SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控,计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率,分析群体的遗传多样性;Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)和近交系数FROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state,IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵,解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系;使用Mega X软件构建种公羊进化树,分析群体家系结构。结果显示,61只柯尔克孜羊共得到64734个SNPs标记,通过质检的SNPs为56763个;平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0.263±0.147。柯尔克孜羊群平均IBS遗传距离为0.294,G矩阵和IBS距离矩阵结果均表明柯尔克孜羊群个体间亲缘关系较远。61只柯尔克孜羊共检测到200个ROHs,67.5%的ROHs长度在1~5 Mb之间,56只柯尔克孜羊ROH长度在0~50 Mb之间。基于ROH的平均近交系数为0.00819±0.0188,其中公羊平均近交系数为0.00465±0.008,说明柯尔克孜羊群体的近交程度较低。进化树结果表明,柯尔克孜羊群目前有25个家系,大部分家系公羊数量太少。综上所述,SNP芯片评估柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,发现柯尔克孜羊群体遗传多样性较丰富,群体内近交程度低,虽然家系较多,但是每个家系种公羊数量太少,需要加强种公羊的后代选育,避免血统流失。