乳腺癌高表达基因FAM83A的生物信息学分析

目的筛选乳腺癌高表达基因,用生物信息学方法预测FAM83A生物学功能。方法使用肿瘤基因组解剖计划数据库的数字基因表达演示工具,在乳腺癌组织和乳腺良性肿瘤组织中筛选差异表达的基因。生物信息学方法预测FAM83A基因及其编码蛋白的序列同源性、理化性质、亚细胞定位、结构和表达谱。RT-PCR方法测定FAM83A在乳腺癌、乳腺纤维瘤和正常乳腺组织中的表达。结果筛选出差异表达基因FAM83A。发现其有3个不同的剪接体,基因进化保守,亚细胞定位于线粒体的可能性大。预测有PK,PKA等磷酸化位点,MAPK作用识别位点,SH2、SH3,RPEL和WH2结合基序。二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲。RT-PCR证实FAM83A在乳腺癌组织中高表达,而在乳腺良性肿瘤和正常乳腺组织中均无表达。结论 FAM83A是一个乳腺癌高表达基因,可能作为乳腺癌分子机制研究的靶点。

一种快速检测乳腺癌患者外周血高表达基因FAM83A的巢式PCR法

目的建立一种快速简便检测乳腺癌患者外周血中FAM83A基因的巢式PCR法。方法设计退火温度分别为72℃和60℃的内、外侧两对引物,在一个PCR反应中,同时加入0.2μmol/L外侧引物和20μmol/L内侧引物,使两轮PCR扩增反应一步完成。分别用建立的巢式PCR法与传统巢式PCR法检测35例乳腺癌患者和8例健康人外周血样本,比较其特异性;将乳腺癌细胞株MCF-7系列稀释后分析两法的灵敏度。结果建立的巢式PCR法与传统巢式PCR法在43例标本中均检出16例阳性,并都能检测出10-6稀释的MCF-7细胞,两法特异性和灵敏度相同。本法步骤简便,所需时间缩短了24 min。结论建立的巢式PCR法敏感、特异,且快速、简便,适用于临床快速检测。