级医院二级生物安全实验室调查

目的了解新型冠状病毒疫情背景下成都市区县级医院二级生物安全实验室现状,为加强疫情期间本地区实验室生物安全管理和有效运行提供科学依据。方法2021年3月1~15日,以成都市24家区县级医院二级生物安全实验室为调查对象,采用发放电子问卷表的方式进行调查,调查内容包括二级生物安全实验室设施布局及相关配置、生物安全体系建设、安全设备及个体防护、感染控制、医疗废物处理、菌毒种及样本管理等6个方面共计82项内容。结果24家区县级医院中,三甲医院14家,占58.33%,三乙医院8家,占33.33%,二甲医院2家,占8.33%;实验室工作区噪音≤60 dB仅12家,符合率为50%,实验台设计符合要求的18家,符合率为75%,实验室气体或有害物质排放符合要求的18家,符合率为75%,实验室有关于生物安全政策、法律法规及标准的实验室18家,符合率为75%,工作区穿着佩戴符合要求的14家,符合率仅58.33%。结论成都市区县级医院二级生物安全实验室设施设备配置、生物安全体系建设、个体防护、感染控制等方面尚存在薄弱环节,应加强二级生物安全实验室管理体系的建设和人员的管理培训,增加实验室的硬件投入和防护用品的配备,重视实验室医疗废弃物的及时、规范的处理,从而提高二级生物安全实验室在应对包括新型冠状病毒肺炎在内的新发、突发传染疾病的生物安全防范能力。

基于GEO数据库生物信息学筛选动脉粥样硬化铁死亡关键基因和实验验证

目的利用生物信息学方法,筛选动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)铁死亡关键基因,并分析关键基因的生物学功能,以便深入了解AS发病机制。方法从GEO(gene expression omnibus)数据库下载AS基因表达谱芯片数据集GSE100927,以P<0.05,|logFC>1|为条件筛选AS的差异基因,并与铁死亡数据集Ferroptosis基因取交集,筛选出AS铁死亡相关基因,并进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,随后通过STRING在线分析工具联合Cytoscape可视化软件挖掘在AS生物学过程中发挥关键作用的基因,并采用AS数据集GSE9874作为验证集,验证关键基因的表达,最后,收集2023年1~3月所在医院心血管内科30例AS确诊患者血液样本作为实验组,同时收集20例健康志愿者血液样本作为对照组,提取样本RNA,采用实时荧光定量PCR(quantitativereal time polymerase chain reaction,qRT-PCR)方法对筛选基因验证。结果采用生物信息学方法共筛选出10个AS铁死亡相关差异基因。GO功能富集分析结果表明,差异基因主要涉及炎症、细胞凋亡、氧化应激等生物学过程,KEGG通路富集分析表明差异基因主要涉及铁死亡、HIF-1信号通路、白细胞经内皮细胞迁移通路等。蛋白互作网络筛选出7个基因构建的关键模块,分别是FTL,SLC40A1,CYBB,NCF2,HMOX1,DPP4和ALOX5,采用GSE9874进行验证,最终筛选出ALOX5,DPP4,FTL,SLC40A1,NCF2等5个关键基因;qRT-PCR对临床样本中关键基因表达检测显示,相对于对照组,AS组血液中表达上调的基因有DPP4(t=1.795,P=0.046),FTL(t=2.218,P=0.029),SLC40A1(t=2.859,P=0.009);表达下调的基因有ALOX5(t=8.039,P<0.001),NCF2(t=11.867,P<0.001),差异具有统计学意义;实验结果与生物信息学分析结果一致。亚组分析发现斑块组DPP4表达高于内膜增厚组,差异具有统计学意义(t=2.843,P=0.036)。结论通过生物信息学筛选出AS铁死亡关键基因ALOX5,DPP4,FTL,SLC40A1和NCF2,可能成为AS诊断治疗的潜在靶点,为AS的临床诊疗提供新的思路。

青霉素结合蛋白3编码基因ftsI在多重耐药鲍曼不动杆菌中表达及碳青霉烯类诱导对其表达的影响

目的研究青霉素结合蛋白3(penicillin-binding protein 3,PBP3)编码基因ftsI在多重耐药鲍曼不动杆菌(Multidrug resistant Acinetobacter baumannii,MDR-AB)中表达情况,探明碳氢霉烯诱导对MDR-AB中ftsI表达的影响。方法收集2019年1月~6月成都市郫都区人民医院临床分离的38株MDR-AB菌株,PCR扩增ftsI基因,产物进行测序,将MDR-AB菌株与鲍曼不动杆菌敏感株(SDF)ftsI基因序列翻译成氨基酸序列进行同源建模和可视化比对分析。然后再分别用亚胺培南、美罗培南和多尼培南对菌株进行诱导,qRT-PCR检测ftsI的表达情况。结果38株MDR-AB均携带ftsI基因,测序结果与Genbank中ATCC 17978标准菌株ftsI序列显示99.54%同源,将菌株MDR-AB 1与SDF株的ftsI基因序列翻译成氨基酸序列后,发现SDF菌株多出251号位赖氨酸、252号位苏氨酸、253号位甘氨酸和254号位缬氨酸,同源建模和可视化分析发现两者ftsI基因编码蛋白空间结构明显不同。MDR-AB菌株经三种碳氢霉烯类抗生素诱导后,ftsI基因相对表达量均下降,其中亚胺培南组和美罗培南组相对于未处理组ftsI基因表达下调差异有统计学意义(t=5.314,5.424,均P<0.05)。结论MDR-AB普遍携带ftsI基因,其ftsI编码蛋白空间结构与SDF菌株存在明显差异,这可能是AB产生耐药的一个重要因素。碳氢霉烯类诱导可导致ftsI基因表达下调,以亚胺培南、美罗培南诱导效果最明显。

基于蛋白激酶B和核转录因子通路对利多卡因保护脑出血大鼠的作用机制

目的 探讨基于蛋白激酶B(Akt)/IκB激酶(IKK)/NF-κB通路对利多卡因(LID)保护脑出血大鼠的作用机制。方法 选择雄性SPF级SD大鼠90只,随机分为脑出血组,低、中、高剂量LID组,联合组(高剂量LID+LY294002),假手术组,每组15只。TUNEL染色观察神经元凋亡;ELISA检测脑组织中髓过氧化物酶(MPO)、TNF-α水平;Western blot检测Akt/IKK/NF-κB通路蛋白表达。结果 与假手术组比较,脑出血组神经功能评分、神经元凋亡率明显增高[(3.58±0.25)分vs 0分、(28.73±2.83)%vs(3.54±0.16)%,P<0.05]。与假手术组比较,脑出血组MPO、TNF-α、磷酸化IKKα/IKKα、核/质p65 NF-κB明显增高,磷酸化Akt/Akt明显降低(P<0.05)。联合组神经功能评分、核/质p65 NF-κB明显高于高剂量LID组(P<0.05)。结论 LID可能通过促进Akt活化,抑制IKK/NF-κB通路,减轻出血点炎性因子释放,实现对脑出血大鼠的保护作用。

基于生物信息学筛选并验证肺结核铁死亡相关长链非编码RNA及与免疫浸润的相关性分析

目的 基于生物信息学探讨肺结核铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),并分析其与免疫细胞浸润的相关性。方法 收集2022年11月至2023年3月于成都市郫都区人民医院呼吸内科收治的13例肺结核患者及同期13名健康志愿者全血样本,随机选取3例肺结核患者和3名健康志愿者全血样本进行全基因组测序。对测序数据进行分析,筛选差异lncRNA和差异mRNA,并绘制火山图和热图。通过维恩图筛选肺结核铁死亡相关基因,进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书富集分析。筛选肺结核铁死亡关键基因,分析肺结核患者血液样本免疫细胞浸润情况。采用Spearman相关分析筛选获得肺结核铁死亡相关lncRNA,并采用外部数据集GSE54992进行验证及实时荧光定量聚合酶链反应进行检测,验证筛选lncRNA的表达情况和诊断价值。结果 全基因组测序显示,共得到636个差异lnc RNA和1 530个差异m RNA,与铁死亡基因取交集,得到133个共同基因。富集分析显示,肺结核铁死亡基因主要涉及细胞对化学压力的反应、应对氧化应激、铁死亡、自噬等信号通路。筛选出10个肺结核铁死亡关键基因,与之最相关的3个lnc RNA分别是MIATNB、LINC00667和LINC01465。肺结核组和对照组在17种免疫细胞中有表达。MIATNB与记忆B细胞(r=0.42)、单核细胞(r=0.49)呈正相关(P<0.05),LINC01465与记忆B细胞呈正相关(r=0.35,P<0.05),LINC00667与幼稚B细胞呈负相关(r=-0.42,P<0.05)。验证集GSE54992中,肺结核组MIATNB相对表达量高于对照组(P<0.05);受试者操作特征曲线分析显示,MIATNB在肺结核中有较好的诊断价值。试验组MIATNB相对表达量高于对照组(P<0.01)。结论 通过全基因组测序联合生物信息学筛选出肺结核铁死亡相关lncRNA MIATNB,该基因在肺结核患者中高表达,与细胞免疫浸润密切相关,可能是肺结核诊断和治疗的潜在分子生物标志物。