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高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
被引量:
2
1
作者
孙萍萍
柳雪
+6 位作者
李丹
任晴
苏萌
郭文平
杜娈英
王蒋丽
谢广成
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2022年第1期1-7,共7页
目的确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后,采用Trizol提取总RNA,构建小RNA文库,在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序,处理数...
目的确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后,采用Trizol提取总RNA,构建小RNA文库,在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序,处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因,进行基因本体和信号途径分析;使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA,新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA,19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变,且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。
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关键词
肠道病毒A71型
人扁桃体上皮细胞
MIRNA
高通量测序
原文传递
题名
高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
被引量:
2
1
作者
孙萍萍
柳雪
李丹
任晴
苏萌
郭文平
杜娈英
王蒋丽
谢广成
机构
承德
医学院
病原生物学教研室
承德医学院校医院检验科
承德
市疾病预防控制中心微生物
检验
室
承德
医学院
基础
医学
研究所
出处
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2022年第1期1-7,共7页
基金
国家自然科学基金(81702008)
河北省自然科学基金(H2018406024)
+2 种基金
河北省教育厅项目(QN2019079)
承德医学院科研项目(KY2020002)
河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商”项目。
文摘
目的确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后,采用Trizol提取总RNA,构建小RNA文库,在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序,处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因,进行基因本体和信号途径分析;使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA,新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA,19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变,且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。
关键词
肠道病毒A71型
人扁桃体上皮细胞
MIRNA
高通量测序
Keywords
Enterovirus-A71
Human tonsillar epithelial cells
miRNA
High-throughput sequencing
分类号
R512.5 [医药卫生—内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
孙萍萍
柳雪
李丹
任晴
苏萌
郭文平
杜娈英
王蒋丽
谢广成
《中华实验和临床病毒学杂志》
CAS
CSCD
2022
2
原文传递
已选择
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条
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引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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